下面分享8篇最新的基迪奥多组学联合分析项目文章，联合分析策略包含“转录组+蛋白质组”、“转录组+表观组”、“转录组+翻译组”、“转录组+代谢组”，希望可以给大家提供一些参考。英文标题：Sulindac (K-80003) with nab-paclitaxel and gemcitabine overcomes drug-resistant pancreatic cancer
DOI：10.1186/s12943-024-02128-2胰腺导管腺癌 (PDAC) 是一种预后极差的恶性肿瘤，但化疗药物耐药性普遍存在。本文研究了经典的抗炎药sulindac K-80003与AG方案联合使用对PDAC的治疗作用，并寻找可靠的预测药物联合敏感性的生物标志物。使用RNA测序发现，异常激活的 PI3K/Akt 信号通路在介导对AG方案的耐药性中起着核心作用。通过RNA测序、多重免疫荧光染色和免疫组化实验，研究人员确定了 cFAM124A 作为一种新的生物标志物，sulindac K-80003 通过其促进 AG 敏感性。总之，这项研究为耐药性胰腺癌患者提供了一种新的治疗方案和新的生物靶点。图1. PI3K/Akt通路在PDAC的化疗耐药中起重要作用案例2：转录组+蛋白质组揭示ADAM8缺失巨噬细胞通过ANXA2-mTOR自噬通路促进心肌梗死后的心脏修复
英文标题：ADAM8 deficiency in macrophages promotes cardiac repair after myocardial infarction via ANXA2-mTOR-autophagy pathway
发表期刊：Journal of Advanced Research技术策略：RNA-seq，蛋白质组，COIP/MSDOI：10.1038/s41587-023-02118-7ADAM8是巨噬细胞中的关键调节因子，与心血管疾病进展密切相关。本研究旨在探索 ADAM8 如何调节巨噬细胞功能以抑制心肌梗死后的心脏修复。本研究使用CRISPR/Cas9系统建立巨噬细胞特异性ADAM8敲除小鼠(ADAM8flox/flox，Lyz2-Cre，KO)和相应的对照小鼠(ADAM8flox/flox，flox)，使用蛋白质组学、RNA测序和免疫共沉淀/质谱(COIP/MS)来探索相关的潜在机制。结果发现心肌梗死后心脏巨噬细胞中 ADAM8 增加。巨噬细胞中的 ADAM8-ANXA2-mTOR 自噬轴负责调节心肌梗死后的血管生成和炎症。因此，ADAM8 可能是心肌梗死治疗的新靶点。图2. ADAM8与ANXA2结合控制巨噬细胞的功能案例3：转录组+DAP-seq技术揭示水稻优良单倍型OsGATA8-H协调氮素吸收和分蘖形成机制
英文标题：The elite haplotype OsGATA8-H coordinates nitrogen uptake and productive tiller formation in rice
DOI：10.1038/s41588-024-01795-7过多的氮素会促进水稻中非生产性分蘖的形成，这降低了氮素利用效率（NUE）。通过平衡氮素吸收和生产性分蘖的形成来培育高NUE的水稻品种仍然是一个长期存在的挑战，然而这两个过程在水稻中是如何协调的仍然是个谜。本研究通过转录组和DAP-seq分析确定了转录因子OsGATA8是水稻中氮素吸收和分蘖形成的关键协调者。OsGATA8通过抑制氨态氮转运基因OsAMT3.2的转录来负调节氮素吸收。同时它通过抑制分蘖的负调节因子OsTCP19的转录来促进分蘖形成。图3. OsGATA8通过转录抑制OsTCP19促进非生产性分蘖案例4：转录组+m6A组分析共转录r-环介导的表观遗传调控驱动晚期前列腺癌的生长迟缓和多西紫杉醇化疗敏感性增强
英文标题：Co-transcriptional R-loops-mediated epigenetic regulation drives growth retardation and docetaxel chemosensitivity enhancement in advanced prostate cancer
DOI：10.1186/s12943-024-01994-0本研究总结了N6-甲基腺苷(m6A)在表观遗传调控中的新作用，介绍了IGF2BP蛋白以m6A依赖的方式介导独特的R环解析，这可能导致前列腺癌的生长迟缓和多西他赛化疗耐药。该研究首次强调了IGF2BPs作为表观遗传R环阅读器在转录遗传调控和癌症中的功能重要性。此外，该研究提供了一个新的RBM15/IGF2BPs/DNMT1跨组学调控机制，表明前列腺癌中RNA m6A甲基化和DNA甲基化之间的新干扰。图4. IGF2BPs的过表达全面上调靶基因表达和R-环水平案例5：转录组+翻译组分析类囊体蛋白FPB1与PAM68协同作用，促进CP47的生物发生和光系统II的组装
英文标题：Thylakoid protein FPB1 synergistically cooperates with PAM68 to promote CP47 biogenesis and Photosystem II assembly
发表期刊：Nature communicationsDOI：10.1038/s41467-024-46863-y光系统II (PSII) 是植物光合作用的重要复合物，其组装过程复杂且需要多个辅助蛋白。FPB1和PAM68是PSII组装过程中的两个关键辅助因子，它们的功能至今尚不明确。之前有研究显示FPB1和PAM68突变体表现出PSII的积累减少，但具体机制尚不清楚。该研究的目的是鉴定了FPB1这一PSII组装因子，并分析了其功能，揭示FPB1与PAM68在PSII组装过程中的作用机制。图5. 叶绿体基因的RNA-seq和Ribo-seq分析案例6：转录组+翻译组分析分泌型微肽C4orf48通过RNA结合机制增强肾纤维化
英文标题：The secreted micropeptide C4orf48 enhances renal fibrosis via an RNA-binding mechanism
发表期刊：Journal Of Clinical Investigation肾间质纤维化是慢性肾脏疾病(CKD) 发展为终末期肾脏疾病的重要机制。然而缺乏特定的治疗方法来减缓或停止肾纤维化。核糖体图谱分析发现在小鼠糖尿病肾病中分泌性小肽C4orf48 (Cf48)上调。Cf48 RNA和蛋白质水平在人类和实验性CKD的肾小管上皮细胞中上调。CKD患者血清Cf48水平升高，并与肾功能丧失、CKD分期增加和活动性间质纤维化程度相关。Cf48在小鼠中的过度表达加速了肾纤维化，而Cf48基因的缺失或反义寡核苷酸的敲除显著减少了CKD模型中的肾纤维化。确定了分泌的Cf48小肽是肾纤维化的潜在增强剂，它作为RNA结合肽促进细胞外基质的产生。图6. 鉴定Gm1673 (C4orf48)为肾纤维化的候选增强剂案例7：转录组+代谢组研究早期运动诱导免疫代谢表观遗传修饰
英文标题：Early-life exercise induces immunometabolic epigenetic modification enhancing anti-inflammatory immunity in middle-aged male mice
发表期刊：Nature Communications技术策略：代谢组, RNA-seq, 全基因组甲基化测序（BS）DOI：10.1038/s41467-024-47458-3运动通常被认为对免疫健康有短期的有益作用。本研究表明，早期有规律的运动对炎症免疫有长期的有益影响。代谢组分析发现细果酸，是对早期定期锻炼做出反应的关键代谢物。细果酸可降低骨髓源性巨噬细胞中的炎症细胞因子，并通过抑制mTOR复合物1信号通路减轻脓毒症。早期运动可以增加肝脏中Crym启动子的组蛋白3赖氨酸4三甲基化，这是一种催化细果酸产生的酶。总之，早期有规律的运动可以通过表观遗传免疫代谢调节增强雄性小鼠在中年阶段的抗炎免疫，其中肝细果酸的产生具有关键作用。案例8：转录组+代谢组分析揭示了木瓜具有生物活性的化合物调控网络
英文标题：Widely metabolomic combined with transcriptome analysis to build a bioactive compound regulatory network for the fruit growth cycle in Pseudocydonia sinensis
DOI：10.1016/j.foodchem.2024.139933本研究通过转录组和代谢组联合分析揭示了木瓜在整个果实发育过程中生物活性化合物和相关基因的变化。代谢组学分析结果获得不同果实发育过程的主要代谢物变化，转录组学分析鉴定与黄酮类倍半萜类途径有关化合物及其相关基因，以及差异基因与top20差异代谢物的互作网络，筛选出bHLH25可能调节糖和酸、生物碱和倍半萜。最后，基迪奥生物是定制化组学测序与生物信息分析服务领域的领先者，公司组学服务涉及单细胞组学、空间组学、翻译组、基因组等40条业务线，特别在多组学联合分析方面有丰富的项目经验和大量的客户文章案例，欢迎留言咨询！![]()
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