所有的样本都可以harmony合并分析吗? 加测了TCR/BCR的单细胞数据能和普通的单细胞样本合并分析呢?

文摘   科学   2024-10-03 17:00   江苏  

结论:当然不是无脑合并,需要综合考量各种因素。可以去除TCR/BCR相关基因之后进行合并分析。



问题来源

最近遇到一个有意思的问题:朋友自己的单细胞数据加测了TCR/BCR,想和公共数据集的单细胞数据合并分析,但是,公共数据集的单细胞数据没有加测TCR/BCR,这样还可以使用harmony合并分析吗?

我的第一反应是不太好,但是朋友希望能合并。

我的方案

我本来的解决方案:在朋友的原始数据中,只用scRNAseq文库(去掉BCR/TCR文库),重新走一步cellranger 流程。



但是无意间看到一篇文章,感觉这么做也很好啊,还方便快捷


别看人家分低,做的东西还是挺有意思的,通讯是个瑞典人。


通讯作者:Inga-Lill Mårtensson,瑞典哥德堡大学萨尔格伦斯卡医学院医学研究所,风湿病与炎症研究部门,哥德堡,瑞典。电话:+46(0)703640068;电子邮件:(邮箱地址)。


再看下通讯作者过往发的文章,应该是认真做科研的

文献解决方案

使用正则表达式分别去除BCR/TCR基因

  1. BCR-genes were removed from the count data using regular expression commands with the following patterns: ‘IG[HKL]V’, ‘IG[KL]J’, ‘IG[KL]C’, ‘IGH[ADEGM]’.


  2. TCR-genes were removed from the count data using a regular expression command with the following pattern:’^TR[ABDG][VJC]’. A cluster containing cells positive for CD3E, CD19 and CD14 was discarded.

    文献主要结论

当然了,文献里面要解决的根本不是我最开始提出的问题。文章主要说了BCR/TCR会对聚类结果有影响

  • the genes that encode B-cell antigen receptors interfere with the process of unsupervised clustering, as well as the down-stream analyses of these cells.

  • the genes that encode T-cell receptors interfere with the unsupervised clustering of these cells.

  • This interference is likely due to the high frequencies of B- and T-cell receptor genes among the genes that account for most of the variance in each of the PCs used for the clustering.

  • The effects of the B-cell and T-cell receptor genes are abrogated upon their exclusion before clustering is undertaken.


可喜的是,人家提供了代码

Code availability

All custom codes used for data processing and computational analyses are available under project BCR_TCR_Interference at https://github.com/MartenssonLab/.


欢迎批评指正

           ——生信小博士


看完记得顺手点个“在看”哦!










生信小博士
【生物信息学】R语言开始,学习生信。Seurat,单细胞测序,空间转录组。 Python,scanpy,cell2location。资料分享
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