单细胞整合专题:harmony、CCA、RPCA、LIGER、FastMNN、scvi、stlearn

文摘   教育   2024-10-03 17:00   江苏  


scRNA-seq 整合简介

单细胞测序数据集的整合,例如跨实验批次、供体或条件的整合,通常是 scRNA-seq 工作流程中的一个重要步骤。整合分析有助于在数据集之间匹配共享的细胞类型和状态,从而提高统计能力,最重要的是有助于在数据集之间进行准确的比较分析。在 Seurat 以前的版本中,作者介绍了整合分析的方法,包括 "基于锚点 "的整合工作流程。许多实验室也发布了功能强大的开创性整合分析方法,包括 Harmony 和 scVI等。


整合目标(为什么要进行数据整合?)

几个关键目标:

  1. 识别两个数据集中都存在的细胞亚群

  2. 获得在对照细胞和受刺激细胞中都保留的细胞类型marker

  3. 比较不同的组别,找出细胞类型对刺激的特定反应




整合方法:

之前分析了很多完整代码和整合时的细节问题,今天总结一下:

  1. harmony整合单细胞数据-去除批次效应

  2. 所有的样本都可以harmony合并分析吗?加测了TCR/BCR的单细胞数据能和普通的单细胞样本合并分析呢?

  3. Cell发表的单细胞整合方法:LIGER,很好用!

  4. seurat v5使用scVIIntegration进行数据整合

  5. seurat v5直播,一键完成五种数据整合:harmony,CCA,RPCA,FastMNN,scVI

  6. Seurat一键完成五种数据整合:harmony,CCA,RPCA,FastMNN,scVI,代码分享

  7. 单细胞多样本整合分析

  8. 空间转录组 多样本整合分析—stlearn

  9. 多样本或批次的数据整合分析时,是否需要按样本分别进行ScaleData处理?

10. seurat v5全流程—harmmony整合+标准分析+细胞注释+批量差异、富集分析(seurat读取多个txt文件)

11. 整合单细胞和空转数据多种方法之Cell2location

生信小博士
【生物信息学】R语言开始,学习生信。Seurat,单细胞测序,空间转录组。 Python,scanpy,cell2location。资料分享
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