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Elastix 是一个用于图像刚性和非刚性配准的工具箱，由一系列常用于解决（医学）图像配准问题的算法组成。官网：https://elastix.dev/
elastix支持C++、Python、Java、R、Ruby、C#和Lua等语言。通常安装elastix，需要较为复杂的编译过程。
PyElastix把elastix封装成Python模块，使得调用elastix更加容易：
https://github.com/almarklein/pyelastix
这篇文章会介绍怎样安装 PyElastix，并利用 elastix 对 MRI 图像进行非刚性配准。
一、安装pyelastix
1、安装pyelastix包
首先你需要在电脑上安装Anaconda，生成一个新的环境，方便不同Python包的版本管理：
conda create --name pyelastix激活该环境：
conda activate pyelastix安装pyelastix包:
pip install pyelastix如果pip出错，用conda进行安装：
conda install pyelastix -c conda-forge安装一些需要用到的包：
pip install scikit-imagepip install scipypip install ipykernelpython -m ipykernel install --user --name=pyelastix
2、安装elastix
在 GitHub 上下载 elastix 压缩包：https://github.com/SuperElastix/elastix/releases/tag/5.1.0
或公众号后台回复“elastix”获取安装包。
将 elastix 压缩包解压成文件夹：
打开Windows的系统，打开高级系统设置：
点击环境变量：
在系统变量那里，点击新建，把 elastix 文件夹加入到系统路径：
完成这两个步骤，即完成了 PyElastix 的安装。
二、实例代码
from skimage import ioimport pyelastixref = io.imread('T1_brain.tif')mov = io.imread('T2_brain.tif')ref = ref.astype('float32')mov = mov.astype('float32')params = pyelastix.get_default_params()params.MaximumNumberOfIterations = 200params.FinalGridSpacingInVoxels = 20mov_deformed, field = pyelastix.register(mov, ref, params)io.imsave('mov_deformed.tif',mov_deformed)
这里提供了一个对T1,T2图像进行3D配准的例子。原始输入：
利用 elastix 进行 3D 非线性配准后，输出:
关键代码分析：
ref = ref.astype('float32')mov = mov.astype('float32')
读入图像后，需要把图像转成float，elastix才能输出正确的结果。
params.MaximumNumberOfIterations = 200params.FinalGridSpacingInVoxels = 20
MaximumNumberOfIterations，即迭代次数。
FinalGridSpacingInVoxels，设置越小，配准越细节，也更容易出现过拟合。
可以针对自己的图像，调整这两个参数，根据配准结果和速度选择自己的参数。
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