1. 分子力学的研究内容
分子力学是研究分子之间相互作用和运动规律的学科，其研究内容主要包括以下几个方面：
分子结构和构象：研究分子的几何结构、构象和键长、键角等参数的确定，以及分子内部的转动、振动等运动方式。
分子间相互作用：研究分子之间的相互作用力，包括范德华力、静电相互作用、氢键等。这些相互作用力对于分子的稳定性、聚集行为和化学反应等具有重要影响。
分子动力学：研究分子在外界作用下的运动规律，包括分子的转动、振动和平动等。通过分子动力学模拟可以模拟和预测分子的运动行为，对于理解和解释实验现象具有重要意义。
分子模拟方法：研究和开发用于模拟分子系统的计算方法和算法，包括经典力场、量子力场、蒙特卡洛方法、分子动力学方法等。这些方法可以用于计算分子的能量、结构、动力学行为等性质。
总之，分子力学的研究内容涉及分子结构、相互作用、运动规律和模拟方法等方面，对于理解和解释分子系统的性质和行为具有重要意义。
2. 分子力学的核心概念
与量子化学关注原子坐标不同，分子力学更关注原子之间的键连关系——量子化学通过原子坐标生成势场，并往往通过自洽场SCF的方式求解薛定谔方程的近似解，这也是HF方法早期的主要实现方案。
分子力学的模型往往要求研究者前期给定分子中的键连方式，这意味着研究人员必须对分子中的键性质有相当充分的了解，特殊的键性质还要借助量子化学方法来修正。
分子动力学模拟是分子力学最常见的应用，它基于系综理论，通过时间平均的方式模拟体系的实际情况，即假设在足够长的模拟时间里体系将会经历所有可能出现的状态。最典型的正则系综通过恒温条件下的分子动力学，模拟体系的各类性质（允许压力和能量的有限涨落）
3. 分子力场
为了实现分子力学的模拟，分子力场是模拟所必须的数据库，研究人员需要对一个任务选取对应的力场和力场参数。实际上，分子力场的构建也是繁复的过程，目前主流软件也支持内置的力场参数，比如Amber通用力场GAFF。
典型的势能具有以下形式：
从基础的振子模型就可得出上述势能的基本表达形式，化学键的能量在一定范围内近似满足胡克定律:
夹角的势能函数也类似：
二面角采用余弦函数描述，往往用V代表最高势垒：
实际上，通过这些函数就可以用一系列参数来表示分子势能与结构的关系，上面给出的是其中一种表达形式，实际上情况可能更加复杂。
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