话廿四 | 生物信息的代码保有量

学术   2024-10-24 22:09   江苏  


赛尔,您好

这是生信家书的第二十四封。说来也巧,今天刚好是10月24日,程序员节。在做生物信息的以往,这一天是我下单编程类书籍的时侯,今年对编程书籍的诉求变得微乎其微。在很多人的印象里,做生物信息意味着编程,不做编程的话,即使一会做统计(用其他工具,如SPSS)也不是生物信息。

其实,这是对生物信息的偏见,很多人做生物信息并不需要编程,或者不需要重新写代码。

这是在生物信息工具充分发展的今天所讲的,要做生物信息发掘,可以用别人已经打包好的工具来实现。但是,如果一点儿也不编程,想做好生物信息,这也不现实。

我们还是把编程或者代码作为生物信息者的基本标签,加一保留,甚至把代码数量作为衡量生物信息的维度之一。注意这里不是标准之一。

记得在评资深生物信息工程师的时候,有一项是填写自己所写代码的总行数。任何一个写过代码和注释的人都会觉得这个指标很可笑,代码居然按行来算,而地里的庄稼却按亩来算。

就连前几天华为鸿蒙系统发布会上,一个移动操作系统的衡量指标都用到了代码行数这个指标,并上了新闻标题:华为鸿蒙突破!超iOS成中国OS榜眼,代码量破1.1亿行。

量变引起质变,不得不信。

要坚持写代码。虽然现在每每看到一个问题,就会想:嗯,这个可以用那个包的那个函数来完成,那个也有应的方法,大不了就是搜一搜嘛。这种心态看起来,是什么问题都遇到过,并有解决方案,但确也是一种懒惰的思维。

代码就像写作文一样。雷军说:“我没有写过诗,但有人说我写过的代码,像诗一样优雅”,说完,雷军自己也笑了。也有自己的风格,什么样的代码掉书袋,什么样的代码打补丁,这个一眼就能看出来。代码的风格也体现程序员解决问题的逻辑和他的习惯。

如果有可能,就像写日记那样,每天写100行。

而我们又不能把代码看得那么重。古时候,有个大厂程序员,喜欢收集各种好看的代码,并特意买了移动硬盘存储之。作为找工作的敲门砖,说自己有各种流程,单细胞流程、基因组组装流程、GWAS流程、WES流程、特殊物种富集分析流程、QTL流程,打开硬盘给面试官看,好几个T。

然而呢?这些代码离开具体的运行环境,在移动硬盘里,只不过是一堆字符串而已。要想把它迁移到另一个全新的服务器上运行,不懂里面的逻辑是不可能的,更何况还有大量依赖的软件包及其版本呢?

就算是自己亲自敲的代码,都不是程序员的核心竞争力,解决问题的能力才是。

加之现如今,人工智能写调代码的能力大大提升,在解决问题这方面我们需要加强了,更需要加强的是:提出好问题的能力。

把解决问题这种体力活,留给程序员吧(真正的程序员,受得了也受得着这样的自黑吧(^-^))

我们就不在这里制造新的焦虑了,就问一句:你的代码保有量有几行?

你的运来
20241024
于南京


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