关于肠癌早筛，老美FDA已经批准了基于粪便样本DNA的Cologuard和Cologuard Plus，另外还有基于血液样本的Guardant Shield（参考：Cologuard 1.0 VS Cologuard 2.0 VS Guardant shield）。
今天来研究另一款FDA批准的基于粪便样本RNA的试剂盒-ColoSense。
此RNA并非今年刚获诺奖的miRNA，而是8个基因对应的mRNA转录本。
ColoSense是Geneoscopy公司开发的产品，其在今年5月刚获得批准用于45岁及以上平均结直肠癌风险的人群使用。
下图是FDA公示的其详细的用途说明：和Exact Science的两个Cologuard试剂盒一样，其也是在FIT的基础上进行开发，对于RNA的检测没有使用常规的qPCR，而是使用了检测限更低的数字PCR。
其用于获得FDA批准的前瞻性临床试验CRC-PREVENT的结果发表在JAMA上：
首先看一下其产品本身：
同样以FIT为基础，同时检测了8个基因的mRNA转录本表达状况，另外加上了吸烟的状况，每个参数都给了一定的系数值，FIT和吸烟状况还给了额外的校正值：如果阴性的话，校正值就是0，那么前面的系数值也不起作用了，吸烟阳性还分了两种不同情况：曾经吸过烟校正值为1，现在还在吸烟校正值为2。
8个基因的mRNA转录本中，GAPDH基因是内参基因，用于将其它7个基因所测表达值进行标准化：
为什么还要加入吸烟状况？
下面是刚发表不久的《中国社区居民结直肠癌筛查专家共识》所列的结直肠癌的危险因素，吸烟也是有一定的风险的。
吸烟的状况易于收集。那为什么不列入其它一些易于收集的因素，比如肥胖（可以是BMI值），饮酒等那就不得而知了。
接着看一下其大规模前瞻性实验的信息：
初始纳入了14263个，因为各种原因，后续只有8920个样本（既做了ColoSense检验，又做了肠镜）可用。
关于该实验有些有趣的数据：
Geneoscopy公司为了收集这些样本，为每一位参加的客户都准备了200美金，其中顺利给到粪便样本的客户可以拿到50美金，要想拿到剩下的150美金，那必须得做完肠镜。肠镜的费用Geneoscopy并不报销，但为了更好地完成该临床实验，Geneoscopy为完成肠镜的客户准备了一些礼盒。
再看看这8920个客户在全美的分布地图：遍布全美
大规模前瞻性临床实验没钱真是做不起。。
下面这个表是完成实验的8920个客户的一些社会和经济状况：
女性占比更高（接近60%），一半的参与者家庭收入在75000美金以上，95.3%的参与者都是城市人口，接近70%的参与者都有购买私人保险。
最后的验证性能如何：
相比FIT敏感性提高了很多（肠癌：94.4% vs 77.8%，AA：45.9% vs 28.9%），但却牺牲了不少的特异性（肠镜完全正常人群：87.9% vs 95.7%）。
对于肠癌患者的PPV为2.2%，对于肠癌和AA的共同的PPV为20.6%，NPV为95.5%：
其对肠癌和AA单独的AUC分别达到0.92和0.68：
但是单独只用RNA的话（去除FIT和吸烟状况），对于肠癌和AA的AUC只有0.62和0.58。也就是说FIT联合RNA，RNA对FIT的整体提升不太大。
可以对比一下Cologuard Plus的结果：其整体的AUC分别达到了0.98和0.76，性能明显优于ColoSense。
最后是4个肠癌早筛产品的性能汇总表：
性能最好的还是Cologuard Plus。
文章来源：玩转ATGC
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