作为最近两年最火热的测序技术，空间转录组技术在医学和农学领域、模式和非模式物种、动物和植物上已有广泛应用。对于空间转录组技术，从组织切片实验到个性化分析服务，特别是“单细胞转录组+空间转录组”联合分析，基迪奥积累了丰富的项目经验，并且涌现了很多高分客户文章，发表期刊有Cell、Cancer Cell、Cell Research、Plant Cell等！单细胞转录组+空间转录组研究肿瘤相关性脑积水的发生发展
英文标题：Choroid plexus mast cells drive tumor-associated hydrocephalus
DOI：10.1016/j.cell.2023.11.001肿瘤相关性脑积水(TAH)是脑转移的常见且致命的并发症。虽然已经提出了机械障碍以外的其他因素，但确切的机制尚不清楚。本研究使用snRNA-seq和空间转录组技术发现了一个独特的肥大细胞群体位于脉络丛，并在TAH期间显著增加，揭示了脉络丛肥大细胞(CPMCs)的功能，并为TAH提供了一种有吸引力的疗法。转录因子PagMYB31正向调控杨树形成层活性和负向调控木质部发育
英文标题：Transcription factor PagMYB31 positively regulates cambium activity and negatively regulates xylem development in poplar
DOI：10.1093/plcell/koae040该研究表明转录因子PagMYB31在木材形成的不同阶段具有相反的作用，既能促进木质部细胞的分裂，又能抑制木质部细胞的扩张和次生细胞壁的生物合成。此外，PagMYB31在维持木质部细胞的稳态方面也发挥着重要作用。研究人员还构建了一个PagMYB31介导的转录调控网络，以帮助了解其协调木材形成过程的分子机制。综上，PagMYB31对于协调木材形成的不同发育阶段具有重要意义，并可能成为操纵木材形成不同发育阶段的潜在靶点。通过单细胞转录组、空间转录组、普通转录组技术探究膀胱癌恶化转移机制
英文标题：PDGFRa+ITGA11+ fibroblasts foster early-stagecancer lymphovascular invasion and lymphaticmetastasis via ITGA11-SELE interplay
DOI：10.1016/j.ccell.2024.02.002实体癌转移到淋巴结（LN）的概率非常高，并且相当多的早期膀胱癌（BCA）表现出淋巴血管侵犯（LVI）并最终转移扩散到淋巴管。需要注意的是，癌症相关成纤维细胞（CAF）在晚期癌症中具有高度异质性，但CAF在早期癌症中的功能和机制仍不清楚，本研究致力于探究早期膀胱癌（BCA）LVI形成的细胞特征以及CAF在早期肿瘤中的功能与机制。作者收集了早期BCA组织和癌旁组织进行单细胞转录组测序。完成细胞注释后作者关注数据中的CAF，结合TCGA数据库以及多重免疫组化，作者发现LVI+组中的CAF不仅与BCA患者的LVI、更差的总体生存和淋巴结（LN）转移正相关，并且还具有更高的浸润性成纤维细胞密度。为了进一步确认PDGFRα+/ITGA11+CAF参与BCA进程的机制，作者对LVI+和LVI-的BCA组织切片进行了空间转录组测序。单细胞转录组+空间转录组揭示人类胚胎肺近端-远端模式的发育程序
英文标题：Single-cell RNA sequencing reveals the developmental program underlying proximal–distal patterning of the human lung at the embryonic stage
DOI：10.1038/s41422-023-00802-6肺是人体的主要呼吸器官，其中近端气道和远端肺泡分别负责空气传导和气体交换。然而，在人类肺发育的胚胎阶段，近端-远端模式的调节在很大程度上是未知的。因此，作者首先借助单细胞转录组（scRNA-seq）研究了受精后4-8周胚胎早期肺近端和远端上皮细胞的基因表达模式，构建了169，686个细胞的转录图谱。接着通过空间转录组研究了胚胎早期肺近端和远端的生态位，最后通过两组学的结合扩大了人类早期胚胎肺发育的生物学认知，加深了人类肺发育中上皮近端-远端模式的理解，为再生医学开辟了新的途径。图4. scRNA-seq与ST-seq关联研究基质细胞和上皮细胞的接近性单细胞转录组+空间转录组测序揭示果实衰老的时空轨迹
英文标题：Single-cell and spatial RNA sequencing reveal the spatiotemporal trajectories of fruit senescence
发表期刊：Nature communicationsDOI：10.1038/s41467-024-47329-x果实的衰老是一个复杂的生理过程，果皮中包含多种细胞类型，这使得阐明它们在水果衰老中的个体作用极具挑战性。本研究构建了火龙果（Hylocereus undatus）果皮的单细胞表达图谱，揭示了在水果衰老过程中外果皮和中果皮细胞发生了最显著的变化。使用拟时分析建立了衰老过程中的细胞分化和基因表达轨迹。揭示了早期反应因子HuCMB1在衰老调控网络中的核心作用。英文标题：Characterization of the Nucleus Pulposus Progenitor Cells via Spatial Transcriptomics
DOI：10.1002/advs.202303752椎间盘（Intervertebral disc, IVD）是由位于中央部位的髓核（Nucleus pulposus, NP），外部纤维环（Annulus fibrosus, AF）和相邻椎体之间的软骨终板(cartilaginous endplates, CEP) 三个单元组成。NP组织对IVD稳态的维持至关重要，NP细胞的功能退变和数目减少是导致IVD退行性变 (Intervertebral disc degeneration, IDD) 的关键因素。虽然先前的研究已经鉴定出了许多NP前体细胞 (NP progenitor cells, NPPCs)的标记物，但是NPPCs的空间分布和分化轨迹仍不清楚。本研究首次建立了出生后小鼠IVD的空间转录组图谱，分析了IVD的三个重要组分标记基因和生物功能，并对NP和AF进行了再分群和功能研究。该研究结合空间转录组数据和小鼠谱系示踪，验证了多数NPPCs标记物，但发现Tie2在NP亚群中表达缺失，推翻了以往的研究结果。新发现标记基因Ctsk，它位于外周区域的少量Ctsk阳性细胞，并参与了NP的整个形态学构建。最后，基迪奥生物目前可提供Visium HD（10X genomics）和Stereo-seq两款高分辨率空间转录组产品，并且积累了丰富的项目经验，欢迎有单细胞或空间测序项目意向的老师扫描下方二维码填写信息，基迪奥为您定制单细胞时空组学解决方案。![]()
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