时空转录组FF V1.3在保持Stereo-seq技术“纳米级分辨率”和“厘米级全景视场”的两大优势下，通过优化时空试剂、酶、探针设计以及算法软件完成性能优化与提升。升级后，其捕获效率大幅提升，工作流程更快速简便，用户友好性显著增强，可助力研究人员轻松获得每个细胞内的更多高质量转录本数据，通过华大自主研发的CellBin（点击了解详情>>>Stereo-seq细胞分割CellBin，精准单细胞研究利器）细胞分割算法精准刻画组织结构空间特征，为各种应用场景下的科学研究提供无与伦比的洞察力。
目前时空转录组FF V1.3已测试包括人、小鼠等在内的30多种物种组织。上一期，我们已展示小鼠脑和卵巢的优异数据表现（点击查看>>>DEMO上新 | 更高捕获！时空转录组FF V1.3“秀”出硬实力）。本期将详细展示小鼠舌、眼球和脑组织的数据结果及应用探索，快来一起看看时空转录组FF V1.3的亮眼表现吧。
时空转录组FF V1.3精准识别小鼠舌组织空间特征
01
小鼠舌组织DEMO数据结果展示
样本基本信息及关键捕获指标 | |
物种组织 | 小鼠舌 |
染色方案 | H&E染色 |
芯片尺寸 | 0.5 cm×0.5 cm |
每个细胞基因中位数 | 916 |
每个细胞MID中位数 | 1,698 |
总基因数 | 27,427 |
主要指标表现
不同Bin Size的基因捕获量统计结果
CellBin下的基因表达聚类和分群结果
02
小鼠舌组织中的应用探索
对小鼠舌组织DEMO数据结果进行深度解析，通过聚类结果（左图）可以看到，上皮细胞呈现为从肌底层细胞至角质层细胞逐层分化的分布，并且其分层非常清晰。同时，我们也分析了基底细胞的标记基因Krt14的空间分布特征，结果表明，Krt14的空间表达模式与基底细胞的分布模式一致，符合预期的解剖结构特征。这表明，我们利用精确的空间单细胞分析可实现明确的组织分层。
左图：小鼠舌组织中，上皮细胞呈现为从肌底层细胞至角质层细胞逐层分化的分布；中图和右图：展示了标记基因Krt14的表达模式（右图）与相关细胞（基底细胞）的分布模式（中图）一致
小鼠舌组织演示数据芯片号为B04372C214，数据下载链接（复制链接到浏览器下载）：
http://116.6.21.110:8090/share/a847338f-7382-4fe7-81c9-af60f5df86b8
时空转录组FF V1.3精细绘制小鼠眼球视网膜结构特征
01
小鼠眼球组织DEMO数据结果展示
样本基本信息及关键捕获指标 | |
物种组织 | 小鼠眼球 |
染色方案 | H&E染色 |
芯片尺寸 | 0.5 cm×0.5 cm |
每个细胞基因中位数 | 586 |
每个细胞MID中位数 | 1,035 |
总基因数 | 27,694 |
主要指标表现
不同Bin Size的基因捕获量统计结果
CellBin下的基因表达聚类和分群结果
02
小鼠眼球组织中的应用探索
基于小鼠眼球中细胞精确高效捕获到的转录组数据，结合CellBin分析，我们精细绘制了小鼠眼球视网膜的空间结构特征。我们观察到，小鼠眼球marker基因的分布模式正确，差异基因的空间分布和细胞聚类分层均符合眼球视网膜结构特征。
差异基因分布图
局部基因表达聚类结果展示
小鼠眼球组织演示数据芯片号为C04687E314，数据下载链接（复制链接到浏览器下载）：
http://116.6.21.110:8090/share/5b05f2fb-d40b-4da5-99e0-a32a8859987b
时空转录组FF V1.3实现小鼠脑更精确的细胞类型及空间位置识别
01
小鼠脑组织DEMO数据结果展示
样本基本信息及关键捕获指标 | |
物种组织 | 小鼠脑 |
染色方案 | ssDNA染色 |
芯片尺寸 | 1 cm×1 cm |
每个细胞基因中位数 | 698 |
每个细胞MID中位数 | 1,223 |
总基因数 | 27,599 |
主要指标表现
不同Bin Size的基因捕获量统计结果
CellBin下的基因表达聚类和分群结果
02
小鼠脑组织中的应用探索
我们利用CellBin细胞分割技术精准识别小鼠脑组织细胞类型及其空间分布特征，在小鼠脑组织图中可以看到，CellBin水平的皮层分层明显（左图），符合Allen脑区分布（右图）。
左图：小鼠脑组织单细胞分辨率聚类结果（CellBin，局部区域）。右图：小鼠脑组织的Allen脑区分布示意图
小鼠脑组织演示数据芯片号为C04042E2，数据下载链接（复制链接到浏览器下载）：
http://116.6.21.110:8090/share/d311a304-8715-47b3-8554-cfd3ee779d30
更多DEMO数据可登录时空官网（https://www.stomics.tech/）查阅下载。
扫码订购
时空转录组FF V1.3火热订购中，快快扫码订购吧。
🔼长按二维码即可订购
内容 | 康芮
题图 | 彭卫
排版 | 小飞鱼
审核 | 庄雯、黎晓玲
推荐阅读
联系我们
对时空组学或细胞组学整体解决方案感兴趣的老师，可选择以下方式和我们联系，我们将及时为您进行详细的介绍：
1. 在公众号留言；
2. 发送信息至邮箱：
services@stomics.tech。
让我知道你“在看”
