赛尔，您好
这是生信家书的第二十五封。当树真的换了颜色，夏季的衣服都收起来，衣着的风格随着季节的变换，我们真的进入一个全新的世界。罗马不是一天建成的，冬天不是一天到来的，只有当我们把对季节的感知拉长，才能体会到地球公转对我们的影响。
生物信息的学习之旅，也经历着这缓慢的变化。日拱一卒，功不唐捐，每天进步一点点。陶潜曾说:“勤学如春起之麦苗。不见其增，日有所长；辍学如磨刀之石，不见其损，日有所亏。”
在生物信息的学习曲线中，从入门到进阶这条路上，入门往往只要从基于窗口的电脑界面转换到以命令行为的电脑界面就行了，也就是从Windows切换到Linux。所以大量的生物信息入门培训，不管这个课表的长度多么的长，最终大部分的入门者习得的最核心的技能还是Linux。这个和我们这代人生活的电子时代有关系，我们从小玩的就是各种窗口式的电子玩具，谁用命令行玩过游戏？
当我们熟悉了命令行之后，借用浏览器，基本就能把生物信息作为工具，来探索性分析自己的测序数据了。换一种组学，换一个工具包，或者换一个编程语言。我们需要的数学是很少的，编程的技能也是到达能用的阶段就OK了。夜半梦醒，好像生物信息入门之后，也就是进了门，始终在这个门附近徘徊，深入不了。
有时候，入门者告慰自己：生物信息就是个工具，掌握到能用的时候就行了。
在世界经济学中，有个“中等收入陷阱”的概念，是世界银行于2007年提出的一个形象化概念，指不少中等收入经济体长期停留在这一阶段，原有增长机制和发展模式矛盾显露，原有发展优势渐渐消失，迟迟不能进入高收入经济体行列。
我们拿来类比描述生物信息”入门者陷阱“，即止于入门，或者长期处于入门阶段，这么个状态。
为什么会有这个状态的存在？主要还是因为生物信息所涉及的条目较多，入门本身的路径很长。另一方面，在生物信息上想要获得那种”进阶式“体感，需要从单纯的使用者逻辑，转换到构建者逻辑。前者是人人为我，后者是我为人人。
生物信息”入门者陷阱“还有一个表现是，入门者有大量的机会积累经验，虽然工具没变，但是换个对象分析体验也是全新的。就拿单细胞生物信息来讲，分析工具还是那一套，做发育项目和做肿瘤项目，数据表现以及解决的生物学问题都不同，或者换个物种，之前的单细胞生物信息经验，几乎要清空。这让入门者，乐此不疲，这我也做过，那个我也做过，其实呢？就生物信息本身而言变化不大。
这就像我们小时候，用凹凸镜观察树叶、蚂蚁、喇叭花、蜜蜂一样，拿着凹凸镜看见不一样的世界，每换一个都新奇无比，但是这个和我们理解凹凸镜的原理，光的折射并不是一回事。用凹凸镜观察10个物件，和用凹凸镜观察100个物件，对凹凸镜的原理差别并不大。
我们很容易拿一个锤子，去锤形状各异的钉子，并在把钉子钉到木板上的过程中收获成就感。好了，让我再用Seurat，换个参数再来分析一下手里的这套单细胞数据吧，这次UMAP图又会有不一样的表现。这像极了我们高中的时候，总会遇到的高原反应或者瓶颈期，这个很可能是因为我们遇到的题型被《三年高考五年模拟》框住了，换个题型，解不同的题，才会有成长。
你的运来
20241031
于南京
