最近一口气diss了4篇单细胞文章，却少有人问津？实在是有点心痛，大家在处理自己的单细胞转录组数据的时候或多或少都有瑕疵，我当然理解大家“孤军奋斗”的苦恼，所以我这里提供事无巨细的答疑给大家（文末有答疑通道！）
首先，感谢交流群的各个小伙伴提供的素材，大概有100多单细胞文献都或多或少有一些“无关痛痒”甚至“致命”的bug，我稍微整理了其中5个文献，有意思的是感兴趣的小伙伴很少很少，而且没有人参与讨论。
难道是畏强权？我当然知道指出来文章里面的“漏洞”肯定是会得罪发表该文章的研究者，但是科研成功本来就是公开的，就不得不经受大众的“严刑拷问”，躲不过去的啊，还不容易积极拥抱这样的看起来很mean的diss啊！
让我们再回顾一下这4个diss文献吧：
2024的3月份在Nature Medicine 杂志的文章
标题是：《Single-cell transcriptomic analyses reveal distinct immune cell contributions to epithelial barrier dysfunction in checkpoint inhibitor colitis》，这个文章是发表在2021的预印本的研究，也就是说早在2020左右就已经完成了152个样品的单细胞转录组，那个时候起码还得三四万一个样品，这就是500万人民币的经费在燃烧了。
对应的数据集是：GSE206301，下载它提供的每个样品的表达量矩阵文件和cellranger报表，就会发现每个样品质量都惨不忍睹！
2024的 sorted CD45+CD19+ B cells 细分亚群
标题是：《Intratumoral CD38+CD19+B cells associate with poor clinical outcomes and immunosuppression in patients with pancreatic ductal adenocarcinoma》，如果是复现作者的数据分析，可以看到作者定义的 SSR4+ cluster 就很尴尬了其实是流式细胞技术的缺陷让b细胞里面混入了pDC这个单细胞亚群而已。详见：流式细胞筛选能保证多大程度的细胞亚群纯度呢。
2024的 淋巴管血管侵犯相关肿瘤成纤维细胞
中山大学孙逸仙纪念医院的新鲜出炉的单细胞文章：PDGFRα+ITGA11+成纤维细胞通过 ITGA11-SELE 相互作用促进早期癌症的淋巴血管侵袭和淋巴转移，是13个scRNA样本，包括4个癌旁，6个淋巴血管侵犯（LVI）positive，3个LVI negative。对应的数据集是：GSE222315。关注点就是 PDGFRα+ITGA11+成纤维细胞就是作者的 编号1的成纤维亚群 ，它确实是可以非常好的区分成为两个单细胞亚群，作者的编号2和3亚群其实就是免疫细胞和上皮细胞，但是因为并不是文章的重点所以这个小瑕疵就无伤大雅了。
2024的软骨（cartilage）组织的单细胞转录组
文章：《Unveiling inflammatory and prehypertrophic cell populations as key contributors to knee cartilage degeneration in osteoarthritis using multi-omics data integration》，它对应的数据集是：GSE255460 ，详细的解读见：样品分组都弄错了，数据分析结论还可靠吗。文章定义的InfC可能是巨噬细胞和t细胞等免疫细胞，而preInfC可能是成纤维和内皮细胞周细胞等间质细胞。
写在文末
如果你也是分析了自己的单细胞转录组数据，但是有一些关键的步骤不是很有把握，我这里提供数据验证的服务哈，单次讨论 费用800即可，因为个人时间精力有限，所以先到先得，我不一定会随时随地接单做数据验证哈，看心情！
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