文章来源：圣检E讯
近年来，呼吸道传染性疾病不断暴发流行，给全球公共卫生和医疗卫生体系带来了巨大挑战。如何及时采取分级筛查和检测策略，系统覆盖引起呼吸道急性感染的临床常见传染性病原体、慢性感染或少见呼吸道传染性病原体，着眼可能的新发突发呼吸道传染性病原体，快速明确致病微生物，成为临床诊断急需解决的问题。为此，中国医院协会临床微生物实验室专业委员会组织多学科专家，总结目前国内实验室检测在临床实践中所积累的应用经验，结合当前国际最新研究进展，共同编写了本共识。
编写组采用2001年牛津循证医学中心制定的证据等级分类标准，结合我国呼吸道传染性疾病流行病学特征及临床工作经验，经多次讨论和反复修订形成共识草案及11条推荐意见。通过德尔菲法向39名相关学科专家组成的编审专家组征求意见，其中32名专家对推荐意见进行了评分。计算每条推荐意见的平均分，1～4分为“不推荐”、５～７分为“弱推荐”、８～10分为“强推荐”。
呼吸道传染性病原微生物检测的分级策略
分级原则
推荐意见１ 根据呼吸道感染患者的临床症状或体征、流行病学特点等，结合临床路径进行鉴别诊断，包括感染或非感染性疾病、病原体类型（病毒、细菌、非典型病原体、真菌）等，如考虑存在传染性疾病可能，建议采取分级筛查检测策略。第一级：引起ARIs的临床常见传染性病原体，第二级：引起慢性呼吸道感染的传染性病原体及少见的呼吸道传染性病原体，第三级：新发突发呼吸道传染性病原体［证据等级：2c，强推荐（9.19分）］。
急性呼吸道感染常见传染性病原体检测
目标病原体
推荐意见２ 对社区获得、急性起病、可疑呼吸道传染性病原体感染的患者，根据流行病学特征，对其当时居住地流行率较高的呼吸道传染性病原体进行检测。推荐检测病原体包括甲型流感病毒、乙型流感病毒、严重急性呼吸综合征冠状病毒２型、呼吸道合胞病毒、人鼻病毒、人副流感病毒、人腺病毒、季节性人冠状病毒、博卡病毒、人偏肺病毒、肺炎支原体、肺炎衣原体、嗜肺军团菌和Ａ群链球菌［证据等级：2a，强推荐（8.91分）］。
推荐意见３ 对于不能排除非传染性呼吸道病原体感染的患者，应同时进行常见社区获得性ARIs病原体检测，常见病原体包括：肺炎链球菌、流感嗜血杆菌、肺炎克雷伯菌、金黄色葡萄球菌、铜绿假单胞菌等［证据等级：2a，强推荐（8.34分）］。
风险因素
推荐意见４ 患者年龄、基础疾病、临床表现、实验室检查结果及影像学特点、居住地区、发病季节、接触史、是否存在聚集性发病等因素，与病原流行病学分布特征相关［证据等级：2a，强推荐（8.22分）］。
推荐检测方法
推荐意见５ 对于疑似由临床常见传染性病原体引起的ARIs，应尽可能在启动抗感染治疗前采集感染部位样本进行病原学检测，并推荐首选细菌涂片及分离培养、抗原、抗体、单靶标病原体核酸检测及基于症候群的多靶标病原体核酸检测等技术［证据等级：2a，强推荐（9.47分）］。
推荐意见６ 在流感病毒、严重急性呼吸综合征冠状病毒２型、肺炎支原体、呼吸道合胞病毒、人鼻病毒、人腺病毒、人副流感病毒等流行季节，推荐采用核酸即时检验技术进行单重或多重聚合酶链反应（polymerase chain reaction，PCR）检测，以快速鉴别诊断、缩短患者候诊时间、迅速分流人群，从而降低病原体传播风险［证据等级：2a，强推荐（9.06分）］。
推荐意见７对于病情危重、进展迅速，或患者存在免疫损伤或严重基础疾病的情况，经验性抗感染治疗无效且72ｈ内常规检测技术未能明确病原学诊断，或出现聚集性呼吸道传染性病例且未能快速明确病原时，建议采用病原宏基因组测序（metagenomic next-generation sequencing，mNGS）或靶向测序（targeted next generation sequencing，tNGS）技术，采集高质量呼吸道标本进行检测［（证据等级：2a，强推荐（9.28分）］。
慢性呼吸道感染及少见呼吸道传染性病原体检测
推荐意见8 对于慢性病程、可疑呼吸道传染性病原体感染的患者，或可疑少见呼吸道传染性病原体感染的患者，需结合患者接触史、旅居史、免疫功能及基础疾病情况进行综合分析，以判断可能的病原体，包括结核分枝杆菌、耶氏肺孢子菌、麻疹病毒、百日咳鲍特菌、白喉棒杆菌、禽流感病毒、鼠疫耶尔森菌和鹦鹉热衣原体等［证据等级：2a，强推荐（8.50分）］。
推荐意见９ 对于慢性呼吸道感染及少见呼吸道传染性病原体，推荐采用病原选择性培养或靶标特异性核酸检测技术进行病原学诊断。对于仍无法明确病原的患者，应采用mNGS或tNGS技术进一步明确诊断［证据等级：2a，强推荐（8.72分）］。
新发突发呼吸道传染性病原体检测
目标病原体
推荐意见10 应密切关注国际上已明确的新发突发呼吸道传染性病原体，特别是WHO列出的可引起疫情或大流行的病原体。如患者存在相关旅居史、接触史及临床症状，且通过常规病原学检测均未明确责任病原体，应考虑采用病原体特异性PCR、tNGS或mNGS技术进行检测［证据等级：2b，强推荐（9.19分）］。
推荐意见11 如出现呼吸道感染性病例聚集性发病或暴发流行，且通过常规病原学诊断技术及上述分级检测程序均未明确诊断，应考虑存在未知新发突发呼吸道传染性病原体感染的可能。应尽快采集支气管肺泡灌洗液、气管、支气管吸取物或肺活检组织等高质量下呼吸道样本进行mNGS检测并进行新发病原体分析，同时评估新发突发病原体公共卫生事件风险，并上报医院感染管理部门或疾控部门，尽早采取对应的处置和管理措施［证据等级：2c，强推荐（9.44分）］。
检测方法
目前mNGS技术已在多种新发突发病原体的识别工作中发挥了重要作用。应用mNGS进行新发突发病原体检测及验证应涵盖以下内容：（１）如临床样本测序结果匹配了多个近缘物种且其序列数相近，应对测序数据进行组装，并进行进化分析，以确定是否存在新发病原体的可能，必要时可增加测序深度后再进行分析；（２）基于测序结果，建立分子生物学检测方法（如qPCR法）筛查潜在的阳性标本；（３）通过获得的基因片段数据推测病原体特性， 以指导病原体分离培养；（４）从免疫学、流行病学和临床特点等方面证明新发病原体与疾病的致病关系。
小结
早期进行病原学检测，明确责任病原体可为呼吸道传染性疾病的诊断提供重要参考信息。根据不同人群、地域、季节、接触史和旅游史等特点，呼吸道传染性病原流行病学及变化趋势不同，适用的病原学诊断方法也有所差别。本共识针对呼吸道传染性疾病，建立了临床常见急性感染、慢性感染与少见、新发突发病原体感染的分级检测策略。推荐意见主要基于近年来我国呼吸道传染性病原微生物流行情况。未来需结合新的流行病学特征变化趋势，尤其在新发、突发呼吸道传染性病原体出现或引起暴发流行、甚至引发疫情时，及时对检测策略进行动态调整与优化。
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