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一、医学
案例1
新辅助帕博利珠单抗加化疗治疗可切除食管鳞状细胞癌的前瞻性研究：Keystone-001试验
发表期刊：Cancer Cell
发表时间：202410
影响因子：48.8
物种样本：人食管鳞状细胞癌
产品服务：10X RNA-seq
合作单位：天津医科大学肿瘤医院
DOI：10.1016/j.ccell.2024.09.008
食管癌是中国高发的恶性肿瘤之一，术前化放疗联合免疫检查点抑制剂（ICIs）在可切除的食管鳞状细胞癌（ESCC）中显示出治疗潜力，但现有治疗方法的复发率较高。本研究从12名接受新辅助治疗的ESCC患者中收集了配对的外周血和肿瘤组织样本，并进行单细胞转录组测序。首先通过构建细胞图谱和细胞频率分析锁定了关键细胞亚群TRGC2+ NKT；然后通过再分群分析揭示了TRGC2+ NKT细胞的异质性，并使用拟时分析探究了TRGC2+ NKT细胞的发育分化轨迹；最后通过共培养实验和免疫浸润分析，成功证明了外周血中TRGC2+ NKT细胞是治疗反应相关的潜在生物标志物。
Fig1 与新辅助治疗差异反应相关的特征性细胞亚群变化
案例2
通过单细胞转录组、空间转录组、常规转录组技术探究膀胱癌恶化转移机制
发表期刊：Cancer Cell
发表时间：202404
影响因子：48.8
物种样本：人膀胱癌组织
产品服务：RNA-seq，10X RNA-seq，空间转录组
合作单位：中山大学孙逸仙纪念医院
DOI：10.1016/j.ccell.2024.02.002
文章解读：《Cancer Cell（IF50+）|客户文章|入木“三”分，联合空间、单细胞、普通转录组的膀胱癌机制研究》
实体癌转移到淋巴结（LN）的概率非常高，并且相当多的早期膀胱癌（BCA）表现出淋巴血管侵犯（LVI）并最终转移扩散到淋巴管。值得注意的是，癌症相关成纤维细胞（CAF）在晚期癌症中具有高度异质性，但CAF在早期癌症中的功能和机制仍不清楚。该研究致力于探究早期膀胱癌（BCA）LVI形成的细胞特征以及CAF在早期肿瘤中的功能与机制。
Fig2 早期BCA的单细胞转录组图谱分析
案例3
通过空间转录组学绘制椎间盘的空间转录图谱及表征髓核组细胞
发表期刊：Adv Sci (Weinh).
发表时间：202402
影响因子：14.3
物种样本：小鼠椎间盘
产品服务：空间转录组
合作单位：厦门大学医学院
DOI：10.1002/advs.202303752
椎间盘（IVD）是由三个不同但相互依赖的单元组成：位于中央部位的髓核（NP），外部纤维环（AF）和相邻椎体之间的软骨终板(CEP)。虽然先前的研究已经鉴定出了许多NP前体细胞 (NPPCs)的标志物，但是NPPCs的空间分布和分化轨迹仍不清楚。本研究首次通过10X Visium平台绘制了出生后小鼠IVD的空间转录组图谱，系统性地分析了IVD的三个重要组分标记基因和生物功能，并对NP和AF进行了再分群和功能研究。结合空间转录组数据和小鼠谱系示踪，验证了多数NPPCs标记物，但发现Tie2在NP亚群中表达缺失，推翻了以往的研究结果。新发现标记基因Ctsk，它位于外周区域的少量Ctsk阳性细胞，并参与了NP的整个形态学构建。
Fig3 小鼠IVD的10X Visium ST分析
案例4
单细胞与普通转录组研究胰腺祖细胞分化的特异性lncRNA
发表期刊：Adv Sci (Weinh).
发表时间：202401
影响因子：14.3
物种样本：人
产品服务：10X RNA-seq
合作单位：南通大学附属医院
DOI：10.1002/advs.202305631
干细胞衍生胰腺祖细胞(SC-PPs)作为一种无限来源的SC衍生β (SC-β)细胞，在基于干细胞的移植、疾病建模和药物筛选中为糖尿病治疗提供了强有力的工具。lncRNA有助于细胞分化和命运规范，但是lncRNA在干细胞来源的SC-β的分化和分化过程中的作用和分子机制仍然是未知的。所以本文重点研究了控制PP细胞分化为胰腺的特异性lncRNA，并揭示了lncRNA潜在的调控机制。
Fig4 人类PP细胞分化过程中的lncRNA景观图谱
二、农学
案例5
单细胞转录组测序揭示低氮对白肋烟叶的细胞和分子的反应
发表期刊：Physiol Plant.
发表时间：202401
影响因子：5.4
物种样本：高氮和低氮的烟草叶片
产品服务：scRNA-seq，RNA-seq
DOI：10.1111/ppl.14118
合作单位：河南农业大学
【烟草单细胞抗逆领域首篇】
烟草（Nicotiana tabacum）需大量氮（N）来达到最好的产量与质量，但烟草在低N下基因如何在细胞水平上表达，以及细胞对环境应激反应的确切机制目前还不清楚。本研究通过scRNA-seq，鉴定了细胞类型Marker基因；揭示了叶肉细胞是低N环境下主要响应的细胞亚群，拟时分析揭示了低N胁迫减缓基质向叶肉细胞的分化。scRNA+WGCNA+bulk RNA研究表明了参与光合生物卟啉代谢、氮代谢、碳固定、光合作用和光合作用-天线途径的基因在低氮条件下的响应中发挥了重要作用，以及找到4个在低N反应基因调控中发挥关键作用的TFs。
Fig5 对照和低氮组样本的单细胞转录组分析
案例6
scRNA-seq揭示光暗环境下花生幼苗叶片的差异表达基因图谱
发表期刊：Plant Biotechnol J
发表时间：202402
影响因子：10.1
物种样本：完全黑暗与12h光暗交替环境中生长的花生幼苗叶片
产品服务：scRNA-seq，代谢组
DOI：10.1111/pbi.14306
合作单位：广东省农业科学院作物研究所
【花生单细胞抗逆领域首篇】
光暗诱导植物形态发育的机制在花生叶片上缺少高分辨率的研究，该研究通过对光暗环境下花生幼苗叶片进行scRNA-seq，结合转录因子分析、细胞周期分析、拟时分析等，发现了多种黑暗环境下抑制细胞分裂和扰乱细胞周期的关键转录因子。本研究提供了光暗环境下黄化花生幼苗和绿化花生幼苗的单细胞图谱，为在单细胞水平上阐明光诱导的叶片细胞发育提供坚实基础。
Fig6-1 在差异基因分析中寻找关键转录因子
Fig6-2 表皮细胞和叶肉细胞的分化轨迹
案例7
转录因子PagMYB31正调控杨树形成层活性并负调控木质部发育
发表期刊：Plant Cell
发表时间：202402
影响因子：10
物种样本：杨树茎组织
产品服务：scRNA-seq，ST
合作单位：中国林业科学研究院
DOI：10.1093/plcell/koae040
木材的形成涉及连续的发育步骤，包括维管形成层的细胞分裂、木质部细胞膨胀、次生细胞壁沉积（SCW）和程序性细胞死亡。在本研究中，我们鉴定了PagMYB31作为调控这些过程的协调基因，并构建了一个由PagMYB31介导的转录调控网络。PagMYB31突变导致形成层细胞层数减少，纺锤形始基、射线始基、导管、纤维和射线细胞增大，木质部细胞SCW加厚增强，表明PagMYB31正调控形成层细胞增殖，负调控木质部细胞膨胀和SCW生物合成。
案例8
花生果实发育细胞图谱绘制
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