DEMO上新 | 更高捕获!时空转录组FF V1.3“秀”出“硬实力”

学术   2024-11-07 18:18   广东  


近日,华大时空组学正式发布了时空转录组FF V1.3,该产品可同时以“纳米级分辨率”和“厘米级全景视场”实现“组织到数据”,适用于新鲜冰冻(Fresh Frozen, FF)样本。该产品目前适配1 cm*1 cm以及0.5 cm*0.5 cm芯片,两种尺寸均可兼容同片ssDNA染色/H&E染色及单细胞分割。未来将兼容更多尺寸芯片以及多组学应用方案,满足研究人员的多样化需求。(点击了解时空转录组FF V1.3详细优势>>>提质增效,实现更高捕获与更精细空间探索


时空转录组FF V1.3不仅可以应用于人和小鼠,也可对其他物种进行时空全转录组信息挖掘。目前时空转录组FF V1.3已测试包括人、小鼠等在内的30多种物种组织。本文将详细展示小鼠脑和卵巢的数据结果,让我们一起看看时空转录组FF V1.3亮眼的数据表现吧。


小鼠卵巢组织DEMO数据结果展示



01 

Summary


主要指标表现


测序Q30值以及注释到基因各区域的reads数


测序饱和度曲线(Bin20)


02 

Square Bin


不同Bin Size的基因捕获量统计结果


Bin20下的基因表达聚类和分群结果


*注:时空芯片上每个 DNB 在基因表达热图上表现为一个像素点,此时的分析单元为Bin1,即一个像素点只包含一个 DNB 的数据。Bin20(10 μm*10 μm)表示一个分析单元包含20×20=400个 DNB 区域的数据。


03 

CellBin


CellBin数据分析结果


CellBin下的基因表达聚类和分群结果


小鼠卵巢组织演示数据芯片号为B04372C211,数据下载链接(复制链接到浏览器下载)

http://116.6.21.110:8090/share/3b93c1a6-e88c-41dc-a6d8-6779981ddc3e


小鼠脑组织DEMO数据结果展示



01 

Summary


主要指标表现


测序Q30值以及注释到基因各区域的reads数


测序饱和度曲线(Bin20)


02 

Square Bin


不同Bin Size的基因捕获量统计结果


Bin20下的基因表达聚类和分群结果


*注:时空芯片上每个 DNB 在基因表达热图上表现为一个像素点,此时的分析单元为Bin1,即一个像素点只包含一个 DNB 的数据。Bin20(10 μm*10 μm)表示一个分析单元包含20×20=400个 DNB 区域的数据。


03 

CellBin


CellBin数据分析结果


CellBin下的基因表达聚类和分群结果


小鼠脑组织演示数据芯片号为C04042E3,数据下载链接(复制链接到浏览器下载)

http://116.6.21.110:8090/share/7f5966d8-ca8c-482f-ac43-db5786414897


更多DEMO数据可登录时空官网(https://www.stomics.tech/)查阅下载。


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内容 | 康芮

题图 | 魏懿富

排版 | 小飞鱼

审核 | 庄雯、黎晓玲


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