下载完整GWAS Catalog的snp数据(孟德尔随机化分析使用)
International Multiple Sclerosis Genetics Consortium (IMSGC) 是一个全球合作的科研网络,旨在通过大规模的基因组关联研究(GWAS)深入研究多发性硬化症(Multiple Sclerosis,MS)的遗传基础。IMSGC将世界各地的研究机构和实验室联合起来,利用广泛的基因组数据、临床数据和表型数据,以发现和确认与MS相关的遗传变异。
IMSG数据集的特点
IMSGC的GWAS研究涵盖了全球多个人群,并且是多发性硬化症遗传研究的一个重要数据来源。IMSGC的GWAS数据集包括数十万个样本,涵盖了大量的遗传标记(如SNPs),并通过高通量的基因分型技术生成了大规模的基因数据。其研究成果已在多篇高影响力的科学期刊上发表,帮助推动了多发性硬化症的遗传学理解。
IMSGC的目标
IMSGC的主要目标是识别与多发性硬化症相关的遗传变异,并通过这些研究揭示疾病的生物学机制。IMSGC的研究成果将有助于预测疾病风险、发展新的治疗策略,并为个体化医学提供理论支持。
IMSGC的成果主要体现在以下几个方面:
发现新的与MS相关的遗传变异。 更好地理解多发性硬化症的遗传易感性。 识别潜在的生物标志物,用于疾病早期诊断、预测和治疗。
参与IMSGC的研究机构
IMSGC的成员包括全球多个国家的研究机构、大学、医院和基因组研究中心。合作网络跨越了许多国家,汇聚了丰富的临床数据和基因数据。
数据下载
方法一
注册 可以下载数据,审核需要两周
https://imsgc.net/?page_id=31
方法二
1.通过GWAS Catalog下载IMSGC的GWAS数据
GWAS Catalog 是一个由欧洲生物信息研究所(EBI)维护的公共资源,收录了全球范围内的GWAS研究数据。IMSGC的GWAS数据也在GWAS Catalog中提供。
步骤:
访问GWAS Catalog网站
打开GWAS Catalog的官网:GWAS Catalog搜索多发性硬化症相关的数据
在GWAS Catalog的首页,您会看到一个搜索框。输入**"Multiple Sclerosis"或"MS"**,然后点击搜索按钮(或按Enter键)。查看搜索结果
在搜索结果页面,您将看到与多发性硬化症(MS)相关的所有GWAS研究。找到与IMSGC相关的研究,通常会标明研究名称或机构名。查看研究详情
点击研究标题,进入该研究的详细页面。页面会显示有关研究的数据、样本、方法等信息。IMSGC的GWAS研究通常包括大量的SNP标记和它们与多发性硬化症的关联数据。下载GWAS总结统计数据
在研究页面,您可以找到数据下载选项。IMSGC的GWAS总结统计数据通常以CSV或TSV格式提供,包含每个SNP的统计信息(如P值、效应大小等)。
类似于:下载完整GWAS Catalog的snp数据(孟德尔随机化分析使用)
https://www.ebi.ac.uk/gwas/downloads/summary-statistics
3.通过dbGaP下载数据
dbGaP(Database of Genotypes and Phenotypes)是美国国立卫生研究院(NIH)提供的一个公共数据库,存储了很多GWAS数据集,包括IMSGC的多发性硬化症数据。
步骤:
访问dbGaP官网
打开dbGaP网站:dbGaP官网搜索IMSGC的数据集
在dbGaP的搜索框中输入**"Multiple Sclerosis"或"IMSGC"**,然后点击搜索。查看相关的数据集
搜索结果将列出与多发性硬化症(MS)相关的所有数据集。选择您需要的数据集,查看相关信息和数据使用说明。请求访问数据
一些IMSGC的GWAS数据可能需要数据访问权限。如果是受限数据集,您需要注册并申请访问权限。