赛尔，你好。
这是生信家书的第二十七封。惟草木之零落兮，恐美人之迟暮。年末一天一天逼近，四季度的日子，总是紧巴巴的，不知道是不是天变短的缘故。工作之后，每一个四季度都与“冲刺”联系在一起，每个人都像拿着2024的接力棒，完成2024年的任务，看谁快速交到2025手上。这接力棒里面似乎隐藏着，我们关于2024年的所有答案，所有努力，所有进步，以及所有的不甘。
然而，每一年似乎都有一些待完成项，我们带着这样的未完待续走进新的季节。
单细胞测序自开发出来之后，不断拓展自己的边界，单细胞转录组、单细胞基因组、单细胞表观组、单细胞蛋白组，似乎bulk的所有组学，有可能：
用单细胞测序把bulk测序重新做一遍。
这两年单细胞测序技术的一个很大的变化是多组学：也就是在一个细胞内同时捕获不同的组学信息，如单细胞转录组+单细胞免疫组、单细胞转录组+单细胞表观组学，等等。多组学把单细胞技术带向了一个新的阶段，随之而来的生物信息学挑战是：如何将单细胞不同组学整合在一起。这个问题之前是：如何把不同样本的单细胞数据整合在一起。
如果单细胞测序能做的只是把bulk测序做一遍，得到大量的细胞类型特异的基因表达调控网络。那么，单细胞测序的革命性就没那么强了。在单细胞测序技术出现的早期，还有一种观点，认为：
把类似TCGA这样bulk的数据库，用解卷积的方式得到里面的单细胞比例，这样就不用做单细胞测序。
尽管解卷积作为一种方法，确实能从bulk的数据中解卷积出细胞类型的比例，但是更多的分析是解卷积做不了的，如，拟时序分析、细胞类型特异的基因调控网络分析、细胞通讯分析等。
在这个角度上，尽管单细胞数据分析借鉴了很多bulk的数据分析方法，但是单细胞测序出现之后，确实出现了很多单细胞数据独特的数据分析方法，丰富了我们看待数据的视角。与此同时，单细胞的高级或个性化分析越来越标准化，让我们不得不再次思考单细胞测序的核心价值。
单细胞测序到底有什么用？
这个问题之前在不同的科普作文中，经常借用生态学的概念：
who is there 细胞类型注释与发现 what are they doing 细胞轨迹与通讯 what have really happened 通路与调控
为什么要回答这三个问题？这个是细胞生物学的基本问题之一。离开单细胞测序能不能回答这三个问题，能，但是单细胞测序也可以很好地回答之。
那么，到现在这三个问题被完全回到了么？还没有，所以，细胞生物学依然需要单细胞测序。
领略单细胞测序的美，然后超越它，单细胞测序的边界，不应该是bulk。单细胞测序可以把bulk能做的全做一遍，但是他还能做bulk做不了的事情。这是单细胞测序，除了分辨率之外的，对bulk测序的超越。其中一个是单细胞测序数量上对bulk的超越：这为大模型应用于细胞生物学提供了新的可能。
抱着不断突破的心态，我想单细胞测序在如下几个方面还可以进一步拓展：
单细胞与结构生物学。现在的单细胞多组学，基本上是做定量的，对不同组学信息计数定量，分析结构的很少，如全长转录本。 单细胞与基因扰动。尽管有零星的方法学文章发表，单细胞的CRISPR在实验室中使用的门槛还比较高。 单细胞的QTL。单细胞测序本身是把表型与基因表达机制联合在一起，但是高通量的单细胞数量遗传性状方案，从样本方案设计到数据分析都不完善。
单细胞泛癌，这个在2020年以前感觉还是遥不可及，这两年已经如雨后的春笋了。
坊间有传闻，单细胞测序已经是“旧时王谢堂前燕，飞入寻常百姓家”了，似乎已经从阳春白雪，变成了下里巴人。那么，在这个单细胞计数框架内，还有没有新的“堂前燕”和“阳春白雪”呢？
这里借用《论语，子张》谬聊一番。
叔孙武叔语大夫于朝曰：“子贡贤于仲尼。”子服景伯以告子贡。子贡曰;“譬之宫墙，赐之墙也及肩，窥见室家之好。夫子之墙数仞，不得其门而入，不见宗庙之美，百官之富。得其门者或寡矣。夫子之云，不亦宜乎!”
翻译成白话文是这样的。
有人说：“子贡比孔子还要贤达”。子贡说：“我的贤达只是如普通小院围墙那么高的水平，所以大家能看得到院子里面的花坛草坪，以为很好。孔子老人家的水平是皇宫高墙，如果找不到门进去，只能站在墙根，你就看不见里面宗庙的富丽堂皇，和房屋的绚丽多彩。”
玩高阶的，才能体会到高阶玩法的乐趣。不玩，自然是不好玩的。
你的运来
20241114
于南京
