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学术   2024-10-26 11:01   广东  
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案例1

单细胞转录组探究HSF5在男性减数分裂中的作用和调控机制





英文题目:Meiotic chromatin-associated HSF5 is indispensable for pachynema progression and male fertility

发表期刊:Nucleic Acids Res
发表时间:20240923
影响因子:16.6
物种样本:Hsf5基因突变和WT小鼠睾丸
公司产品:10X RNA-seq,CUT&Tag
DOI:10.1093/nar/gkae701
合作单位:浙江大学医学院附属邵逸夫医院



该研究发现了一种新的睾丸特异性蛋白HSF5,它通过与染色质结合的方式调控雄性减数分裂中的粗线期进程。HSF5的缺乏会导致减数分裂停滞和雄性不育,其特征为在中晚粗线期异常停滞,伴随大量精原细胞凋亡。scRNA-seq证实了在HSF5缺失的个体中,一些关键驱动基因(如Sycp1、Msh4、Meiob等)的表达发生了一致的变化。CUT&Tag分析揭示HSF5主要结合在这些关键基因的启动子区域。此外,研究还表明HSF5与SMARCA5、SMARCA4和SMARCE1有生物学上的相互作用,可作为粗线期进程中的转录因子。研究强调了与染色质相关的HSF5对精原细胞分化的重要性,改进了粗线期进程的蛋白质调控网络。

Fig1 对P24 Hsf5Hsf5+/+-/-全睾丸进行scRNA-seq分析概况

案例2

肝细胞来源的组织细胞外囊泡保护肝脏再生并支持再生治疗





英文题目:Hepatocyte-derived tissue extracellular vesicles safeguard liver regeneration and support regenerative therapy

发表期刊:Journal of Nanobiotechnology
发表时间20240830
影响因子:10.6
物种样本:小鼠肝脏
公司产品:10X RNA-seq,RNA-seq
DOI:10.1186/s12951-024-02790-0
合作单位:中国人民解放军空军军医大学第三附属医院



组织来源的细胞外囊泡(EVs)在维持器官稳态中扮演关键角色,但它们的具体功能和治疗潜力尚未充分研究。通过scRNA-seq和bulk RNA-seq,结合组织超微结构检查,研究发现肝脏组织EVs(LT-EVs)在部分肝切除术后的肝脏再生过程中积极参与,其中肝细胞是再生肝脏中EVs的主要来源。纳米尺度和蛋白质组学分析进一步揭示,肝细胞特异性的组织EVs(Hep-EVs)在术后加强释放,并携带促进细胞增殖的信息。重要的是,Hep-EVs通过促进细胞周期蛋白依赖激酶1(Cdk1)活性来刺激肝细胞增殖,从而推动肝脏再生。此外,补充来自再生肝脏的Hep-EVs显示出潜在的治疗应用价值,能够改善肝脏再生不足的状况。这项研究为理解生理和内源性组织EVs在器官再生和治疗中的作用提供了新的视角。

Fig2 肝细胞是肝脏再生过程中LT-EVs的主要来源

案例3

Eif2s2的减数分裂前缺失导致小鼠卵母细胞在早期双线期停滞和凋亡





英文题目:Premeiotic deletion of Eif2s2 causes oocyte arrest at the early diplotene stage and apoptosis in mice

发表期刊:Cell Prolif.
发表时间:20240724
影响因子:5.9
物种样本:小鼠卵母细胞
公司产品:RNA-seq, 10X RNA-seq, 蛋白组
DOI:10.1111/cpr.13718
合作单位:华南理工大学



真核生物翻译起始因子EIF2S2是参与翻译起始的关键蛋白。已有研究表明,Eif2s2的突变与早发性卵巢功能不全(POI)有关,但具体的致病机制尚不明确。本研究旨在探索Eif2s2在小鼠卵母细胞发育中的作用,并阐明Eif2s2缺失导致早发性卵巢功能不全的分子机制。总的来说,Eif2s2在早期生殖细胞中的缺失通过损害同源重组导致卵母细胞在早期双线期停滞,最终主要通过降低线粒体分裂相关蛋白、ROS积累和随后的DNA损伤导致卵母细胞凋亡。该研究为女性不孕症的诊断和治疗提供了有价值的见解。

Fig3 scRNA-seq揭示Eif2s2cKO小鼠卵巢中ISR信号通路的激活情况

案例4

ARID1A在破骨细胞生成过程中保护细胞命运决定的通道化





英文题目:ARID1A safeguards the canalization of the cell fate decision during osteoclastogenesis

发表期刊:Nat Commun
发表时间:20240717
影响因子:14.7
物种样本:小鼠BMCs
公司产品:10X RNA-seq流程分析
DOI:10.1038/s41467-024-50225-z
合作单位:上海交通大学医学院附属第九人民医院



染色质重塑因子ARID1A通过调节核小体定位和染色质可及性来调控基因转录,尽管其在细胞命运决定过程中介导的阶段和谱系特异性基因调控尚不清楚。本研究以破骨细胞生成为模型,通过单细胞转录组测序探讨了ARID1A在细胞增殖-分化转换过程中,如何在单细胞分辨率下保护破骨细胞(OC)命运通道化。

Fig4在增殖-分化转换过程中,ARID1A转录保护OC命运通路

案例5

CaP-Pickering乳液通过双重DC和NK激活来增强mRNA癌症疫苗效果





英文题目:Engineering CaP-Pickering emulsion for enhanced mRNA cancer vaccines via dual DC and NK activations

发表期刊:J Control Release
发表时间:20240803
影响因子:10.5
物种样本:小鼠肌肉组织
公司产品:10X RNA-seq
DOI:10.1016/j.jconrel.2024.07.051
合作单位:中国科学院过程工程研究所



脂质纳米颗粒(LNP)等mRNA递送系统在提升mRNA表达方面取得了显著进展,但免疫系统的激活有其阈值。为了有效激活免疫,需要在抗原表达和树突状细胞(DC)激活之间保持平衡。该研究开发了一种新型的磷酸钙纳米颗粒(CaP-PME)稳定的水包油包水(w/o/w)Pickering乳液,用于癌症疫苗中的mRNA递送。这种乳液能有效将mRNA送入细胞质,激活DCs,并促进NK细胞和CD8+ T细胞的增殖与活化,从而改善肿瘤微环境。在肿瘤模型中,这种乳液展现出了比传统LNP更优越的抗肿瘤效果,为癌症疫苗提供了一种增强型mRNA递送的新途径。

Fig5 CaP-PME有效改善肿瘤微环境,促进CD8+T细胞和NK细胞的浸润和激活

案例6

单细胞转录组揭示了梅花在不同开花发育阶段的花瓣细胞图谱





英文题目:Single-cell RNA sequencing reveals a high-resolution cell atlas of petals in Prunus mume at different flowering development stages

发表期刊:Hortic Res.
发表时间:20240710
影响因子:7.6
物种样本:梅花花瓣
公司产品:10X RNA-seq
DOI:10.1093/hr/uhae189
合作单位:西北农林科技大学



梅花(Prunus mume)的香气主来自花瓣,然而,梅花花瓣的细胞类型和发生花挥发性合成的细胞类型鲜有报道。该研究利用scRNA-seq分析了梅花品种“Fenhong Zhusha”在花蕾期(BS)和盛花期(FS)花瓣中的基因表达景观。研究确定了花瓣的6种主要细胞类型,鉴定了各细胞类型的标记基因。测量四个开花阶段花香挥发物的排放量变化,结合bulk RNA-seq筛选出28个DEGs可能在梅花花香合成中发挥作用,尤其是PmBAHD3可能参与苯甲酸乙酯的合成。通过原位杂交,确认了参与花香合成的关键基因主要在表皮细胞、薄壁细胞和维管组织中表达,与 scRNA-seq 数据一致。结果表明这些细胞类型是梅花香气合成的主要场所。该研究构建了首个花瓣单细胞图谱,为理解花香合成的分子机制提供了新视角。

Fig6 梅花花瓣的单细胞转录组细胞簇鉴定

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