本文于2021年12月9日首发，经修改后再次刊发
在真实历史中，执行珍珠港攻击任务的南云机动部队在起飞两波攻击机群后，已南下至珍珠港以北190海里处，准备收容攻击队。
攻击结束后，次席指挥官、第三战队司令官三川军一中将曾建议发动第三次攻击，但第一航空舰队司令长官南云忠一在参谋长草鹿龙之介的建议下（理由是机动部队还将面对其他敌人，而且既定目标已经达成），决定按原计划撤退。
南云忠一
草鹿龙之介
三川军一
第二航空战队司令山口多闻少将也向南云发出“第二波攻击准备就绪”的信号。但据第一航空舰队参谋长吉冈忠一少佐称，发出这一信号是遵循了做好准备后汇报的惯例。
山口虽接到飞行员和参谋的建议，请求他提议再次攻击，但他认为“南云不会同意的”，因此没有提出。
山口多闻
吉冈忠一
在联合舰队司令部，数名参谋向联合舰队司令长官山本五十六建议“应催促第一航空舰队司令部再次发动攻击”，但山本回复“南云不会这么做的”“交给机动部队指挥官（南云）决定吧”，因此没有再次下达攻击命令。
山本做出这一决定，也是因为他判断即使此时催促，攻击也只能在夜间或次日早晨进行，十分危险。
第一次攻击队在日本时间上午4时45分左右至6时过后返回，第二次攻击队也在7时前后返回。最后返回的是8时14分左右，因中弹导致发动机故障，只能以最低航速返回的飞龙号所属的特四攻击队第2中队第43小队笠岛敏夫二飞兵驾驶的九七式舰攻。
上午9时左右，舰队改变航向为北北西，踏上返回日本的归途。
图为一架完成攻击，正在返航的加贺号所属九七舰攻
而传言中以舰艇维修干坞及贮油设施作为目标的第三次攻击未列于攻击计划之中，而第一次攻击队指挥官渊田美津雄中佐与南云忠一中将对其是否应发动产生争执似乎也是后人的渲染之辞。
返航时在赤城号甲板上合影的攻击舰队高级军官
但南云机动部队确实有因应实际状况的备选计划，但并未付诸实行（山本五十六本想以损失航母为代价，给美军造成足以结束战争的打击，但据草鹿称，南云并未被告知这一真实意图。）。
后世一种观点认为南云若发起第三波攻击，将珍珠港彻底摧毁以致丧失其基地功能，美军舰队势必撤回本土，预估将使得美军对太平洋的反攻推延1-2年。
可从实际来看，而即使维修舰艇的干坞遭受空袭，修复时间也应该较短。且太平洋战争期间美国海军舰艇维修多在本土西岸与东岸的港口（如华盛顿州的普吉特海军造船厂，好几艘珍珠港事件中受创战列舰即在此地重生，具体详看战列舰大街的重生 - 珍珠港事件沉没战舰复活记），除了考虑珍珠港腹地有限之外，也提防当地再次受到攻击影响维修进度。
1943年12月12日时的珍珠港海军船只维修基地
若珍珠港的贮油设施受攻击无法使用，重建想必也不会太久。当时珍珠港总贮油量约1.4亿加仑，约为32艘T2-SE-A1型舰队油轮(fleet oiler)的贮油量。
事实上在珍珠港攻击之后，美国海军即下令多家造船厂全力赶工建造此型油轮；平均70天即完成一艘，最快33天即建成。在第二次世界大战期间美国海军超过500艘舰队油轮之中，T2-SE-A1型油轮即有481艘。
1943 年 8 月 16 日，美国 T2-SE-A1 型油轮“哈特克里克”号正在海上航行。
所以若珍珠港贮油设施无法使用，美国海军应会以大量舰队油轮作为应急方案。历史的进程或许推延数月，但结果还是不会改变。
而且美国海军基地各油槽与管线都是彼此独立敷设，海军用燃油既不会爆炸也不易引燃，需要多架次攻击机分别命中个别油槽才能全数摧毁。
且日军攻击机群在第一波攻击中用完了所有800kg穿甲炸弹，只剩250kg和60kg炸弹。因此很难对油库造成威胁。
在前两次攻击时美军已警戒且增强反击力度，日军有三分之二的损失来自于第二波攻击的机群，所以南云认为若发动第三波攻击，将会冒着动用联合舰队四分之三航空力量的风险，而舰队将会损失更多飞机及飞行员，所以贸然发动第三次攻击的成效值得商榷，且日军宝贵的航母也有为索敌中的美军发现并攻击的风险。
