时空转录组FF产品方案是同时以纳米级分辨率和厘米级全景视场实现“组织到数据”的整体解决方案，适用于新鲜冷冻(FreshFrozen, FF)样本。为帮助研究人员利用更简便的工作流程捕获更多的基因，实现对基因表达和细胞变化过程的精准解析，我们对该方案进行了全面升级。
升级后的时空转录组FF V1.3的整体性能更优异，在保持原分辨率500 nm基础上，捕获基因数显著提升，工作流程更快速简便，可以轻松完成CellBin分析，实现真正意义上的空间单细胞分析。目前，时空转录组FF V1.3兼容1 cm*1 cm和0.5 cm*0.5 cm的芯片，两种尺寸都兼容同片ssDNA染色/H&E染色以及单细胞分割。点击了解详细产品性能>>>时空转录组FF V1.3：提质增效，实现更高捕获与更精细空间探索
时空转录组FF V1.3试剂
STOmics 时空组学分析软件
最新的分析软件版本分别为：SAW v8.1、 StereoMap v4.1（ImageStudio已合并入StereoMap），对应的软件包和用户手册已上线时空中文官网，软件下载链接：
https://www.stomics.tech/products/BioinfoTools/OfflineSoftware（复制链接到浏览器下载）
时空转录组FF V1.3要求的软件版本为：SAW ≥ v8.1，StereoMap ≥ v4.1。两个分析软件适用范围及本次更新点如下：
注：时空蛋白转录组Stereo-CITE V1.1即将上市。
SAW
1. 新功能
▶ 支持蛋白组转录组Stereo-CITE FF样本分析，在运行SAW count时请将 --kit-version 设置为 “Stereo-CITE T FF V1.x” 。在以单体可执行程序.tar.gz 发布的SAW中，需要v8.1.0或更高版本支持运行Stereo-CITE FF分析。
▶ 支持转录组Stereo-seq FF kit=V1.3，在运行SAW count时请将--kit-version 设置为 “Stereo-seq T FF V1.3”。
▶ SAW reanalyze由子模块调用，您可以使用以下方式调用：SAW reanalyze lasso
SAW reanalyze新增：
SAW reanalyze midFilter执行按 MID 范围手动过滤空间表达矩阵。
SAW reanalyze multiomics多组学蛋白质组和转录组联合分析。
SAW reanalyze removeBackground自动去除蛋白背景信号。
▶ 接受在StereoMap打点配准后输出的图像.tar.gz，可以通过--image-tar 输入SAW。需要SAW v8.1.0 或更高版本支持图像分析。
2. 升级
▶ 生信流程
默认在SAW count比对中去除adapter，而不是直接丢弃带有adapter的序列。
bin GEF模式下的聚类省略了零中心变量以处理稀疏输入。
调整了蛋白组和转录组联合分析中的标记基因和标记蛋白的选择阈值。
SAW count和SAW realign升级HTML报告。页面Square Bin可以显示bin20和bin50聚类和UMAP。
改善了细胞分割后出现单个面积较大的细胞的现象。
▶ 问题修复
修复软件部分已知BUG和问题。
StereoMap
▶ 可视化支持展示cellbin的单/多基因热图。
▶ 可视化支持蛋白&Marker基因的多组学联动展示。
▶ 图像处理第二步手动配准，增加空芯片打点配准（无需矩阵）。
▶ 图像处理第二步、第三步和第四步增加操作说明。
▶ 图像处理和可视化输出文件支持用户自定义目录。
▶ 小工具QC删除清晰度评估指标。
▶ 小工具QC结果展示增加QC后的输出文件目录，鼠标点击可以跳转到对应路径。
▶ ImageStudio版本号v3.0.4→v3.0.5（自StereoMap v4.0版本开始，ImageStudio合并入StereoMap），本次更新主要是修复部分已知BUG和问题。注意ImageStudio v3.0.5是配套SAW v7.1.2和StereoMap v3.1.3使用的。
修复图像QC模块显微镜坐标有负数的情况，导致手动组织分割和细胞分割无法导入的问题。
修复图像QC模块输出的TAR.GZ无法QC的问题(只有时空显微镜才会出现该问题)。
修复图像QC DAPI+mIF染色拼接坐标异常的问题。
产品配套材料
时空转录组FF V1.3使用说明书：
https://www.stomics.tech/resources/Documents/list.html（复制链接到浏览器下载）
更多详细资料，请移步时空官网查看
👇👇👇
https://www.stomics.tech/
内容 | 庄雯、康芮
题图 | 彭卫
排版 | 小飞鱼
审核 | 李珊珊、黎晓玲
特别关注
时空转录组FF V1.3在保持Stereo-seq技术“纳米级分辨率”和“厘米级全景视场”的两大优势下，通过优化时空试剂、酶、探针设计以及算法软件完成性能优化与提升。升级后，其捕获效率大幅提升，工作流程更快速简便，用户友好性显著增强，可助力研究人员轻松获得每个细胞内的更多高质量转录本数据，为各种应用场景下的科学研究提供无与伦比的洞察力。
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