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在展示数据时,一个合适且美观伪彩可以为数据增色不少。
伪彩(Pseudo-color)图像,其 本质 是仅具有 单个通道的灰度图像,通过“查找表”(Look Up Table,LUT),根据灰度值分配给每个像素以颜色,从而呈现彩色。
伪彩本质是把灰度值与颜色之间做一个映射,不同的 Look Up Table(LUT),即伪彩,具有不同的映射关系。
之前的文章对伪彩以及 Calibration Bar 已经进行了比较详细的描述:
但 ImageJ 自带的伪彩非常有限,可以通过 Image -> Color -> Display LUTs 查看,而且其中很多伪彩其实并不常用:
这篇文章会介绍 NeuroCyto LUTs 这个插件,可以将 ImageJ 的伪彩选择扩展到上百种:
一、插件安装
打开更新页面(Help->Update...)
等一会儿就会出现下面这个页面,点击 Manage update sites。
在 Update Sites 中找到 NeuroCyto LUTs,并勾选:
点击 Apply and Close 后,点击 Apply Changes,即可安装这一插件:
安装完成后重启 Fiji,即可在工具栏增加一个 LUTs 组件:
二、伪彩选择
点击工具栏的 LUTs 组件,不同的伪彩被分成了不同组,常用单色的伪彩最靠上,下面是不同的分组:
伪彩过多会让人眼花缭乱,且不好对比,这里介绍一些方法来进行伪彩的挑选。
(1)使用 LUT Panel (LUTs -> LUT Panel)
LUT Panel 会分组展示伪彩:
点击不同的伪彩,可以为当前图像之间赋予伪彩,从而可以进行快速的挑选和对比:
(2)将一组伪彩分别赋予同一张图片 (LUTs -> Apply LUTs Folder)
Apply LUTs Folder 可以将一组伪彩都赋予当前的图像,生成一个 Stack,从而可以在 Stack 中观察哪一种伪彩更好。
例如对 blobs 这张图像赋予不同样式的 Rainbow:
最终得到的 Stack:
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