大家好，欢迎观看《时空日报》第342期。本期介绍的时空/细胞组学相关研究文章共计2篇。以下是应用时空云平台STOmics Cloud的Genpilot模块生成的文章概要，并辅以人工审核，供了解参考。
单细胞和空间转录组学将COL6A3确定为未分化多形性肉瘤的预后生物标志物
Single-cell and spatial transcriptomics identify COL6A3 as a prognostic biomarker in undifferentiated pleomorphic sarcoma
Mol Cancer; IF: 27.700; DOI: 10.1186/s12943-024-02168-8
内容概要：
① 未分化多形性肉瘤（UPS）及相关肿瘤构成了软组织肉瘤中最常见的类型。然而，这类肿瘤却呈现出多样化的病因，其转移率和生存率也存在显著差异。在这一类多形性肉瘤中，有两种以皮肤为基础的肿瘤特别引人注目，它们是非典型纤维黄色瘤（AFX）和多形性皮肤肉瘤（PDS）。这两种肿瘤在初次活检时往往难以明确区分，但它们的预后却存在显著差异。为了深入了解这些肿瘤的特性和差异，研究人员开展了一系列研究。
② 为了更好地表征AFX和PDS这两种肿瘤，研究人员采用了先进的单细胞转录组测序技术。他们对5例AFX和PDS活检样本进行了测序，同时，还对1例PDS切除标本进行了单细胞和空间转录组测序。这些研究不仅揭示了这两种肿瘤在基因表达层面的细微差别，还为后续的预后评估和精准治疗提供了宝贵的依据。
③ 在研究中，AFX和PDS之间的最高差异基因可预测人类蛋白质图谱中包含的其他17种癌症的总生存率。尤为值得注意的是，COL6A3和BGN这两个基因分别在包含46例和38例UPS肿瘤的独立队列中成功预测了总体生存期和无转移生存期。特别是COL6A3基因，它在预测UPS患者的总体生存期方面表现出了极高的准确性，并且在预测UPS转移方面，其预测能力甚至优于已建立的肉瘤预后基因面板。这些发现为UPS的进一步研究提供了新的视角和思路。
非典型纤维黄色瘤（AFX）和多形性皮肤肉瘤（PDS）标本的scRNA-seq概述
疾病研究：非典型纤维黄色瘤，生物标志物，胶原蛋白，类多形性真皮肉瘤，预后，肉瘤， scRNA-seq,空间转录组学，未分化的多形性肉瘤; Klein JC, Wang L, Strand D, Lastufka C, Hosler GA, Hon GC.; Department of Medicine, Memorial Sloan Kettering Cancer Center, New York, NY, 10021, USA.
单细胞分析揭示了纤维化过敏性肺炎的新免疫紊乱
Single-Cell Analysis Reveals Novel Immune Perturbations in Fibrotic Hypersensitivity Pneumonitis
Am J Respir Crit Care Med; IF: 19.300; DOI: 10.1164/rccm.202401-0078OC
内容概要：
① 研究人员对纤维化型超敏性肺炎（FHP）这一由免疫机制驱动的间质性肺病进行了深入研究。为了揭示FHP中的免疫异常，他们采用了单细胞5' RNA测序技术。在美国和墨西哥，他们收集了45例FHP患者、63例特发性肺纤维化（IPF）患者、4例非纤维化型超敏性肺炎患者和36例健康对照受试者的外周血单个核细胞（PBMCs）和支气管肺泡灌洗液（BAL）细胞进行测序。
② 通过差异基因表达分析、转录因子活性推断以及轨迹分析，研究人员发现了一些有趣的免疫变化。与对照样本相比，FHP患者的经典单核细胞数量显著增加，并且富含CCL3hi/CCL4hi和S100Ahi经典单核细胞。这些发现表明，FHP患者的免疫系统中存在特定的免疫细胞亚群异常。此外，轨迹分析还揭示了S100Ahi经典单核细胞可能分化为与纤维化相关的SPP1hi肺巨噬细胞，这进一步支持了FHP中免疫机制与纤维化之间的关联。
③ 更重要的是，研究人员还发现FHP患者的细胞显著富含GZMhi细胞毒性T细胞，这些细胞表现出提示TGFβ、TNFα和NFκB通路活性的转录因子活性。这一发现揭示了FHP独特的炎症T细胞驱动特性，并表明GZMhi细胞毒性T细胞可能在FHP的发病机制中起重要作用。这些新的免疫紊乱的发现，包括S100Ahi和CCL3hi/CCL4hi经典单核细胞以及GZMhi细胞毒性T细胞的增加，可能为FHP的生物标志物和治疗干预措施的开发提供新的线索。
数据概览
疾病研究：纤维化过敏性肺炎，特发性肺纤维化，间质性肺病，普通间质性肺炎，scRNA-seq ; Zhao AY, Unterman A, Abu Hussein NS, et al. ; Section of Pulmonary, Critical Care, and Sleep Medicine, Department of Medicine.
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审校 | 赵芳
题图 | 彭卫
排版 | 小飞鱼
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