在遗传育种研究中，我们经常会听到RIL系和NIL系，那么它们到底是什么呢？
Figure 1. Comparison of introgression (A) and recombinant inbredlines (B)
重组自交系（Recombinant Inbred Line, RILs）：通过多代自交从杂交后代中选育出的同质系。RILs用于定位数量性状基因（QTLs）和基因功能研究，因为每个RIL在基因组上都有不同的重组，且基因型是固定的。
构建过程
杂交：选择两个亲本，进行杂交以产生F1代。
自交：对F1代进行连续多代自交（通常6-8代），每代选择一个子代继续自交，直到后代在大多数基因座上趋于纯合，获得RILs。
特点
基因型稳定：由于多代自交，RILs在基因组上的大多数位点已经趋于纯合。
丰富的重组：在自交过程中发生了大量的基因重组，使每个RIL具有独特的基因组合。
可重复性高：由于基因型稳定，RILs的表型表现也较为稳定，可在不同实验中重复使用。
应用
数量性状基因定位（QTL Mapping）：RILs是QTL分析的理想材料，通过测量多个RIL的表型，并结合基因型数据，可以定位控制数量性状的基因座。
遗传多样性研究：RILs可用于研究种群中的遗传变异和基因互作。
基因组关联分析（GWAS）：RILs的稳定性和多样性有助于高效进行GWAS，揭示性状与基因型之间的关联。
作物育种：在育种中，RILs用于筛选具有优良性状的品种。
近等基因系（Near Isogenic Line,NIL）：通过回交和自交，将某个目标基因或染色体片段引入到一个背景相似的遗传背景中，最终获得的仅在目标基因或片段上有所差异的同质系。NILs常用于精细定位QTLs和验证基因功能。
构建过程
初始杂交：选择两个亲本，其中一个亲本携带目标基因或感兴趣的染色体片段。
连续回交：将F1代与目标基因背景的亲本进行多次回交（通常6-8代），每次选择携带目标基因的个体进行回交。
自交：最后进行几代自交，使目标基因纯合，并获得近等基因系。
特点
遗传背景相似：NILs的遗传背景与受体亲本几乎完全相同，唯一不同的是目标基因或染色体片段。
精确性高：NILs适合精细定位目标基因，因为背景基因型差异最小，可以排除其他基因的干扰。
功能验证：由于只有目标基因不同，NILs非常适合用于基因功能验证和研究基因互作。
应用
精细基因定位：NILs用于进一步精细定位在QTL分析中发现的目标基因，以确定其具体位置。
基因功能验证：通过比较NILs与受体亲本的表型差异，验证目标基因的功能。
基因互作研究：NILs可以用于研究不同基因之间的互作关系，通过引入不同的目标基因，观察其相互作用对表型的影响。
作物改良：NILs用于将特定有利基因引入优良品种中，提高作物的特定性状，如抗病性、产量等。
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