感染性结石倾向的治疗包括积极的外科方法。美国泌尿外科协会指南编辑委员会已经更新了其指南，强烈推荐内镜为基础的疗法(经皮肾镜)，是治疗肾内复杂的鹿角状结石的首选方法。
感染性结石治疗的核心是预防复发而不是药物溶解结石。需要长期有效的控制分解尿素的微生物感染，尽可能的改善膀胱健康、保持足够的尿量、使用有效的抗生素。
不幸的是，当有结石残留时，因在结石的间隙内经常停留微生物和内毒素，这些方法很难起效。对于那些培养中发现的主要微生物应选用合适的抗生素并行药物敏感试验。特别注意的是，患者尿及结石的悬浮物的培养结果并不总一致。因此，所有可疑鸟粪石的患者取出结石后，都应当使用广谱抗生素，治疗局部耐药微生物。虽然在治疗过程中培养可能是阴性，但是如果残留的碎片仍然存在集合系统中，就很有可能复发。
一、饮食疗法
早期是采用低钙、低磷和高液体摄入的饮食疗法，同时给予磷酸铝凝胶 和雌激素来治疗感染性结石；该疗法获得了一定的成功。然而铝和磷酸在肠道中结合会引起一系列副反应，包括便秘、食欲减退、昏睡、骨痛和高钙尿症。虽然饮食疗法限制了磷和镁的补充剂或食物的摄入，但是该方法仍缺乏证据支持。
二、酸化尿液
感染性结石仅在碱性尿液环境中形成（PH＞7.2），酸化尿液已被用于预防感染性结石。但抗坏血酸和氯化铵均不能是尿PH降低。而左旋蛋氨酸有酸化尿液的作用；左旋蛋氨酸经口服后在肝脏代谢为硫酸盐和氢离子，从而酸化尿液；短期的代谢研究证实单次服口服1500mg左旋蛋氨酸能使尿PH下降至6.0-6.2；另一项长期临床试验研究了口服该药的19位感染性结石患者，发现该患者人群平均尿PH从7.5降至5.5；在该试验随后的10年随访过程中，仅有10%的患者发生结石复发。但目前尚无随机临床试验直接比较左旋蛋氨酸与安慰剂或不治疗之间的疗效的差别。患有任何病因引起的代谢性酸中毒的患者禁止采用酸化尿液疗法。另外，该疗法还可能导致骨骼脱矿质作用。因此，该疗法目前尚未被广泛应用。
三、抗生素治疗
长期抗生素治疗已被建议用来消除感染、去除产尿素酶的微生物，从而预防鸟粪石。只是目前尚无评估长期抗生素预防鸟粪石作用的随机临床试验。然而一些回顾性研究认为低结石复发率是因为外科治疗后解释和感染都消除了。Beck和Riehle给予SWL治疗后的患者3个月的敏感抗生素治疗，在平均27个月随访过程中发现9例有直径＞2mm的残石的肾脏中的78%有新结石形成，而 20例无石的肾脏中的20%形成新结石；另外SWL治疗后的无石患者仅有1位感染复发，而17例SWL治疗后仍存在固定或是有活性的残石的患者中47%的患者感染复发。该试验强调外科治疗后的无石状态是降低结石和感染复发的关键，与长期抗生素治疗同样重要。虽然无一级证据支持长期抗生素预防结石复发的作用，但是3级证据的支持足以建议在外科治疗后采用长期敏感抗生素治疗来维持尿液的无菌状态和预防结石、感染的复发。所选抗生素最好在外科取石过程中直接作用于病原微生物，因为术前的尿培养结果发现与从结石中分离的病原微生物不符。
抗生素治疗的目标是使尿液达到无菌水平，防止感染性成石成分处于过饱和状态。体外和体内的研究均表明，感染石可在无菌尿液中部分溶解。然而在许多情况下，细菌存在于结石内部的间隙内，如果残石大于1cm，抗生素不易向内渗透，使其难以达到无菌状态。据Beck等报道，超过5mm的残石，即使应用细菌敏感的抗生素，仍有78％呈现结石进行性生长。此外，一些磺胺类，呋喃类等抑菌性的药物一般很难彻底消除残存感染。因此，彻底清除残石或至少将其充分粉碎是有效控制尿路感染和结石复发的前提条件。在肾功能正常状态下，与血清抗生素浓度相比，尿中其浓度可浓缩10到100倍，这是因为药物敏感试验是基于血清抗生素浓度，所以某些细菌耐药的抗生素在尿中照样可达到杀菌或抑菌的浓度（5）。临床上常用的青霉素和氨苄青霉素虽在常规药物敏感试验中可能是耐药的，但仍能起到很好的治疗效果。当其尿中浓度达20μg/ml时就可有效控制90％的各种变形杆菌。标准的口服氨苄青霉素（250mg，Q6h）治疗方案能使尿中药物浓度达到150～300μg/ml。因为采用一般非特异性抗生素很难奏效，所以应根据尿培养来选用特异性药物并需长期服用才能达到根除感染的目的，即使尿液达不到完全无菌水平，也可将细菌脲酶的产量减少99％，从而抑制结石再发和延缓生长（6）。
感染性结石抗生素疗法的应用周期较长。开始可选用2周治疗剂量，一至2周后尿液就可达到无菌状态。然后将剂量减半并维持3个月，同时每个月做尿培养。在此期间，如果患者有感染复发迹象或尿中有细菌生长，应将抗生素重新调整到治疗性剂量。然而，长期使用抗生素可能会使体内细菌耐药或菌群失调，因此，对于无法手术或术后残石者，最好采用长期少量式抗生素治疗，但这只是抑制结石生长，而非溶解结石。但亦有人认为，长期使用抗生素治疗并非上策，最好使用其他疗法，如尿液酸化（1）。长期间断性细菌学监测也很有必要，中止抗菌治疗后应每月复查一次，3个月后改为每季复查一次，维持一年。
四、尿素酶抑制剂
唯一已有随机临床试验证实的有预防感染性结石作用的药物是尿素酶抑制剂。尿素酶催化尿素分解是人类鸟粪石形成的必要条件。因此抑制尿素酶能消除鸟粪石的形成因子。虽然目前有充足的临床和经验性证据证实尿素酶抑制剂的作用如乙酰氧肟酸，但是该药的副反应的高发限制了该药在临床上的使用。氧肟酸的分子结构与尿素类似，因此能在低浓度下特异性抑制尿素酶。目前，仅有两种尿素酶抑制剂被FDA批准上市，分别是乙酰氧肟酸（AHA，，菌石通）和羟基尿。虽然羟基尿是不可逆的尿素酶抑制剂，但是在体外实验中发现其抑制尿素酶的作用低于AHA。另外，羟基尿能被尿素酶分解，释放氨，而AHA不是尿素酶的底物。目前AHA是被使用最广泛、研究最透彻的的尿素酶抑制剂。使用AHA后，尿PH和氨水平明显下降，并能促进结石溶解。而且有3个随机临床试验证实其延缓结石生长的作用。然而，由于其低的吸收率，以及其超过22%的副反应发生率（3个试验的副反应发生率从22到62%不等）。采用AHA治疗进行性的复发感染结石的患者的试验中，试验中起始剂量为250mg，每日两次。而肾功能不全（血肌酐放＞2mg/dL）的患者禁止使用AHA,因为在该群患者中，该药的尿中浓度达不到治疗所需浓度，同时该药还有肾毒性。同样该药禁止用于孕妇，因为其的致畸作用。当患者有一个功能不全且有结石的肾脏，而另一个正常时，该种情况是AHA使用的相对禁忌症，因为AHA在正常肾脏中能达到治疗浓度，而在患侧肾脏中却达不到。虽然支持采用AHA预防鸟粪石的证据可信度很高，但是其副反应的高发限制了其的广泛应用。
醋经胺酸(一种尿素酶抑制剂)可能会降低尿石的饱和度，从而延缓结石的形成(Griffithet al,1978)。对患有慢性尿素分解酶微生物感染的患者，已经证实每天给以250mg剂量的醋经胺酸三次，会阻止新结石的形成，并抑制结石的增大。至少已通过两项随机对照实验研究已经证实上述结论。在这些研究中，把醋经胺酸和抗生素同时应用于患者，结石复发率和增长率在用药组明显低于对照组。而且，在少数患者，这种试剂使已形成的结石的溶解。然而，有相当一部分接受醋经胺酸治疗的患者出现了较小的不良反应，25%的患者出现了深静脉栓塞。事实上，Rodman及其同事已经证实接受醋经胺酸治疗的患者会形成一种低水平的血管内凝血状态，从而需要紧密随诊有无栓塞的症状。几位作者已经报道由于不良反应的发生，药物治疗终止的几率很高。在随机对照试验中发现，大约22%一68%接受治疗的患者不得不停止治疗，并且退出了研究。已经报道过的不良反应多种多样，其中包括血栓现象、颤抖、身体出现阳性体征、水肿、胃肠道疾病、食欲缺乏、皮疹、秃顶、贫血和腹部疼痛。由于这些潜在的症状，这种试剂通常适用于那些迫切需要治疗的患者。其他酸化酶试剂已经被报道过，但是没有被广泛应用。这些试剂包括氯化按、苯酚胺基醋酸乌洛托品、抗坏血酸。鸟粪石最好的治疗方法是外科取石，而不是化学溶解。预防性应用抗生素可避免感染复发(进而结石复发)。醋经胺酸(Lithostat)能有效抑制尿素酶形成，但是它的广泛应用受到其不良反应的影响。
五、肾盂冲洗
经过导管注入溶解结石的药物主要有“溶肾石酸素”（Renacidin）。Renacidin是酸性溶液(pH3.9)可与结石中的钙结合形成枸橼酸钙复合物，主要用于治疗感染性结石。经过外科取石之后，在严密的观察下，残留的碎片可能会被(hemiacidrin),所溶解。过去，使用这种试剂会想到其强烈的毒性甚至致死。严密观察后提示这种情况多发生在泌尿系感染或败血症患者。因此，只有当泌尿系感染或者体内存在的细菌得到控制之后，这种试剂方可使用。在手术后第4-5天，首先用这种无菌含盐溶液以120m1/h的速率冲洗肾盂，持续2448h。冲洗液的高度依需要的最低高度，能够维持120m1/h的流率。如果在手术的引流周围或切开的地方有漏出，冲洗应该停止，直到伤口愈合。发热或者协腹部不适或者血肌醉、镁、磷酸盐水平升高的患者需要仔细监测。当上述任何情况发生时，都需要立刻停止冲洗。
在48小时后，如果患者的状况保持在健康的水平，没有发热、没有漏出、没有协腹部不适、冲洗用合适的溶液重新开始。通过冲洗管或导管，以120m1/h的流速持续进行。大多数作者)告知他们的患者:当有胁腹部不适发生的时候，立刻停止冲洗。在冲洗间隔期行结石X线断层成像技术跟踪。在X线可见的最后碎片消失之后，冲洗还要持续24-48小时。在一些实例中，冲洗的速率减小，或者用无菌生理盐水代替冲洗液，以防止对膀胱或肾的刺激。具有化学分解作用的一些试剂已经不再常规用于感染结石的治疗。
