ImageJ | 怎样选择合适的伪彩?

文摘   科学   2024-11-04 16:58   上海  

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在展示数据时,一个合适且美观伪彩可以为数据增色不少。


伪彩(Pseudo-color图像,其 本质 是仅具有 单个通道的灰度图像,通过“查找表”(Look Up TableLUT,根据灰度值分配给每个像素以颜色,从而呈现彩色。


伪彩本质是把灰度值与颜色之间做一个映射,不同的 Look Up Table(LUT),即伪彩,具有不同的映射关系。


之前的文章对伪彩以及 Calibration Bar 已经进行了比较详细的描述:


点击跳转《ImageJ | 伪彩与 Calibration Bar


但 ImageJ 自带的伪彩非常有限,可以通过 Image -> Color -> Display LUTs 查看,而且其中很多伪彩其实并不常用:



这篇文章会介绍 NeuroCyto LUTs 这个插件,可以将 ImageJ 的伪彩选择扩展到上百种:



NeuroCyto LUTs 本质是一个伪彩库以及伪彩展示工具,其中囊括了你见到的几乎所有的伪彩类型,并且对伪彩进行了分组,方便选择。



一、插件安装


打开更新页面(Help->Update...

等一会儿就会出现下面这个页面,点击 Manage update sites




在 Update Sites 中找到 NeuroCyto LUTs,并勾选:




点击 Apply and Close 后,点击 Apply Changes,即可安装这一插件:




安装完成后重启 Fiji,即可在工具栏增加一个 LUTs 组件:




二、伪彩选择

点击工具栏的 LUTs 组件,不同的伪彩被分成了不同组,常用单色的伪彩最靠上,下面是不同的分组:



伪彩过多会让人眼花缭乱,且不好对比,这里介绍一些方法来进行伪彩的挑选。


1)使用 LUT Panel (LUTs -> LUT Panel)


LUT Panel 会分组展示伪彩:



点击不同的伪彩,可以为当前图像之间赋予伪彩,从而可以进行快速的挑选和对比:




2)将一组伪彩分别赋予同一张图片 (LUTs -> Apply LUTs Folder)


Apply LUTs Folder 可以将一组伪彩都赋予当前的图像,生成一个 Stack,从而可以在 Stack 中观察哪一种伪彩更好。


例如对 blobs 这张图像赋予不同样式的 Rainbow


最终得到的 Stack





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作者 | Treasure琛
排版 | 小乐喵喵   

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