马头明王的缘起，在《莲花生大师本生传》里有记载。相传在古印度，有个名叫集域边的国家，王子名叫高乌嘎拉，拜一位高僧为上师修习佛法，取法名为塔巴那波。塔巴那波修行不诚，对佛法产生了怀疑，心生恶念，走火入魔，赶走了他的上师，陷害潜心学法的仆人，结果变成了一个迷恋五欲的狂徒。
不久，塔巴那波一命呜呼进入地狱，但他罪恶的生涯并没有结束。五百辈转生为黑狼，五百辈投胎为恶狗，五百辈变成食人肉的秃鹰，五百辈变成嗜血的大毒蜂，生死轮回八万年，最后投胎转世成了恶鬼罗刹国的大魔头，名字叫马章如扎。
马章如扎比他的前世更加疯狂和凶暴，统帅无数的罗刹和妖魔，向天神、佛法和人类开战。这时由观音菩萨变成马头金刚，度母女神变成金刚亥母，来到喜马拉雅山之巅，男神女神演示了优美动人的九种舞姿，迷住了魔头马章如扎。
马头金刚趁机钻进了他的体内，从他的头顶伸出一个马头；金刚亥母趁机钻进魔妃的体内，从她的头顶伸出一个猪头，男神女神在恶魔的体内显示神变的法力，不断把自己的身体扩张，魔王和魔妃的身体快要绷裂成碎片了，马头叫了六次，猪头叫了五次，马章如扎实在忍受不了，只好乖乖地投降，皈依了佛法。
由此以后，由观音菩萨化现的马头明王，度母女神化现的金刚亥母，成了佛教最具威力的神灵，而马章如扎变成了邪魔的化身。
直到现在，西藏各地的跳神场上，要出现一个由神灵斩杀的妖怪，藏语叫“灵嘎”，据说就是马章如扎的化身，有的地方直接叫“魔鬼马章”，或者叫“如扎那波”。
色拉寺常见藏族小孩鼻有黑印，这是殿僧以圣像前油灯灯灰轻触小孩鼻尖加持的印记。在拉萨有一种习俗，婴孩出生没多久，父母便会带同前往大昭寺朝拜，并会来色拉寺马头明王前以灯灰触鼻，祈求保佑。家里小孩若常夜啼，是由于见鬼的缘故，父母会带来以灯灰触鼻，这样就能不受鬼魑干扰，夜睡安宁，百试百验。
而作为畜生道教主（观音菩萨）化身的马头金刚，其最终目的就是救度此道的一切有情众生，使他们摆脱轮回，趋向解脱之道。马头明王的主要功德为降伏罗刹、鬼神、天龙八部之一切魔障，消无明业障、瘟疫、病苦，免一切恶咒邪法等。
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