图↑ N5421A（前方大图）和N542BJ（后方小图）
图↑ N541JA（第一代S4）
图↑ N542AJ（第二代S4）
图↑ N542BJ（第二代S4）
图↑ 起落架舱的大开口
图↑ 低阻固定起落架（无机轮）
图↑ 两种不同前起形式
在量产原型机上，可以看到起落架的进一步改进，前轮前移降低负载系数，并且是滑跑稳定构型，主起落架支点更改到更好的机身结构受力点，间距加大，不过目前还没加机轮的整流罩。起落架支柱浸润面积变小并高度倾斜，以降低阻力，这对材料和结构设计的要求都很高。整个起落架系统从最初的收放式改到现在，减重收益达上百公斤（含机身减重）。
图↑ 量产原型机的起落架
取消襟翼
后退式襟翼一直以来是JOBY S4的一个特点，它可以在滑跑起飞的时候有效增加机翼升力系数，在重量很大的飞机上经常采用，比如客机、运输机，可降低失速速度、减小滑跑起飞距离、提高低速状态下的安全性。在过渡飞行时，由于机翼升力系数增大，可更快的从垂直转到平飞，并且可更好的满足一些老旧的适航规范要求。
图↑ 后退式襟翼导致机翼下方大开口
图↑ 新的机翼下部后缘为一体化整体（倒置状态）
图↑ 量产原型机襟翼取消
随着eVTOL行业的全面发展，基于传统飞机的一些适航条款限制也在不断优化。另一方面，现在S4单个电机的峰值功率就达到了236kW，单个电机峰值扭矩1800N·m，电机+电调重量为28kg，最大功重比达到8.4，全机共6个电机，动力非常强大。JOBY S4机翼前方的4个螺旋桨高速滑流可以提高机翼的升力特性，襟翼的作用显得不是那么重要，而结构重量却很紧迫，这面临一个取舍问题，最终JOBY把这个曾经标志性的后退式襟翼取消。JOBY的复材制造和装配主管Joe Brennan说，S4只有10个舵面，6个在V尾上，4个在机翼外侧（升降副翼）。
图↑ 翼面上有10个舵面
取消后退式襟翼后得到的好处：
（1）机翼结构强度和刚度更好
（2）减少了振动
（3）降低了机构和控制复杂度
（4）大幅减重
内侧短舱倾转结构更改
位于前方内侧的3号、4号倾转短舱进行了优化设计。这两个短舱跟一般的倾转旋翼不同，并非围绕某根轴转动而已，具备复杂的移动轨迹，桨盘一边转动，一边移动。
图↑ 不对称的作动机构
在量产原型机之前，S4都是采用的上述不对称倾转作动机构。然而（非官方信息），在2022年2月的一次高速飞行测试中（速度444km/h，远超设计速度），该短舱出现了严重的旋转颤振，结合其他因素，最终结构损坏，形成致命性事故并坠机。
旋转颤振也称为回转颤振，是因为螺旋桨飞机前飞时气弹不稳定所致（旋转中心偏离越来越大），是限制倾转旋翼机最大平飞速度的一个关键技术。
在量产原型机上，该机构变成了左右对称的形式，得到加强，也许将来还要继续冲刺444km/h以上的速度。运动的短舱也增加了保护整流罩，连接面为斜切，减小外来物冲击影响，并避免倾转过程中夹住较大的异物（飞鸟、漂浮垃圾等）。
图↑ 新的短舱和控制机构（对称、加强、整流）
其他
由于电池占的重量系数比重较大，且电池很难减重，其他系统重量控制非常严格。电池、电机、充电系统进行了高度优化设计，官方宣传资料上有说明。
全机有约600个复合材料部件，核心承力结构大量采用东丽T1100和T800碳纤维，并采用自研的某种高韧性预浸料工艺，进一步减重。所有金属承力结构都进行了受力拓补优化，挖除任何多余重量。
图↑ 尾翼旋转短舱连接处的结构拓补优化
