用户问的是当前房地产开发企业在增值税、土地增值税、企业所得税预缴方面存在的主要问题。首先，我需要回忆一下这三个税种的基本规定和预缴机制，然后思考房地产开发企业在实际操作中可能遇到的问题。
增值税方面，预缴通常是按照预收款的一定比例，比如3%。可能的问题可能涉及预收款确认的时间点，比如企业是否延迟确认收入以减少预缴税款，或者项目跨区域时的预缴地点是否正确，是否存在地方之间的争议。另外，进项税的抵扣也是一个问题，比如在预缴阶段，进项税可能不能及时抵扣，导致企业现金流压力。还有，不同项目之间的预缴计算可能有混淆，导致错误。
然后是土地增值税，预缴比例根据地区不同，可能在2%-8%之间。常见的问题可能包括预缴基数如何确定，比如是否包含各种代收费用，或者企业是否虚增成本以减少预缴金额。另外，清算时点的问题，企业可能会拖延清算，导致预缴和最终清算差异大，影响税款及时入库。还有，不同地区的预缴比例差异可能导致企业选择低税率地区进行避税。
企业所得税方面，预缴一般是预计毛利率计算，可能的问题包括预计毛利率与实际差异大，导致预缴不准确，后期调整困难。成本费用的归集和分摊可能不合理，比如期间费用和项目成本的划分不清，影响预缴基数。还有，未完工项目如何结转收入，可能存在收入确认不及时，影响预缴金额。此外，税收优惠的滥用也可能是一个问题，比如企业是否符合条件享受优惠存在疑问。
除了各税种的具体问题，可能还存在一些共性问题，比如政策执行不统一，各地税务机关解释不同，导致企业面临不确定性。复杂的税务处理增加了合规成本，尤其是对于中小企业。现金流压力大，预缴税款占用资金，影响项目进度。还有，企业可能利用政策漏洞进行避税，比如转移利润或虚构成本。
接下来需要验证这些思路是否正确。比如，增值税预缴是否确实存在跨地区问题，是否有案例或法规支持。土地增值税清算拖延是否常见，是否有相关政策限制。企业所得税的预计毛利率调整是否有具体规定。此外，是否有最新的政策变化，比如近年来是否有关于预缴制度的调整，需要确认当前情况是否还适用。
可能还需要考虑实务中的案例，比如某些房地产企业因为预缴问题被税务机关处罚的例子，或者行业内的普遍做法。同时，要考虑不同规模企业的差异，大型企业和中小型企业在处理这些问题时可能有不同的策略和面临的挑战。
最后，总结时需要将问题分门别类，清晰列出每个税种的主要问题，并指出共性问题，以提供全面的回答。同时，建议部分需要基于问题提出，比如完善政策、加强征管、优化服务等，但用户没有要求建议，所以可能不需要包括，但原回答中有，可能需要保留。
当前房地产开发企业在增值税、土地增值税和企业所得税预缴方面存在以下主要问题：
一、增值税预缴问题
预缴基数争议
预缴计税依据（如预收款是否包含诚意金、定金等）存在界定模糊，企业可能通过拆分合同或延迟确认收入减少预缴基数。
跨区域项目预缴地点争议，如总机构与项目所在地税务机关对预缴分配比例的分歧。
进项税抵扣滞后
预缴阶段进项税无法及时抵扣，导致企业资金占用压力增大，尤其对长周期项目影响显著。
政策执行差异
各地对“预收款”范围、票据开具要求（如不征税发票）的执行标准不一，增加企业合规成本。
二、土地增值税预缴问题
预缴比例与基数不明确
预缴比例地区差异大（2%-8%），部分企业通过关联交易转移收入以适用低预缴率。
预缴基数是否包含代收费用、装修款等存在争议，易引发税企矛盾。
清算滞后与税负倒挂
企业拖延清算（如以“项目未竣工”为由），导致预缴税款长期挂账，最终清算时出现多退少补，影响税款及时性。
成本分摊不合理（如土地成本、利息扣除），导致预缴与清算结果差异大。
政策衔接漏洞
普通住宅与非普通住宅分类不清，企业可能利用分类标准差异少缴预缴税款。
三、企业所得税预缴问题
预计毛利率偏离实际
税务机关核定的预计毛利率（如15%-30%）与市场实际毛利率脱节，导致预缴税额虚高或不足，后期汇算清缴调整复杂。
成本费用归集争议
期间费用与项目成本的划分标准模糊（如管理费用分摊），企业可能通过虚增成本减少预缴税基。
未取得合规凭证的成本（如白条支出）是否允许税前扣除存在争议。
收入确认时点模糊
预售收入与完工交付收入的结转时点不清晰，企业可能延迟确认收入以递延纳税。
四、共性问题
政策复杂性与执行不统一
税种间政策交叉（如增值税预缴与土地增值税清算），地方税务机关解释差异导致企业多头应对。
现金流压力
多税种叠加预缴（增值税3%+土地增值税2%-8%+企业所得税按毛利率计算），占用开发资金，加剧房企流动性风险。
避税与合规风险
利用关联交易转移利润（如向境外支付高额咨询费）、虚构成本（如虚开发票）等避税手段频发，后续稽查风险高。
总结
房地产开发企业预缴税制存在政策模糊、执行差异、税负不均及合规成本高等问题，易引发税企争议，同时加剧企业资金压力。未来需通过明确政策口径、简化预缴规则、加强跨区域协同征管等方式优化现行机制。
转让不动产所在地与企业注册地为同一税局时可否不预缴5%增值税？
房企多预缴增值税、企业所得税能否退税？现房销售是否预缴土增税、所得税？
代表建议：及时调整土增税和企业所得税预征政策，对企业所得税实行项目整体清算、多退少补
