单一的组学研究往往存在局限，让生物学故事缺少前因后果。翻译组作为中心法则中的中间桥梁，可与上下游转录组、蛋白组串联，探究翻译水平与调控机制，深化转录组分析结果，解释转录组蛋白组结果的不一致。基迪奥国内翻译组测序服务领先，项目经验丰富。目前已完成60+物种、80+组织类型的翻译组测序，围绕“翻译组+”的多组学服务模式，助力客户在不同领域斩获高分文章，平均IF13.6！本期为大家盘点q3部分转录组+翻译组关联项目文章，以供各位老师思路参考，欢迎有测序意向的老师与我们联系。转录组+翻译组分析环状RNA编码的致癌性PIAS1变体通过调节STAT1的SUMO化与磷酸化的平衡来阻断免疫原性铁死亡
英文题目：Circular RNA-encoded oncogenic PIAS1 variant blocks immunogenic ferroptosis by modulating the balance between SUMOylation and phosphorylation of STAT1DOI：10.1186/s12943-024-02124-6尽管免疫检查点阻断疗法（ICB）在黑色素瘤中得到了广泛应用，但其临床反应率依然很低。circRNA在癌症进展中起着至关重要的作用，可能是限制ICB治疗效果的一个关键因素。通过RNA-seq和Ribo-seq，确定了与单次给药PD-1抑制剂相比，联合给药后下调的circRNA，从而发现了具有高蛋白质编码潜力的circPIAS1。该研究发现了一种新的黑色素瘤免疫逃避机制，该机制由黑色素瘤中circPIAS1编码的一种独特的108aa多肽驱动，它通过调节SUMO化和STAT1磷酸化之间的平衡，显著阻碍了ICB疗法引发的免疫原性铁死亡。这项工作揭示了circPIAS1-108aa是限制黑色素瘤免疫治疗效果的关键因素，并提出了一种改善ICB治疗效果的可行策略。Fig1 CircPIAS1在黑色素瘤中高表达并促进癌症进展转录组+翻译组分析巨噬细胞ILF3通过诱导雄性小鼠炎症失衡促进腹主动脉瘤形成
英文题目：Macrophage ILF3 promotes abdominal aortic aneurysm by inducing inflammatory imbalance in male miceDOI：10.1038/s41467-024-51030-4炎症和抗炎反应失衡在腹主动脉瘤进展中起关键作用。ILF3作为已知先天免疫反应的调节因子，与心血管疾病相关。本研究旨在探究ILF3在腹主动脉瘤形成中的作用。结果显示，巨噬细胞ILF3缺乏减缓瘤体进展，而ILF3水平升高则加剧病变。从机制上，巨噬细胞ILF3通过加速p105 mRNA降解增强NF-κB活性，从而导致巨噬细胞炎症加剧。同时，ILF3通过促进ILF3/eIF4A1复合物增强Keap1翻译效率，抑制Keap1-Nrf2信号通路的抗炎作用。此外，Bardoxolone Methyl治疗可减轻ILF3高表达时腹主动脉瘤的严重程度。这些发现强调了巨噬细胞ILF3在腹主动脉瘤发展中的重要性，并表明它有可能成为腹主动脉瘤的治疗靶点。Fig2 巨噬细胞ILF3影响p105mRNA稳定性和Keap1翻译效率eIF(iso)4E.c基因的编辑使白菜获得对芜菁花叶病毒(TuMV)的抗性
英文题目：Editing of eIF(iso)4E.c confers resistance against Turnip mosaic virus in Brassica rapa发表期刊：Horticultural Plant JournalDOI：10.1016/j.hpj.2024.05.001芜菁花叶病毒（TuMV）是影响大白菜的主要病害之一。近年研究表明，植物翻译起始因子作为隐性抗病基因，在抗病过程中起着重要的作用。该研究利用进化和基因表达研究，发现eIF(iso)4E.c可能是一个潜在的抗TuMV基因。利用Cas9技术获得了eIF(iso)4E.c基因编辑突变体。通过表型观察和病毒含量评估，确认了eIF(iso)4E.c对TuMV具有抗性。此外，对eIF(iso)4E.c突变苗进行了Ribo-seq，揭示了其在应对TuMV时的翻译组景观。这项研究显示了eIF(iso)4E.c缺失导致了高度复杂变化的翻译机制与转录机制协同作用，共同对抗TuMV。eIF(iso)4E.c调控白菜抗TuMV机制的解析，为进一步培育抗TuMV病毒病品种提供了可靠的目标基因和指导方向。Fig3 eIF(iso)4E.c改变了转录和翻译水平的表达转录组+翻译组揭示急性热应激下虹鳟鱼肝脏的翻译和转录调控
英文题目：Ribosome Profiling and RNA Sequencing Reveal Translation and Transcription Regulation under Acute Heat Stress in Rainbow Trout (Oncorhynchus mykiss, Walbaum, 1792) Liver彩虹鳟鱼（Oncorhynchus mykiss, Walbaum, 1792）是重要的冷水鱼类，对热应激敏感。目前对彩虹鳟鱼的热应激响应主要在转录水平，翻译水平研究较少。本研究通过Ribo-seq，对彩虹鳟鱼肝脏在正常和热应激条件下的翻译调控进行了研究。RNA-seq和Ribo-seq结果显示，转录水平上的基因表达变化与翻译水平上的变化呈中度相关，共1213个基因在翻译水平上显著改变。809个基因在翻译效率（TE）方面表现出显著差异，受GC含量、编码序列长度和上游开放阅读框（uORF）等因素的影响。此外，在2676个基因中鉴定出3468个潜在uORF，可能会影响主要开放阅读框的TE。该研究首次使用Ribo-seq和RNA-seq揭示鱼类在热应激下转录和翻译的协调调控，为鱼类热应激响应研究提供了新的数据和理论见解。转录组+翻译组分析揭示了lncRNA-GRN通过miR-103-3p/FBXW7轴和编码肽调节鸡卵泡闭锁的作用机制
英文题目：Integrative analysis of RNA-seq and Ribo-seq reveals that lncRNA-GRN regulates chicken follicular atresia through miR-103-3p/FBXW7 axis and encoding peptideDOI：10.1016/j.ijbiomac.2024.135051鸡卵泡闭锁严重降低了鸡的产蛋量和经济效益，LncRNA在卵泡闭锁过程中起着关键作用。作者使用了RNA-seq和Ribo-seq对大恒肉鸡正常卵泡和闭锁卵泡进行研究，以筛选出可能调控卵泡闭锁的lncRNA，并研究其调控的分子机制。 发现lncGRN在闭锁卵泡中高表达，并具有转化能力。lncGRN通过lncGRN/miR-103-3p/FBXW7轴和翻译微肽GRN-122aa促进卵泡闭锁。该研究对lncGRN的转录后调控机制有了新的认识，表明lncGRN可能是调控鸡卵泡发育的潜在因子，为通过分子育种进一步提高鸡的产蛋率提供了理论依据。Fig5 RNA-seq+Ribo-seq筛选lncGRN基迪奥生物不仅提供转录、翻译、蛋白、代谢、表观、微生物等常规组学服务，还拥有空间组学和单细胞等多种前沿技术，以及行业内最专业的开发团队和长达十几年的成果积累，始终专注于组学测序和生信分析，为不同领域研究人员提供最好的组学研究策略。欢迎有项目意向的老师扫描下方二维码填写信息，基迪奥为您定制个性化项目执行方案。医学项目：020-84889324
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