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“2024时空组学用户峰会·北京站”将于10月31日下午13:00-18:00在北京举办。本次用户峰会将邀请来自清华大学、中国科学院动物研究所、首都医科大学、中山大学等专家，就单细胞及时空技术在发育、再生、脑科学领域的应用，以及前沿生信分析方法等进行分享。快快扫描文末二维码报名参会，与我们共聚现场，探索生命科学领域的浩瀚时空。（点击推文查看会议议程>>>议程公布 | 相约北京，共同解锁Stereo-seq文章大爆发的奥秘）
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福尔马林固定石蜡包埋（Formalin Fixed Paraffin Embedded，简称FFPE）的组织样本，因其易于长期稳定保存、且能够较好地维持组织形态便于在显微镜下检查和分析的特点，被广泛应用于病理学研究和临床诊断。然而，由于FFPE样本的脆弱性，在送样过程中容易出现保存不佳、运输不当等问题，从而影响后续实验结果的准确性和可靠性。为了确保样本的完整性和活性，我们特推出送样指南，助您顺利开启实验成功之门。
目前，华大时空转录组FFPE产品可接收三种样本类型，分别为FFPE蜡块、蜡片（石蜡切片）及组织贴芯片样本。
时空转录组FFPE 样本质检要求：
▶ 为保证样本质量，降低实验风险，建议切取3-5片5 μm厚的组织切片，放入1.5 mL EP管中进行Total RNA的提取和质量检测。建议对DV200 ≥ 30%的组织样本进行后续实验操作。
▶ 蜡片样本需同步寄送蜡片和蜡卷，蜡卷用于质检，蜡片用于正式实验。
▶ 组织贴芯片样本在贴片前要完成质检及区域选择。
FFPE 蜡块样本要求
01
蜡块质量要求
蜡块制作可参考各医院病理科制作蜡块的流程，要求脱水充分、浸蜡充分，切片可连续成片、无裂痕和空腔(组织本身自带除外)，样本切片过程中不会与外部包埋的蜡分离。质检通过的蜡块务必固定在石蜡的包埋盒内，方便后续切片。
对于1 cm×1 cm的Stereo-seq芯片N，组织尺寸不应超过0.9 cm×0.9 cm×2 cm。
02
保存及运输要求
▶ 保存条件：蜡块存放于室温或 4~8℃。
▶ 运输条件：蜡块放入密封袋中密封，并将其放入含有冰袋的泡沫盒中寄送，保持低温2~8°C运输。运输时，做好样本防撞措施，可采用泡沫、发泡纸等多层包裹以避免运送过程中碰撞影响样本。
若蜡块不方便提供，如无法取出病理实验室，可按照要求提供蜡片或组织贴芯片样本。
FFPE蜡片（石蜡切片）样本要求
01
蜡片质量要求
选取的蜡片需平展，不能褶皱过多、破碎。要能顺利展片，无需修片，如无把握，可用邻片在蜡片运输前展片测试，若不能成功展片，不建议寄送此蜡片。
使用小毛刷或镊子将单张蜡片放入全新的50 mL 离心管中并盖紧管盖，在50 mL 离心管外标签处标记好样本名称和日期。
同时切取几个蜡卷放入单独的离心管中，做好标记，同步寄送给接收方用于质检。
对于用于实验的蜡片务必为单张蜡片，每片蜡片单独放一个离心管。
FFPE 蜡片选片标准
单张蜡片置于50mL离心管示例
提示：
▶ 普通组织建议5 μm、脂肪含量高的组织(如乳腺组织)建议4 μm；
▶ 如需保留相邻切片用于H&E染色，则可连续切3片，做好每片标记后用于后续实验。
02
保存及运输要求
▶ 保存条件：将50 mL离心管装入自封袋并放入干燥剂密封保存，4℃冰箱密封短暂保存。预防发生损耗，经过质检的同一样本可一次运输3-5张蜡片。
▶ 运输条件：将50 mL离心管装入自封袋并放入干燥剂密封保存，再将密封好的自封袋装入泡沫箱中，放入合适数量的冰袋，保持低温2~8°C运输。
请注意，蜡片短暂保存及整个运输过程的总时长不超过 1 周。
FFPE蜡片保存示例图
样本运输至接收方后，建议接收方尽快开展后续生化流程，如不方便立即开展，可在4℃冰箱密封保存，最长不超过1周。
FFPE组织贴芯片样本
01
组织贴芯片质量要求
请注意，贴片前需完成质检及区域选择。
按照华大提供的组织贴芯片样本制备流程进行制备，建议由经验丰富的实验师操作，制备时需区分好A面（哑光面）和B面（光滑面），正对切片操作人员的一面为A面，贴于刀刃的面为B面；后续操作始终保持B面朝下，贴于液体、芯片和玻片，以防脱片。
AB面区分示例图
02
保存及运输要求
▶ 保存条件：将烤干的Stereo-seq芯片N载体放入玻片保存盒中，盖上盖子，置于25°C或 37℃烘箱中，可存放48 hr；或将玻片保存盒装入自封袋并放入干燥剂密封保存，4℃冰箱密封短暂保存。
组织贴芯片保存示例图
▶ 运输条件：将自封袋装至硬盒中(防止被压变形)，再放入泡沫箱，箱中放入合适数量的冰袋，保持低温2~8°C运输。
请注意，组织贴芯片短暂保存及整个运输过程的总时长不超过1周。
组织贴芯片运输示例图
样本运输至接收方后，建议接收方尽快开展后续生化流程，如不方便立即开展，可在4℃冰箱密封保存，最长不超过1周。
温馨提示
FFPE三类样本制备、保存、运输的详细信息及注意事项，可移步时空官网获取（复制以下链接即可直达页面）：
https://cdn-newfile.stomics.tech/时空实验样本准备操作指南.pdf
内容 | 康芮、庄雯、李丹丹
题图 | 魏懿富
排版 | 小飞鱼
审核 | 黎晓玲
特别关注
华大时空组学推出的时空转录组FFPE产品方案，能够捕获FFPE样本中的全部RNA分子，包括降解的RNA片段、编码和非编码RNA。并且可以实现宿主和微生物RNA共检测，实现了更为全面的生物信息覆盖。通过空间条形码（Coordinate ID，CID）的巧妙应用，该技术能够精准还原RNA分子在组织中的原始空间位置，使得FFPE样本的转录组分析成为可能，并赋予了其全新的研究价值。点击查看时空转录组FFPE产品优势
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