朝廷为了治水动用了大量的人力，为了付账，只能改革货币多发纸币。元朝末年的纸币发行数量并不比中期的元武宗时期多，但由于朝代末年的承受力更差，这次纸币发行带来了社会动荡。
元代纸币。来源/青海省博物馆
在社会动荡中，元朝的南北失衡问题更加突出。由于北方，特别是都城需要依靠南方的漕粮来养活，粮食主产区江浙以及运输粮食的运河和海运系统成了元朝的致命点。当海运被方国珍切断，而江浙地区又被张士诚占据时，元朝的都城失去了南方的粮食供应后，陷入饥荒。
由于北方缺粮，而朝廷无法组织军队的后勤，只能听任北方的统帅自行筹措粮草和管理地方。于是，当南方陷入汉人的群雄混战时，北方也陷入蒙古人的军阀割据。
艰难的治水
1349年（元至正九年）三月，继五六年前的几次决口之后，黄河再次北向决口。五月，黄河在白茅堤一段向东注入沛县，在这里形成一个大湖。
黄河是一条让人既爱又恨的河流。一方面，如果没有黄河的泥沙淤积，那么华北平原的形成可能会慢很多；另一方面，黄河又是一条富含泥沙、不断决口的河流。历史上的黄河河道在天津的海河流域到江苏的淮河流域之间巨幅摆动，旧河道不断淤积，河床甚至超出了平地的高度。
中国自有历史记载以来，黄河就出现了数次大的改道。元朝之前最后一次是北宋灭亡不久的1128年（南宋建炎二年，金天会六年），为了对付金兵南下，宋朝官员将黄河在李固渡（现河南滑县）扒开，滔滔河水如同脱缰的野马奔腾东流。在此前，黄河河道主要是向东北方向流，形成两条支脉，分别在天津（古入海口）和山东（现入海口附近）入海。扒开李固渡之后，黄河改为向东南方向流淌，汇入淮河，流向在江苏附近的大海，新河口与旧河口之间的距离相差上千千米。
蒙古人南下时，也曾经利用过黄河，扒开其河道去淹没金国的土地。但元朝得到天下之后，治理黄河被提上了议程。
为什么必须治理黄河呢？有几方面的原因。第一，黄河周围，特别是北方的山东境内有大量良田，如果治理不当导致黄河淹没良田，对朝廷的税收是一个直接打击。第二，黄河河道的破坏会直接影响周围的盐场，而盐已经成了蒙古人的第一大货币税，少了盐税收入，蒙古的财政也受不了。第三，黄河河道还与运河有关，黄河泛滥必然导致运河无法通行，而元朝又是一个资源分布严重不均的国家，财富主要集聚在江浙一带，而政治重心却在北方的大都，必须将江浙的资源不断地运往大都，才能保持证国家机器的正常运转。
元朝虽然开辟了海路，但海路主要以运漕粮为主，大量经济类商品和贡品仍必须通过运河系统运输。因此，元朝对运河的依赖程度已经远高于前朝。
元朝古船出土场面。来源/太仓博物馆
1344年（元至正四年）黄河决堤之后，到底如何治理黄河已经引起朝廷热议，主要有两种意见：一是尽量维持现状，等黄河相对稳定了，再根据稳定的状态将河道固定；另一种意见则是根据地形一边堵一边疏，尽快帮助黄河找到一条稳定的河道。
这两种意见争论了数年。由于别儿怯不花执政时期采取无为而治的态度，治理黄河的问题被拖延下来。如果不发生别的事件，那么治理黄河的问题还会继续拖下去。但到了1348年（元至正八年）十一月，在浙江的台州地区发生了方国珍反叛，元朝的财政失衡问题到了不得不解决的地步了。
台州人方国珍出身于一个盐贩家族，他和兄弟们都在海上贩盐。在他之前，台州地界有一个海寇叫蔡乱头，他与方国珍发生冲突，官员可能收了蔡乱头的贿赂，导致方国珍遭到迫害。于是方国珍率领家人远走海洋，开始了海盗生涯。
台州地处江浙的偏远地区，方国珍的海盗行径原本只是一个地方的小疮疤而已，元朝境内大大小小的疮疤已经太多，方国珍本来也不足以引起致命的后果。但这个疮疤又和其他的不同，因为它影响了海路的漕运。
方国珍在成为海盗前以贩私盐为生，这意味着他必须组织一支强大的海船船队，具有足够的机动性。元朝的海运虽然发达，但大都掌握在临海的民间富豪手中，政府的海军并不算强大。这导致方国珍在成为海盗之后，打起了政府漕粮的主意，以抢劫海路漕粮为生。
到了元顺帝时期，漕粮的海运已经过了巅峰期，据《元史·食货志·海运》记载，在天历年间漕运达到300多万石之后，1341年（元至正元年），漕运数量只有280万石，第二年为260万石。之后的数据已经缺失，但鉴于政治局势，海运数量也不会太高。至少在这个时期，海运依然在将南方的粮食送往北方，这样才能够维持元朝政府的运转。
随着方国珍对海运的骚扰，元朝政府感到了财政压力，在此时，运河的重要性进一步提升了。在这样的背景下，1349年（元至正九年）的黄河决口就有了更多意义。之前，朝廷还可以讨论要不要治理，到这时就成了不得不治理。
1349年（元至正九年）闰七月，脱脱以太傅身份重新担任了中书右丞相。由于之前的怀柔政策和拖延政策都被证明是无效的，因此对脱脱来说，摆在他面前的任务主要有两个：第一，解决方国珍问题，保证海运通畅；第二，治理黄河以保证运河的通畅。
据《元史·泰不华传》记载，在经过最初的起事之后，元朝派出了江浙参政朵儿只班率领海军镇压方国珍。朵儿只班将方国珍逼到福州的五虎门，眼看就要擒住他的时候，没想到方国珍一把火烧了自己的船，想趁乱逃走。这把火把元军吓坏了，士兵们乱成一团，原想逃走的方国珍反而乘机抓住了朵儿只班。作为海寇，方国珍并没有下定与元朝决裂的决心，他所要的只是自己的生存空间。于是朵儿只班写信给皇帝，要求将方国珍招降，元顺帝随即授予方国珍庆元定海尉。方国珍虽然接受了官职，但并没有离开本地，也没有将自己的人马解散。
脱脱上任时，恰逢方国珍的安分期，虽然元朝拿他没办法，但他也没有闹事。这时更麻烦的反而是河防事宜。1350年（元至正十年）十二月，在大司农秃鲁（他兼领了都水监）的组织下，人们开始讨论如何治理黄河。治理黄河的意见依然是两种，一种是顺其自然，另一种以工部尚书贾鲁为代表，提倡积极行动。脱脱采纳了贾鲁的意见，决定开始治河。
这时候就出现了一个非常现实的问题：治理黄河需要花费大量的资金。早在元世祖开会通河时，就花费了大约150万缗，而治理黄河的费用不会小于这个数字。根据贾鲁的估计，修筑黄河的民力来自13路的15万人，这么多的人如何组织，如何吃饭？由于财政出现危机，元朝已经处于赤字之中，加上方国珍引起的海运障碍，到底靠什么来筹措这笔经费呢？
这一点难不倒右丞相脱脱。
1350年（元至正十年）十月，就在朝廷讨论如何治理黄河的同时，脱脱还进行了另一项改革：货币改革。元顺帝下令中书省、御史台、集贤翰林两院商量如何进行货币改革。十一月，改革措施已经出台，不可谓不快。元顺帝下达诏书，要求发行一种新的货币。不过这次宰相脱脱选择了一个更加古典的名字：中统交钞。他规定新的中统钞（也称“至正钞”）1贯顶铜钱1 000文，可以换至元钞2贯，也就是说，通过新发行货币，又将至元钞贬值了一半。新钞发行后，政府印刷200万锭，作为支付河工的费用。其中至正钞190万锭，至元钞10万锭。
中统元宝交钞。来源/呼和浩特博物馆
在此，我们可以进行一个对比：在元武宗时期，曾经发行至大钞，一次性将至元钞贬值八成，不过民间依然扛下了这次大型的掠夺。而这次的中统交钞只是贬值一半，比元武宗时期的掠夺还是小得多，这样的发行方法应该也不至于引起太多的问题。
据《元史·贾鲁传》记载，1351年（元至正十一年）四月，工部尚书贾鲁担任总治河防使，发动民夫15万、兵2万，开始治河。十一月工程完工。这次治河在技术史上是一次巨大的成功，从最初的规划到物资的使用，都达到了中国古代工程史的巅峰。据《至正河防记》记载，治河的总里程达到285里154步多，许多地方使用了三重堤。修筑堤坝使用了大量的物资，包括大桩木2.7万根，其他榆木、柳木66.6万根，草733.5万束，竹竿62.5万根，苇席17.2万张，小石2 000般，绳索5.7万根，堵口用的大船120艘，铁缆32根，铁锚334个，竹篾15万斤，石锤3 000块，铁砧1.42万余块，大钉33 232个。总花费1 845 636锭，控制在了印刷的200万钞票限额之内。只有看到这些数据，人们才会意识到，蒙古人和元朝对工程和数字的把握已经精确到了什么程度。人们通常认为，中国古代由于缺乏数字和账目传统，大型工程的预算数据往往是混乱不堪的，但贾鲁的这次治河足以让我们意识到，至少这样的说法并不适合元朝。也只有这样，我们才会对总工程师贾鲁以及总指挥脱脱产生足够的敬意。
黄河的治理完毕也意味着运河的安全和内河航运的畅通。按照脱脱的规划，物流的畅通本来可以让元朝的体质更加强健，国祚更加久远。但这时发生了令人意想不到的事情。
元朝的软肋
在元朝中央政府忙于发行钞票和治水的时候，竟然有人利用这个时机造反。也只有到这时，人们才意识到元朝已是多么的脆弱。元武宗时期的无数次折腾和更大规模的通货膨胀都不足以让社会垮掉，但到了元顺帝时期，哪怕完成了对社会如此重要的治水，哪怕经过如此缜密的规划，依然无法解决控制力下降和社会混乱问题。
同年五月，治水还没有结束时，在河南行省的颍州（现安徽阜阳）出现了一次反叛，首领是一个叫刘福通的人。在元朝有许多教派，最著名的莫过于王重阳建立的全真道。但全真道并不与政府对抗，反而是另一个教派——白莲教更加积极。白莲教在阜阳的首领刘福通与韩山童策划反元，在平时，内地的这种反叛都不会长久。但这次他们瞄准的时机非常好，恰好是在方国珍反叛导致海运减弱、河运因黄河决堤不通、治水又带走大量人力和士兵之际。
韩山童死于起事之前的泄密，但刘福通逃脱了追捕，举起了反旗。他的人马先攻克颍州，之后连克朱皋（现河南固始县附近）、罗山（现河南信阳市罗山县）、上蔡等县，九月又攻克了汝宁府（现河南汝南县）、光州（现河南潢川县）、息州（现河南息县）。
刘福通的起兵成了榜样，一时间更多的人加入反叛的队伍。
八月，萧县（现江苏萧县）芝麻李起兵，攻克徐州。
同月，罗田（现湖北黄冈罗田）的徐寿辉起事，攻克黄州路。到十一月，更是自称“天完国皇帝”，建号“治平”。徐寿辉在初期表现出摧枯拉朽的力量，定都之后，立刻派遣手下兵分二路，向着东、西两个方向掠地。1352年（元至正十二年），更是接连攻克中部地区，直至三月才在南昌吃了第一场败仗。
1352年（元至正十二年）二月，另一支重要的反叛力量郭子兴起兵攻克濠州（现安徽凤阳）。三月，钟离人朱元璋加入郭子兴的队伍。
如上所述，元朝末年的主要反叛力量此时都登上了历史舞台。他们分别是：位于淮河流域的郭子兴和朱元璋、位于长江中游的徐寿辉、位于徐州的芝麻李，以及同样位于淮河流域（在凤阳上游的阜阳）的刘福通。
之后，刘福通的队伍中将分化出小明王韩林儿，以及山东地区的毛贵，并通过北伐（关先生支系）最远破坏到位于草原区域的元上都，甚至到达高丽。而芝麻李的队伍被打散后，有一部分（赵君用、彭大）将投奔郭子兴，引起这支队伍的内部矛盾。徐寿辉的队伍也很复杂，经过争斗之后，最后分化成位于两湖地区的陈友谅和位于四川的明玉珍两大势力。
这些反叛力量使得淮河和长江中游地区陷入混乱。原本脱脱治理黄河的一大目标是保持运河的通畅，但突然形成的群雄并起的局面威胁到了王朝的主动脉。
但如果认为元朝会因为反叛势力而轰然倒塌，那就是小看了其抵抗能力。反叛势力只是进一步削弱了元朝，却不是元朝灭亡的主因。元朝并不惧怕他们，因为它在近百年的历史中已经经历过无数次小规模动乱。元朝派遣大批蒙古将领分赴四方去镇压这些反叛者，并逐渐收复了一些区域。只要有足够的物资供应，那么元军经过最初的混乱之后，是有能力重新控制局面的。
我们这里所说的足够的物资主要就是军需，而所谓军需，最主要的就是粮食。粮食产地主要在江浙地区，上述反叛队伍虽然出自元朝核心，却是在元朝核心的薄弱地区，虽然有的从战略位置上讲很重要，但从物资角度上讲没有那么重要。比如，徐寿辉所占据的湖广行省的粮食税总额只有江浙行省的二成，芝麻李、郭子兴、刘福通都在河南行省境内，这里的粮食税总额只有江浙行省的一半，而且他们只占据了河南行省的部分地区，破坏力是有限的。
总之，反叛者并没有涉足当时最重要的区域江浙行省。江浙地区依然归顺于元朝，只要元朝的税收还能源源不断地供应其军队，迟早会将反叛镇压下去。
那么，朝廷真正怕的是什么呢？
元朝的软肋隐藏在一个巨大的不平衡之中：它的政治中心在北方，而最重要的经济区域在南方，只有从南方征收粮食运往北方，才能保证国家的运转。对元顺帝来说，只要保住江浙地区和交通，就可以保证国家不崩塌。但反过来说，一旦江浙地区或者从江浙将粮食运往北方的线路出了问题，就会如同大脑失去了供血一样，这个巨大的王朝将出现休克和暴亡。江浙地区暂时没有发生反叛，满足了元朝存续的第一个条件，但第二个条件（交通）能否得到保证呢？
元朝的交通分成运河和海运，其中运河穿过反叛区，受到影响，此时元朝的存续就更加依赖于大海之上的运粮队了。也正是因为南方群雄并起，使得方国珍的地位得到了提高。
事实上，此时的方国珍是能够对元朝造成最大骚扰的人。他骚扰元朝的方式不是破坏其粮食生产，而是破坏粮食运输的通道。一旦失去南方的海运漕粮，那么元朝的北方地区，特别是都城，是没有办法获得足够食物的，就更没有办法筹措军粮了。
方国珍虽然暂时接受了元朝的招安，但并不受其节制。在安分了一段时间之后，1350年（元至正十年）十二月，方国珍再次进攻温州，他的目的非常明确，就是抢粮食，这导致元朝海运受到严重干扰。为此，江浙左丞孛罗帖木儿不得不率军讨伐。第二年正月，大军出发。六月，孛罗帖木儿追到大闾洋（台州温州附近海域），不想被方国珍一把火烧了船，士兵被淹死一大半，孛罗帖木儿不仅吃了败仗，主将也被方国珍俘虏。
但方国珍与其他几位反叛者不同。其他几位大都对元朝有着刻骨铭心的敌意，因此在战争中表现出坚决不谈判的态度。可出身于富裕地区的方国珍并没有这么坚决。他并不排斥另一种可能性：接受元朝的收编。于是就有了接下来的谈判。
在孛罗帖木儿的帮助下，元朝决定设立一个巡防千户所，比当初的庆元定海尉官职更大。七月，朝廷命令大司农卿达识帖睦迩（即达识帖木儿）、江浙行省参知政事樊执敬招谕方国珍，方国珍也接受了这个职位，形势再次安顿下来。
方国珍的安顿给了元朝讨伐其他反叛者的空间，元朝在逐渐安定局面。一方面，元顺帝派王室成员赴四方镇守，表明当时元朝对南方还有着足够的控制力；另一方面，又四处调兵遣将去镇压反叛。九月，御史大夫也先帖木儿被授予知枢密院事，与卫王宽彻哥合兵进攻河南。十月，知枢密院事老章也加入了战局。十二月，也先帖木儿克复上蔡县，擒获反叛者韩咬儿。到了第二年，1352年（元至正十二年）正月，刑部尚书阿鲁进攻山东。
由于徐州是连接南北的一个关键节点，元朝对其也更加重视，正月，淮东添设元帅逯鲁曾进攻徐州，知枢密院事月赤察儿也率兵马指挥使宝童加入进攻徐州的行列。七月，宰相脱脱亲自率军前来。九月，脱脱就攻克了徐州，除了芝麻李被杀，他的下属彭大和赵君用都逃到濠州郭子兴处。脱脱由于这次军功，获封太师，回到京师。
在两湖地区，元军也取得很大进展，到这一年的年底，已经收复了很大一部分土地。元顺帝下令免除遭受兵灾又收复的地区的钱粮。对元朝威胁较大的是徐寿辉的东路军（指挥官项普略），这路军队进攻了江浙的富庶地区，直达杭州、常州，但也被元军击退。
与此同时，脱脱主持的元朝改革依然在继续。1352年（元至正十二年）三月的改革提高了南人的地位，规定南人也可以任职于中书省、枢密院、御史台官。这项改革措施如果放在和平时期，必然能够有巨大的吸引力。即便在南方，对朝廷表现出敌视的也是少数人，比如在广东和福建地区，由于元朝的开放政策，这里就很少出现对朝廷的反抗，而在江浙地区，那些富豪大户与朝廷的勾结远多于斗争。
但就在形势逐渐好转，政府恢复掌控局面的时候，已经投降的方国珍却又给了元朝致命的一击。
方国珍出事，与他的一个仇人（也是元军的一个指挥官）有关，这位指挥官叫泰不花。在历史上，对被招安者来说，最大的困难莫过于如何在双方之间达成互信。而之所以难以达成互信，是因为往往谁率先毁约，谁就是受益者。在方国珍前一年接受招安时，皇帝派遣大司农达识帖木儿前往招安，方国珍拿出了巨大的诚意，上岸接受封赏。当他们住下之后，元朝的绍兴总管泰不花却想抓住机会将方国珍杀死，从根本上解决问题。达识帖木儿最后阻止了他。
第二年，泰不花担任台州路达鲁花赤，与方国珍之间的信任关系越来越薄弱。一方面，元朝为了应对徐州的战事，在附近地区招兵买马，这一举动引起方国珍的怀疑，于是他又离开陆地，住回船里；另一方面，他的退缩又引起泰不花的猜忌。最后，双方在1352年（元至正十二年）二月见面谈判时发生冲突，方国珍扣留了泰不花并将他杀害。元朝与方国珍的战端再启，持续了整年。
就这样，元朝在其他地方取得进展的同时，却在海运上遭受了最严重的损失：方国珍的反叛，导致当年海运不通。也就是说，从此元朝失去了供养北方王族和庞大军队的粮食。这种情况从忽必烈灭亡南宋建立海运制度之后，几乎没有出现过。当国家的两条命脉——运河和海运都受到影响时，元朝陷入了休克。巨大的失衡问题决定了事业的成败。
但元朝并没有认命，而是开展了一场自救运动。1353年（元至正十三年）年初，元朝决定不惜一切代价招安方国珍，恢复海运。三月，皇帝派遣江浙行省左丞帖里帖木儿、南台侍御史左答纳失里前往招安方国珍。经过谈判后，二人上奏称方国珍已经决定投降。于是皇帝发出金符，不仅给方国珍授官，还分封了他的兄弟和党徒。
为了消除双方的不信任，元顺帝下令立了一块宣德石碑，表明自己的立场。这次招安的结果是，方国珍得到“海道万户”的名头，但实际上他占据了台、温、庆元三路，拥有独立的地位。江浙行省也只能接受这样的局面，也就是方国珍可以在自己的地盘内自行其是，只要不发起针对元朝的敌意行动就行。
方国珍在之后依然有过反悔之时，但大部分时间里至少在表面上服从于元朝，甚至还在后面的军事行动中给元军提供过帮助。就这样，元朝的第一次休克期过去了。但是这次休克并没有完全恢复，因为海运再也没有恢复到原来的规模，在方国珍的配合下，元朝的北方可以获得南方有限的物资补充。只是此时的元朝如同半身不遂，到底能够恢复到什么程度，还要看未来是否能够将内部的抵抗之火扑灭，巩固住政权，恢复另一条大动脉——运河。
但就在元朝刚刚松了一口气的时候，对整个元朝造成最大破坏的人已经出现了。
最关键因素：江浙反叛
1353年（元至正十三年）正月，元朝依然在与之前的反叛者作战，此时，一个名叫张士诚的人突然反叛。
张士诚记功碑。来源/姑苏北寺
张士诚是泰州人，兄弟三人以运盐为业。他的起事与其他人不同，带有更多偶然性。张士诚由于重义轻利，很快受到一群人的爱戴，成为小团体的首领。由于与其他团体发生冲突，导致张士诚走上反叛的道路。
这样的反叛与元朝中期的反叛类似，是偶发性的，如果不是处于群雄并起的大局之下，并不难处理。更何况江浙地区的人们由于生活富裕，并不愿意反叛，况且脱脱正在改革政治制度，希望将更多的江浙力量拉入政权，让他们成为受益者。
元朝最初并没有对张士诚给予太多的重视，试图招降他，但没有成功。五月，张士诚已经攻克泰州，又进入高邮。
第二年春天，张士诚在高邮建国号“大周”，自称“诚王”，改元“天祐”。到此时，这位新的反叛者才引起元朝的重视，这是因为高邮位于运河地区，连着长江，有着交通要道的地位。而且这里不只是运河的必经之路，还有一个更重要的因素，那就是它与江浙行省的主要产粮区只隔着一条长江，顺长江而下，是很好的海路通道。元朝即便能够降伏方国珍，只要张士诚存在，海路依然是不安全的。也就是说，张士诚的存在，对元朝的粮食产区和交通构成双重威胁，也带来了更大的休克风险。
到了六月，张士诚如同朝廷担心的那样，从高邮向更大的据点扬州进军。扬州完全处于运河与长江的交叉点上，地位比高邮更高。元朝派遣达识帖木儿（他也曾与方国珍作战）守卫，但是被张士诚击溃。
从这时起，张士诚就已经是朝廷最大的障碍了。扬州同时威胁着元朝的产粮地区江浙和海运系统，有可能恢复的粮食运输再一次陷入危险。
元朝在其他地区依然在不断地收复失地，这个新的燃烧点就成为元朝君臣最重视的地区。在张士诚之前，元朝最重视的是徐州，这才有了宰相脱脱的亲征。而对于高邮的张士诚，因为其他人一直无法取得突破，最后也必然需要脱脱亲自出场。
九月，脱脱以太师右丞相的身份，总制诸王、诸行省、各翼军，讨伐张士诚。这一次讨伐级别之高也是罕见的，除了指挥官的身份，脱脱还拥有便宜行事的权力，可以不经汇报自行决策。同时，他还可以从各个机构抽调随行人员。他的军队也是从各地征选的，甚至包括从西域来的人马。一路上旌旗千里、金鼓震野，阵仗之大，极为少见。
脱脱之所以用这么大的阵势，还和一个局势有关，那就是自从两年前海运第一次中断之后，元朝北方的物资供应一直不足。海运中断的后果并不是马上显现的，而是有一个过程。在第一年，由于有余粮，加上人们并没有意识到海运断绝的时间会很长，总以为会很快恢复。在这种情况下，人们还感觉不到问题的严重性。但到了第二年如果依然没有粮食进来，人们就会开始发慌。一旦超过三年，很可能就要引发巨大的饥荒了。刚刚解决了方国珍，又来了张士诚继续威胁交通线，使得脱脱必须尽快解决张士诚。
事实上，脱脱也曾经试过用其他方法来代替江南的粮食供应，就在海运不通的第二年，1353年（元至正十三年）二月，脱脱就采纳了其他大臣的建议，在大都周围进行屯田。他让右丞乌古孙良桢兼任大司农，来到北京的西山一带，在南达保定、河间，北至檀州、顺州的土地上开垦官田。为了保证收成，还专门雇用南方的农夫种植。之所以这样做，是脱脱预见到海运不通可能带来大饥荒，必须早做准备，尽量保证京师的粮食自给自足。但这样的做法属于仓促上马，只能应付一时，最重要的还是恢复南方的海运。
脱脱出征到达济宁和邹县时，还专门去祭祀了孔子和孟子，表现出对儒家的尊崇。十一月，大军到达高邮，与张士诚接战。事实上，张士诚的军队在当时完全没有能力抵抗元朝的大军，脱脱在高邮大败张士诚，将他们围困在城中。同时，又分兵进攻六合，攻克扬州。
最后，元军攻克了高邮的外城，将张士诚困在内城。一时间人心惶惶，高邮陷落只在旦夕。张士诚已经在讨论投降事宜，但又担心投降之后还是没有活路。
至元十四年行中书省扬州元宝。来源/中国钱币博物馆
一旦镇压这个国家最重要的反叛者，恢复元朝交通线，解除对江浙的威胁，元朝依然有可能挺过危机。但就在最关键的时刻，元顺帝突然帮了张士诚一个大忙：发来了脱脱的免职令。
此后，人们对脱脱的免职一直感到不可思议。只要攻克高邮，消灭了张士诚，解除江南的危机，加之方国珍的归附，那么元朝的海运漕粮将会很快恢复。只要有了粮食，元朝对其他反叛力量的镇压就可以继续，再加上一个强势的统帅，元朝很可能完成一次复兴。
《纪事录》记载称，免职诏书到达时，人们已经听到了风声，有人甚至提议先不要打开诏书，而是等攻克了高邮再说，但脱脱没有同意。这样的说法更增加了此次事件的悲剧色彩。
那么，脱脱为什么被免职呢？《元史·脱脱传》将原因归于内部的权斗，是中书右丞哈麻的谗言导致皇帝罢免了脱脱。但也可能还有其他原因，那就是，由于海运停止造成的危害已经显现，当丞相脱脱将所有资源都席卷而去攻打南方时，北方的京城陷入困顿和萧条。皇帝的免职诏书中提到了脱脱劳师费财却徒劳无功，最后不得不将他免职。这表明，击溃元朝大军的是后勤。
如果海运畅通的话，那么这三个月的军事行动只要再延长一段时间，就可以见到有利的结果。哪怕海运已经不在，既然已经出师三个月，那么更好的选择必然是再坚持一下。从这里，我们也可以看出方国珍和张士诚导致的海运中断对元朝的打击有多严重。
而更大的打击还在于，一旦脱脱去职，他亲手组织的大军一瞬间就烟消云散了。许多人由于回不去家乡，不仅不为元朝效力，反而加入反叛队伍。张士诚抗元的胜利也让元军的英雄神话破灭了，而军事的失败更是让海运的恢复变得遥遥无期。在此前，元朝之所以强大，在于它有江南的粮食供应，一旦失去它，元朝的统治将摇摇欲坠。
自从忽必烈征服江南以来，元朝越来越依赖南方的资源，却一直没有能力在江南建立更加稳固的统治，也无法解决南北方巨大的失衡问题，只能依靠运河与海运将物资源源不断地运往北方。最后，水路交通成了国家的软肋，一旦被破坏，就意味着规模巨大的失败。虽然元朝从休克中短暂地苏醒过，却再也没有了之前强健的体魄，也就进入最后的苟延残喘阶段了。
脱脱罢官的当年，京师已经出现了巨大的饥荒，甚至出现父子相食的惨况。这也可以看作对这位年轻有为的丞相的讽刺，因为他曾经相信政府的力量，开启了庞大的工程，印刷了大量钞票。可是他没有想到，一旦海运断绝，粮食无法运来，那所谓的工程和金融手段都只是虚幻，只会引起更进一步的混乱。
脱脱被免职，海运无法恢复原样，元朝开始进入崩塌阶段。
北方的瓦解
脱脱被解职之后，南方陷入不可收拾的局面。但元朝政府又是幸运的，在南方政权中，把控漕运这一经济命脉的张士诚和方国珍并没有一直与元朝作对。方国珍接受了元朝的封赏，但在事实上保持了独立性。张士诚是脱脱倒台的主要因素，随后向江南方向发展，占据了最富庶的江浙地区，1355年（元至正十五年），张士诚也接受了元朝的招安和封赏。
二人接受了元朝的官职，对元朝来说一个巨大的利好就是海运得到部分恢复。根据朝廷与张士诚和方国珍的协议，张士诚每年向元朝进贡10万石粮食，而这些粮食要经过方国珍运输到北方。虽然与元朝高峰时期的300万石无法相比，但10万石粮食也可以暂时解决京师的饥荒。
不过，南方粮食无法进入北方，最大的问题不是朝廷对南方的镇压，而是北方的瓦解。由于缺乏军费，即便脱脱已经下台，朝廷在各地反叛不断的情况下，依然无法停止货币超发。据《元史·食货志·钞法》记载，1355年（元至正十五年），为了军需，朝廷印了600万锭的至正钞。随后印造钞票不计其数，使得物价飞涨。直至10锭钞票换不来1斗粟米，物价上涨数百倍。
同时，朝廷由于无法供应足够的军粮，不得不允许各个军事将领自己想办法征收粮草，这就意味着将管理地方的权力让渡给了军阀。在这样的政策下，北方也变为军阀制。
在北方军阀中，最著名的是察罕帖木儿（以及他更著名的养子扩廓帖木儿，汉名王保保）和孛罗帖木儿。
1352年（元至正十二年），在河南南部的颍州陷入战乱时，察罕帖木儿在颍州起兵，帮助元朝镇压反叛者。随后，察罕帖木儿被元朝重用，转战北方各地，定河北、克陕州、复汴梁、安河东、平山东。察罕帖木儿的军功越来越大，最后担任了中书平章政事，并在河南、山东建立了行枢密院。
元石翁仲（出土于察罕帖木儿墓）。来源/北京石刻艺术博物馆
察罕帖木儿军功的背后，是元朝的北方地区已经军阀化，士兵们对统帅有着更高的忠诚度，对朝廷却不怎么在意。元朝不得不默许军阀的存在，因为只有这样才能解决军事财政问题，当朝廷已经没有财富来维持军队时，军阀化已经是最好的结果。
1361年（元至正二十一年），察罕帖木儿在山东益都被降将刺杀，之后，他的养子扩廓帖木儿接手其军队，完成了军阀化的最后阶段。
而另一个军阀集团的首领孛罗帖木儿的父亲达失巴都鲁也是来自朝廷的官员，担任过知枢密院事。为了镇压反叛，他们也采取自己筹措军粮的做法。达失巴都鲁死后，孛罗帖木儿也完成了军阀化。
两大军阀随即陷入明争暗斗。当南方地区陷入一片混战时，正是扩廓帖木儿和孛罗帖木儿在北方的争斗，耗尽了朝廷的最后一丝力气。
除了两个帖木儿，另一个重要的军阀集团是位于西部的关陇集团，其首领包括汉人李思齐、张良弼等人。他们保持着对元朝的忠心，又由于军阀之间的相互倾轧，不得不防备其他军阀对他们的挤压。
在这样的争斗之下，朝廷瓦解了。它不是在某一次事件中壮烈而亡的，而是由于南北方的失衡、交通的中断，导致北方财政不可持续，最后为了解决军事财政问题，不得不允许军阀的存在，让朝廷变成了一盘散沙。
在南方，是不断演化、分化的反叛者，老的反叛者死去，新的反叛者分成几个小型的政权互相吞并，直到产生一个胜利者，再由他去挑战北方。
在北方，朝廷在几大军阀之间持续失序，最后被军阀们裹挟。即便朝廷想做些什么，也苦于没有财富去养兵，所有的兵源都变成军阀的囊中之物。在前期，军阀们还助力朝廷应付南方势力的北伐行动，到了后期，军阀与朝廷的斗争已经成为主流。可以说，他们是在等待中死亡的，等待南方产生一个胜利者来收编北方。
而这一切问题中最关键的因素，就在于元朝的财政失衡，当丧失了江浙的富裕和海运时，北方的命运就注定了。
《元朝理财记》
