本文通过ChatGLM/GPT进行辅助对近期Bio-protocol 期刊发表的方案进行解读和概括，若感兴趣请点击“阅读原文”查看详细的实验流程及试材。如果解读中有任何错误或遗漏，敬请指正。
近年来，细胞外基质（ECM）的研究成为生命科学热点。ECM不仅为细胞提供物理支撑，还通过调控信号传导、迁移和分化在组织发育、稳态及疾病进展中发挥重要作用。然而，ECM成分复杂且部分难以溶解，全面表征面临技术挑战。质谱技术以无偏、高效的蛋白质组学分析手段，为解析ECM的组成与功能提供了关键工具。在这方面，2024年12月5日，Bio-protocol 期刊在线发表了美国科罗拉多大学（University of Colorado）Maxwell C. McCabe团队题为“Compartment-Resolved Proteomics with Deep Extracellular Matrix Coverage”的方法文章。
蛋白质组学(proteomics)是研究生物体中所有蛋白质的组成、结构、功能及其动态变化的一门学科。它以蛋白质组为研究对象，蛋白质组是指生物体（或特定组织、细胞）在某一特定时间点和条件下表达的所有蛋白质的集合。蛋白质组学的目标是全面了解蛋白质的作用及其相互关系，以揭示生命活动的机制。
细胞外基质(extracellular matrix)是由细胞分泌并组装在细胞外的一种复杂网络结构，主要由多种蛋白质和多糖组成，分布于组织和器官的细胞之间。ECM不仅为细胞提供物理支撑，还在细胞的黏附、迁移、分化、信号传递等过程中发挥重要作用。
通过多步骤的去细胞化和化学提取，有效富集核心ECM和基质组相关蛋白，包括传统方法难以溶解的不溶性ECM部分。
开发的提取缓冲液适用于多种组织类型，兼容多种质谱平台，提高实验的通用性和灵活性。
实现对细胞蛋白和ECM相关蛋白的无偏覆盖，有助于更全面地表征不同组织和疾病状态下的ECM成分。
组织微环境研究
通过全面解析细胞外基质的组成，深入理解组织微环境在发育、稳态及再生中的作用。疾病机制解析
揭示ECM在纤维化、心血管疾病及癌症等病理过程中的变化，为相关疾病的发病机制研究提供数据支持。生物标志物发现
通过分析ECM的蛋白质组成，识别与特定疾病相关的生物标志物，用于早期诊断和治疗监测。
温馨提示：积极引用本文不仅是对作者创新技术和科研共享的最佳肯定，也是确保实验可复现性的重要方式。
McCabe, M. C., Saviola, A. J. and Hansen, K. C. (2024). Compartment-Resolved Proteomics with Deep Extracellular Matrix Coverage. Bio-protocol 14(23): e5123. DOI: 10.21769/BioProtoc.5123.
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