关键词：COVID；JN.1；FLiRT；监测
在全球普遍放开的情况下，新冠的主流毒株也越来越趋向一致。美国尽管也已经取消了全面监测，但仍有持续的数据更新，故对其他国家仍有借鉴意义。
本次推送
1）继续更新美国最新报告的主流病毒及美国的疫情变化；
2）回顾与流感相比，COVID所致住院及住院病死率的变化；
3）刘善虑团队关于人群中对JN.1及FLiRT毒株中和活性的最新进展，提示了今冬疫苗方向及我们是否需要接种疫苗。
一，美国新冠疫情的最新情况
1，JN.1系在美国是主流毒株
2024年5月25日，美国CDC更新的数据显示，新一代新冠毒株KP.2的占比已经达到28.5%，成为新的主流毒株；其他几乎都是JN.1家族毒株【1】。
从进化看，KP.2来自于JN.1.11.1、后者来自于JN.1、后者来自于BA.2.82；都是Omicron毒株的后代。
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（图源：美国CDC）
早在4月18日，Eric Topol就曾警告，KP.2为代表的FLiRT具有更为明显的传播优势，有可能引发新一波新冠疫情【2】。这主要归因于 2 个添加的尖峰突变：456 位处的L为F ，346 位置处的T为R ，这被称为 FLiRT 变体组。
尽管FLiRT 突变毒株具有明显的传播优势，但Eric不认为其会转化为新的浪潮。
一方面，FLiRT是新毒株群，但这些突变是我们之前接触过的突变（特别是 F456L 和 R346T）。
另外，在过去的冬季，美国刚刚经历过一个感染率很高的新冠疫情。只是因为住院人数和病死人数都不是很突出，所以没有被注意到。
最重要的，尽管BA.2.86及其家族的KP.2等新毒株有非常多的突变，但由于仍然在Omicron突变株的大家族内；其临床特点仍然是：传染性极强、致病性较弱。
但经过一个月的传播，情况似乎发生了变化，在过去两周内，美国新冠疫情因为病例增加被重新关注。
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（美国媒体广泛报道了美国新冠病例数重新增长，并且是由FLiRT毒株所致）
2，美国COVID-19疫情重起
检测指标中最早反映疫情变化的是废水中新冠病毒浓度和新冠检测阳性率，这两项指标都显示，美国新冠感染重起。
2.1 废水中新冠病毒浓度再次增长
根据美国CDC报告的废水中新冠病毒监测更新到2024年5月23日的数据【3】，美国废水新冠病毒浓度为1.35，而两周前仅为1.16。
这意味着美国新冠疫情持续缓解的情况终止，但目前流行度很低。
仅从美国CDC更新到5月18日的数据显示，最近2周美国新冠病毒检出阳性率稍微增加0.2%（橙线所示），最新一周检出阳性率为3.4%【4】。
（美国新冠死亡（蓝色柱状图）和检出阳性率（橙线）变化。图源：美国CDC）这是疫情流行状况的重要指标。美国CDC更新到5月18日的数据显示，最近2周美国新冠感染占急诊就诊比例增长了7.0%（橙线所示）。
（美国新冠死亡（蓝色柱状图）和急诊就诊阳性率（橙线）变化。图源：美国CDC）美国已经取消对新冠住院患者上报的要求。但根据美国CDC截止到5月23日的抽样模型，过去一周美国因新冠住院人数仍在持续降低（红线）【5】。因新冠住院人数的降低，证实了美国新冠疫情目前已处于低发期。按照COVID-19病程，这一波新冠疫情最晚的波峰是因新冠感染而病死的人数，美国较过去一周无显著变化（橙线所示）【4】。（美国新冠病死人数（蓝色柱状图）变化。图源：美国CDC）截止到2024年5月4日，美国成年人针对新冠的更新疫苗（针对XBB.1.5抗原）接种率为22.4%，其中老年人接种率为40.7%【6】；随着美国的疫情季过去，疫苗接种也变化不大。与此同时，成年人接种流感疫苗的比例为48.4%，老年人接种率为73.3%；二，已经变成了大流感的新冠，仍对老年人构成巨大威胁进入到2024年，美国流感所致住院甚至曾一度超过新冠；且2-4月大致相近；新冠真正成为大流感。但5月份开始，新冠所致住院人数重新增加，且远超流感【7】。我们如果只看2020年10月-2021年9月的新冠疫情和流感，还能够发现，那时候新冠是魔鬼级的存在，流感？因为大家都戴口罩，几乎没有了。需要注意的是，尽管由于疫苗接种及人群反复感染累积起来的抗新冠免疫力，新冠确实日渐成为大流感；但是又由于抗新冠抗体的有效期很短，高效期只有2-3个月，所以在过去数年里，新冠疫情呈现典型的双峰：冬季大波疫情、夏季小波疫情。另外，新冠对于老年人的致死性仍远高于流感，是流感住院病死率的1.6倍。JN.1家族尤其是FLiRT所致新冠病例的增加，重新引发美国民众和媒体对新冠的关注；甚至原定于5月16日确定今冬新冠疫苗抗原的FDA会议都不得不推迟到6月5日、并再次推迟到6月9日。专家委员会在等待客观数据：我们已有的免疫力对于新毒株的免疫活性如何？哪些毒株最急需警惕？2024年5月21日，刘善虑教授团队最新研究以预印版发表于bioRxiv【8】，对于这些问题做了回答。这篇论文研究了来自JN.1变种的SARS-CoV-2子变种SLip、FLiRT和KP.2在中和抗体逃逸、感染力和膜融合方面的特性。其核心结果包括：
- SLip和KP.2（特别是FLiRT）相较于母体变种JN.1，表现出对COVID-19二价疫苗接种者血清和BA.2.86/JN.1波感染者血清的更高抵抗力。
- XBB.1.5单价疫苗接种的仓鼠血清对FLiRT和KP.2有较强的中和作用，但对SLip的效率较低。
- SLip的感染力和膜融合活性显著低于JN.1，这与其刺突蛋白处理效率降低有关。
- 结构模拟表明，SLip的L455S和F456L突变降低了局部疏水性，从而减弱了与ACE2的结合。FLiRT和KP.2的额外R346T突变则增强了受体结合区的构象支持，抵消了L455S和F456L的影响。
- SLip、FLiRT和KP.2的刺突蛋白在细胞膜上的表达和处理效率均低于JN.1。
- 这些变种的膜融合和感染力较低，可能是由于突变影响了刺突蛋白的处理和表达。
- FLiRT和KP.2对类III单克隆抗体S309的中和完全抵抗，SLip也表现出显著抵抗。
- 抗原图谱分析显示，在XBB.1.5单价疫苗接种组和BA.2.86/JN.1感染组中，这些变种与JN.1和其他变种有明显的抗原性差异。
刘善虑教授团队的研究结果表明，新出现的JN.1子变种在中和抗体逃逸、感染力和刺突蛋白处理方面具有显著变化。这些变种展示了不同程度的抗体逃逸和感染力下降，强调了持续监测和研究SARS-CoV-2变种的重要性，以指导未来的疫苗开发。我们会继续保持关注，提供最新的新冠相关科学报告和数据。![]()
【1】 https://covid.cdc.gov/covid-data-tracker/#variant-proportions【2】 https://erictopol.substack.com/p/are-we-flirting-with-a-new-covid【3】 https://www.cdc.gov/nwss/rv/COVID19-nationaltrend.html【4】 https://covid.cdc.gov/covid-data-tracker/#maps_positivity-week【5】 https://covid.cdc.gov/covid-data-tracker/#covidnet-hospitalization-network【6】 https://www.cdc.gov/respiratory-viruses/data-research/dashboard/vaccination-trends-adults.html【7】 https://www.cdc.gov/resp-net/dashboard/?CDC_AAref_Val=https://www.cdc.gov/surveillance/resp-net/dashboard.html【8】 https://www.biorxiv.org/content/10.1101/2024.05.20.595020v1本文只是分享和解读公开的研究论文及其发现，以作科学文献记录和科研启发用；并不代表作者或本公众号的观点。为了给大家提供一个完整而客观的信息视角，我们有时会分享有冲突或不同的研究结果。请大家理解，随着对疾病的研究不断深入，新的证据有可能修改或推翻之前的结论。
编辑：Henry，微信号：Healsan；加好友请注明理由。助理：ChatGPT美国Healsan Consulting(恒祥咨询)，专长于Healsan医学大数据分析（Healsan™）、及基于大数据的Hanson临床科研培训（HansonCR™）和医学编辑服务（MedEditing™）。主要为医生科学家、生物制药公司和医院科研处等提供分析和报告，成为诸多机构的“临床科研外挂”。点击👆；From Bench to Bedside, Healsan Paves the Path.（点击👆图片，进入自己感兴趣的专辑。或点击“资源”，浏览本公众号所有资源。）
