最近看到了一个PLOS One的撤稿，期刊发现了自己的3篇SCI相似，发表于2015，2018，2019，但是诡异的是2015年发表的SCI惨遭撤稿。编辑部给出的理由竟是，论文中的部分图片与2017年及2019年发表的两篇论文相似或相同。
类似的，单细胞兼职交流群有小伙伴在批评一个单细胞文献《PDGFRb Cells Rapidly Relay Inflammatory Signal from the Circulatory System to Neurons via Chemokine CCL2》，说文章里面的降维聚类分群和生物学亚群命名很吊轨，但是我看了看，人家是2018就发表了，那个时候10x单细胞转录组技术都还没有大行其道！这个文章里面的单细胞转录组数据的实验设计非常简洁，就是2分组，每个组里面是3个样品，如下所示的第一层次降维聚类分群，单细胞亚群命名确实是没有统一的规则 ：
我之前分享过：两个神经退行性疾病的单细胞核转录组队列的细胞亚群及其标记基因的比较，神经相关的单细胞转录组数据的生物学亚群归类主要是是：
oligodendrocytes and their precursors and progenitors, meningeal cells, astrocytes, endothelial pericyte cells, microglia, neurons; Schwann cells,
其中 neurons 还可以细分为：
motoneurons (MN), excitatory dorsal neurons (ExDorsal), inhibitory dorsal neurons (InhDorsal), excitatory mid and ventral neurons (ExMV), inhibitory or mixed mid and ventral neurons (InhMV).
我也列出来了一些基因：
astrocytes = c("AQP4", "ADGRV1", "GPC5", "RYR3")
endothelial = c("CLDN5", "ABCB1", "EBF1")
excitatory = c("CAMK2A", "CBLN2", "LDB2")
inhibitory = c("GAD1", "LHFPL3", "PCDH15")
microglia = c("C3", "LRMDA", "DOCK8")
oligodendrocytes = c("MBP", "PLP1", "ST18")
OPC='Tnr,Igsf21,Neu4,Gpr17'
Ependymal='Cfap126,Fam183b,Tmem212,pifo,Tekt1,Dnah12'
pericyte=c( 'DCN', 'LUM', 'GSN' ,'FGF7','MME', 'ACTA2','RGS5')
# 下面是4种神经细胞
# excitatory (SLC17A6),
# inhibitory (GAD2),
# GABAergic (GAD2/GRIK1),
# dopaminergic neurons(TH)
文章里面有了endothelial，microglia，oligodendrocytes这样的生物学名字，然后又有 Col1a1 and Rgs5 这样的特异性基因命名规则，确实是有点混乱：
但是呢，这个文章发表的实在是太早了，我们的规则其实是最近两年才慢慢的达成了共识了。文章也提到了：Mural cells mostly comprise pericytes and vascular smooth muscle cells 。 是因为生物学背景本身就是何其的复杂和不规范，这个"Mural" 细胞，通常指的是那些围绕在血管周围并对其结构和功能有重要作用的细胞，其中最常见的两种类型是平滑肌细胞（Smooth Muscle Cells, SMCs）和周细胞（Pericytes）。"Mural" 一词来源于拉丁语 "murus"，意为墙壁，在这里指的是血管壁。
**平滑肌细胞 (SMCs)**：
平滑肌细胞是构成血管壁中层（肌肉层）的主要细胞类型，它们在血管收缩和舒张中起着关键作用，从而调节血压和血流。
**周细胞 (Pericytes)**：
周细胞紧密地贴附在毛细血管壁上，参与维持血管的稳定性和渗透性，对血管新生和炎症反应也有影响。
当在单细胞转录组分析中讨论成纤维细胞亚群时，如果混入了SMCs和Pericytes，可以考虑将这个细胞群体称为“血管壁相关间充质细胞”或“血管周围间充质细胞”，这反映了它们在血管环境中的位置和功能。如果需要特别指出这些细胞的“Mural”特性，可以使用如下命名：
血管壁间充质细胞亚群（Vascular Mural Mesenchymal Cell Subpopulation） 血管周围/Mural细胞亚群（Perivascular/Mural Cell Subpopulation）
这些命名强调了细胞在血管微环境中的结构支持和调节功能。在单细胞数据分析中，可以通过特定的标记基因或基因集来识别这些细胞类型，进而在生物学解释和细胞通讯网络中考虑它们的作用。
不过，对于我们做肿瘤研究的小伙伴来说，更加熟悉的应该是肿瘤微环境里面的基质细胞主要包括以下几种类型：
成纤维细胞（Fibroblasts）：在肿瘤微环境中，成纤维细胞可以分化为癌症相关成纤维细胞（Cancer-Associated Fibroblasts, CAFs），它们通过分泌多种细胞因子和细胞外基质（ECM）成分，促进肿瘤的发展和转移。 内皮细胞（Endothelial Cells）：内皮细胞在肿瘤血管生成中起到关键作用，它们可以形成新的血管，为肿瘤提供氧气和营养。 平滑肌细胞（Smooth Muscle Cells, SMCs）：在某些情况下，平滑肌细胞也存在于肿瘤微环境中，尤其是在血管结构中。 周细胞（Pericytes）：周细胞是血管壁的一部分，它们与内皮细胞相互作用，参与血管的稳定和成熟。
这也就是为什么作者这2018的时候没办法说清楚：What are Col1a1 and Rgs5 cells? 虽然是数据分析可以让作者拿到每个亚群的特异性基因列表：
The top ten marker genes in Col1a1 cells (Ctrl 176 cells; LPS 219 cells) are Col1a1, Col1a2, Dcn, Col3a1, Cp, Ifitm1, Nupr1, Cyp1b1, Lum, and Pcolce
Rgs5 cells (Ctrl 265 cells; LPS 316 cells) are characterized by expression of Rgs5, Vtn, Myl9, Higd1, Ndufa4l2, Kcnj8, Sod3,Ebf1, Apold1, and Cox4i2.
其中 Rgs5 cells were further divvied into Rgs5(A) and Rgs5(B) cells. Rgs5(A) cells have high expression of pericyte markers Abcc9 and Kcnj8, while Rgs5(B) cells expressed the smooth muscle cell marker Acta2
我们可以很轻松的复现出来，如下所示，其中我们的15就是文章里面的Col1a1细胞亚群，而我们的17和18就是文章里面的Rgs5细胞，但是文章里面的 Rgs5(A) and Rgs5(B) cells.并不是我们的17和18 ，因为我们的18其实是有内皮细胞的干扰 ；
哪怕是文章并没有给每个亚群一个具体的生物学名字，这个完全是不影响整体上文章的结论：处理组的Col1a1 and Rgs5 subgroups of PDGFRb cells are the main source of CCL2. 如下所示确实是处理组的ccl2会升高，而且这个升高主要是Col1a1 and Rgs5的贡献度 ：
但是有意思的是12这个亚群是小胶质细胞，它也是ccl2的来源，但是它并没有在处理组升高。也就是说：microglia are unlikely to be the main source of CCL2 during early neuroinflammation.
