单细胞与空间转录组联合分析最佳教程!

文摘   2024-09-20 05:00   江苏  

一、文章来源

想要联合分析单细胞与空转的小伙伴有福了!

对于那些在单细胞分析和空间转录组学领域探索的科研工作者来说,一个令人兴奋的资源已经出现。最近,一篇名为“Spatial transcriptomic characterization of pathologic niches in IPF”的研究论文,为那些渴望深入了解如何将单细胞数据与空间转录组数据结合起来分析的研究人员提供了宝贵的指导。这篇文章中详细的给出了联合分析的教程代码、数据



二、下载地址

这篇文章不仅提供了深入的理论分析,还慷慨地分享了联合分析的详细教程和相关数据集。这些资源可以在Zenodo平台上找到,链接为:https://zenodo.org/records/10782711    这个数据集的下载量已经接近500次,这表明它在科研社区中受到了广泛的关注和认可。


三、下载方法

对于那些不熟悉如何下载数据的研究人员,这里有一个简单的指南:如果你使用的是Linux系统,可以通过conda环境来下载Zenodo上的文件。Conda是一个流行的包管理系统和环境管理器,它可以帮助用户轻松地安装软件包和创建隔离的环境,这对于数据处理和分析尤为重要 :Linux下载zenodo上的文件(conda)

这篇文章为那些在单细胞和空间转录组学领域寻求进一步研究的科研人员提供一个宝贵的资源,他们提供教程、代码和数据 ,如果你对这一领域感兴趣,那么这篇文章和它的资源无疑是不容错过的。

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生信小博士
【生物信息学】R语言开始,学习生信。Seurat,单细胞测序,空间转录组。 Python,scanpy,cell2location。资料分享
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