时空日报 | Nucleic Acids Res:经人工整理的单细胞多组学免疫数据资源—scImmOmics

学术   2024-11-08 17:35   广东  


大家好,欢迎观看《时空日报》第336期。本期介绍的时空/细胞组学相关研究文章共计2篇。以下是应用时空云平台STOmics Cloud的Genpilot模块生成的文章概要,并辅以人工审核,供了解参考。



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scImmOmics:经人工整理的单细胞多组学免疫数据资源

scImmOmics: a manually curated resource of single-cell multi-omics immune data

Nucleic Acids Res; IF: 16.600; DOI: 10.1093/nar/gkae985

内容概要

① 单细胞测序技术为发现和表征具有独特功能的免疫细胞亚群提供了可能,这对于揭示健康或疾病状态下的免疫反应具有重要意义。然而,尽管科研人员已经做出了大量努力来收集和整理单细胞RNA测序(scRNA-seq)数据,但目前仍然缺乏一个具有统一元数据的免疫特异性单细胞多组学图谱。

② 为了解决这个问题,科研人员推出了scImmOmics这一数据库。scImmOmics是一个基于高质量免疫细胞构建的人工整理的单细胞多组学免疫数据库,这些免疫细胞都带有已知的免疫细胞标签。该数据库涵盖了来自七种单细胞测序技术的超过290万个具有细胞类型标签的免疫细胞,涉及131种免疫细胞类型、47种组织和4个物种。为了确保数据的一致性,科研人员对免疫细胞类型的命名进行了标准化,并以层次树结构的形式清晰地展示了免疫系统内的谱系关系。

③ 除了丰富的免疫细胞数据外,scImmOmics还提供了全面的免疫调节信息。这包括T细胞/B细胞受体测序克隆型信息、细胞特异性调节信息(如已知细胞类型中的基因表达、染色质可及性、蛋白质状态、转录因子状态、细胞间通讯和共表达网络等)以及免疫细胞对细胞因子的反应。总的来说,scImmOmics是一个综合且有价值的平台,它有助于科研人员深入了解免疫细胞的异质性和多样性,并揭示单细胞水平的特定调节机制。


图形摘要


生信工具:免疫细胞亚群,scImmOmics数据库, 免疫特异性多组学图谱,免疫调节信息,scRNA-seq ; Li YY, Zhou LW, Qian FC, et al.; The First Affiliated Hospital & National Health Commission Key Laboratory of Birth Defect Research and Prevention, Hengyang Medical School, University of South China, Hengyang, Hunan 421001, China.


2


干细胞移植延长了自然衰老的食蟹猴的生殖寿命

Stem cell transplantation extends the reproductive life span of naturally aging cynomolgus monkeys

Cell Discovery; IF: 13.000;  DOI: 10.1038/s41421-024-00726-4

内容概要:

① 卵巢在女性的生殖系统和整体健康中扮演着至关重要的角色,负责生成卵母细胞并分泌性激素。近年来,间充质干细胞(MSCs)移植在缓解卵巢病理性衰老方面的潜力已经得到了科学界的关注。然而,关于MSCs是否能对自然衰老的卵巢产生积极影响,科学界一直存在疑问。为了深入探究这一问题,研究人员首先对中国女性在围绝经期卵巢储备的动态变化进行了详细考察,为后续的实验提供了重要背景信息。

② 为了验证MSCs对自然衰老卵巢的影响,研究人员采用了自然衰老的食蟹猴作为实验模型。他们发现,将一种特殊的人类胚胎干细胞衍生的MSC样细胞(即M细胞)移植到衰老的卵巢中,能够显著降低卵巢的纤维化程度和DNA损伤水平。更重要的是,这种移植还显著增强了卵巢的性激素分泌能力,并改善了食蟹猴的生育能力。值得一提的是,在M细胞移植后,一只健康的婴猴顺利诞生,这标志着实验取得了突破性进展。

③ 为了更深入地了解M细胞移植对卵巢的积极作用,研究人员还进行了单细胞RNA测序分析和体外功能验证。结果表明,M细胞移植后,卵巢中的颗粒细胞和间质细胞在凋亡、氧化损伤、炎症和纤维化等方面的表现均有所减轻。这些发现不仅进一步证实了M细胞移植对衰老卵巢的有益作用,还为我们揭示了卵巢衰老的分子机制以及基于干细胞技术缓解这一过程的潜在途径。


中国围绝经期女性的卵巢储备


其他研究:卵巢,间充质干细胞,自然衰老,人类胚胎干细胞衍生MSC样细胞,移植,围绝经期,生育能力,scRNA-seq ; Yan L, Tu W, Zhao X, et al.; Key Laboratory of Organ Regeneration and Reconstruction, State Key Laboratory of Stem Cell and Reproductive Biology, Institute of Zoology, Chinese Academy of Sciences, Beijing, China.



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审校 | 赵芳

题图 | 彭卫

排版 | 小飞鱼



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