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大家好，欢迎观看《时空日报》第328期。本期介绍的时空/细胞组学相关研究文章共计2篇。以下是应用时空云平台STOmics Cloud的Genpilot模块生成的文章概要，并辅以人工审核，供了解参考。
牙髓中的三级淋巴样结构在抗击细菌感染中的作用
Tertiary Lymphoid Structure in Dental Pulp: The Role in Combating Bacterial Infections
Advanced Science; IF: 14.300; DOI: 10.1002/advs.202406684
内容概要：
① 在医学研究领域，三级淋巴样结构（TLS）与多种疾病状态密切相关，其中包括癌症和慢性感染。TLS的形成受到多种因素的调节，这些因素因所在器官的不同而有所差异。然而，尽管TLS在免疫反应中发挥着重要作用，但关于其形成的具体分子机制，目前仍然缺乏明确的认识。
② 牙髓作为牙齿内部的软组织，其结构特殊，由刚性矿化组织所包围，并通过根尖孔与外界相连。牙髓内含有少量的免疫细胞，这使得它在面对细菌感染时，能够产生定向的免疫反应。鉴于牙髓的这种特性，它成为了研究TLS的理想模型。通过对健康和发炎的人类牙髓进行深入研究，科学家们发现了TLS的已知标志物，这些标志物在发炎的牙髓中均有表达，包括C-C趋化因子配体19（CCL19）、溶酶体相关膜糖蛋白3（LAMP3）、CC趋化因子受体7（CCR7）和CD86等。与健康牙髓相比，发炎牙髓中的免疫细胞种类和比例均有所增加，细胞间的通讯也更加频繁。
③ 为了进一步验证TLS在牙髓炎中的作用，科学家们还进行了多重免疫荧光染色实验，并在患有牙髓炎的牙髓中观察到了典型的TLS结构。这一发现与CC趋化因子配体3（CCL3）的高表达相一致，提示CCL3可能是TLS形成的关键驱动因素。此外，在牙髓炎的小鼠模型中，科学家们也观察到了TLS的存在。这些研究结果共同为理解TLS在感染应答中的形成和功能提供了新的见解。
新鲜分离的人炎症性牙髓的细胞成分
其他研究：龋齿，趋化因子，牙髓，免疫细胞，牙髓炎，第三淋巴结构(TLS)， scRNA-seq ; Li R, Gu F, Peng L, et al.; State Key Laboratory of Oral & Maxillofacial Reconstruction and Regeneration, Key Laboratory of Oral Biomedicine Ministry of Education, Hubei Key Laboratory of Stomatology, School & Hospital of Stomatology, Wuhan University, Wuhan, 430079, China.
早期治疗HIV-1感染中，病毒储存库细胞演化过程中的先天性免疫活动痕迹
Footprints of innate immune activity during HIV-1 reservoir cell evolution in early-treated infection
Journal of Experimental Medicine; IF: 12.600; DOI: 10.1084/jem.20241091
内容概要：
① 在HIV-1感染的治疗策略中，一个引人注目的现象是，如果在感染早期就启动抗逆转录病毒治疗（ART），那么患者在后续的治疗中断期间，更有可能维持无药状态下的病毒控制。然而，这一现象背后的具体原因，目前科学家们尚未完全理解。为了更深入地探究这一机制，研究人员利用了一项评估治疗性HIV-1疫苗的人类随机对照临床试验的样本。
② 通过对这些样本的分析，研究人员发现，早期启动ART的患者，在治疗开始后的第一年内，会经历一个加速且有效的选择过程，使得位于抑制性染色质位置的基因组完整的HIV-1前病毒被筛选出来。值得注意的是，这一过程并不受疫苗诱导的HIV-1特异性T细胞反应的影响，表明存在其他机制在起作用。
③ 为了揭示这些机制，研究人员进一步进行了单细胞蛋白质基因组学分析。他们发现，携带完整HIV-1的细胞具有独特的表型特征，这些特征表明它们经历了由先天性免疫反应介导的免疫选择。具体来说，这些细胞中的HLA-C、HLA-G、IL-10受体和其他参与先天性免疫调节的标志物，都出现了轻微但显著的上调。这些发现共同表明，在HIV-1感染的早期治疗中，病毒储存库细胞经历了加速的免疫选择，这一过程至少部分由先天性免疫反应所驱动。
RIVER研究中HIV-1病毒储存库细胞的表型特征
疾病研究：HIV-1感染，早期ART， 病毒控制，前病毒选择，先天性免疫反应，单细胞蛋白质基因组学; Sun W, Gao C, Gladkov GT, et al.; Ragon Institute of MGH, MIT and Harvard , Cambridge, MA, USA.
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审校 | 赵芳
题图 | 彭卫
排版 | 小飞鱼
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