经过春的播种，夏的耕耘，在这丰收的秋季，基迪奥生物合作项目文章发表也迎来了累累硕果！在第三季度中，基迪奥共助力客户发表文章数337篇，IF累积1875.1，平均IF5.9；其中5分以上文章146篇，与第二季度相比增长25.9%；8分以上高分文章61篇，占Q3文章总数的18.1%，遍布Molecular Cancer、iMeta、Cell Host & Microbe、Nucleic Acids Research、ACS nano、Nature Communications、Advanced Science等众高分期刊。祝贺所有见刊的老师们，感谢对基迪奥的支持与信任，我们深感荣幸参与并支持这些前沿研究。下面为各位老师分享部分本季度项目文章案例，希望为您的科研工作提供新的思路和启示，也欢迎有项目意向的老师与我们联系，携手展开更多合作。单细胞作为时下最热门产品线之一，第三季度共计见刊14篇。单细胞转录组探究HSF5在男性减数分裂中的作用和调控机制
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英文题目：Meiotic chromatin-associated HSF5 is indispensable for pachynema progression and male fertility
该研究发现了一种新的睾丸特异性蛋白HSF5，它通过与染色质结合的方式调控雄性减数分裂中的粗线期进程。HSF5的缺乏会导致减数分裂停滞和雄性不育，其特征为在中晚粗线期异常停滞，伴随大量精原细胞凋亡。scRNA-seq证实了在HSF5缺失的个体中，一些关键驱动基因（如Sycp1、Msh4、Meiob等）的表达发生了一致的变化。CUT&Tag分析揭示HSF5主要结合在这些关键基因的启动子区域。此外，研究还表明HSF5与SMARCA5、SMARCA4和SMARCE1有生物学上的相互作用，可作为粗线期进程中的转录因子。研究强调了与染色质相关的HSF5对精原细胞分化的重要性，改进了粗线期进程的蛋白质调控网络。Fig1 对P24 Hsf5和Hsf5+/+-/-全睾丸进行scRNA-seq分析概况单细胞转录组揭示了梅花在不同开花发育阶段的花瓣细胞图谱
英文题目：Single-cell RNA sequencing reveals a high-resolution cell atlas of petals in Prunus mume at different flowering development stages
梅花（Prunus mume）的香气主来自花瓣，然而，梅花花瓣的细胞类型和发生花挥发性合成的细胞类型鲜有报道。该研究利用scRNA-seq分析了梅花品种“Fenhong Zhusha”在花蕾期（BS）和盛花期（FS）花瓣中的基因表达景观。研究确定了花瓣的6种主要细胞类型，鉴定了各细胞类型的标记基因。测量四个开花阶段花香挥发物的排放量变化，结合bulk RNA-seq筛选出28个DEGs可能在梅花花香合成中发挥作用，尤其是PmBAHD3可能参与苯甲酸乙酯的合成。通过原位杂交，确认了参与花香合成的关键基因主要在表皮细胞、薄壁细胞和维管组织中表达，与 scRNA-seq 数据一致。结果表明这些细胞类型是梅花香气合成的主要场所。该研究构建了首个花瓣单细胞图谱，为理解花香合成的分子机制提供了新视角。第三季度发文热门产品线以转录组、代谢组、16S为首，其中宏基因组和翻译组文章数量较Q2持续增加。牡荆素作为新型VDR激动剂，可减轻从慢性肠道炎症向结直肠癌的转变
英文题目：Discovery of vitexin as a novel VDR agonist that mitigates the transition from chronic intestinal inflammation to colorectal cancer
DOI：10.1186/s12943-024-02108-6研究发现维生素D受体（VDR）的缺失会加速从慢性结肠炎向结直肠癌的进展。牡荆素（vitexin）能特异性靶向VDR蛋白，促进其转入细胞核发挥转录活性。在巨噬细胞和癌细胞的共培养模型中，牡荆素促进巨噬细胞向M1表型的极化，这一过程依赖于VDR。ChIP-seq揭示牡荆素通过VDR调节吩嗪类生物合成结构域蛋白（PBLD）的转录激活。通过ChIP实验和双荧光素酶报告基因分析确定了PBLD的功能调控区域，证实VDR/PBLD通路对牡荆素介导的巨噬细胞极化调节至关重要。在髓系VDR基因敲除的小鼠模型中，牡荆素的保护效应在中期结直肠癌中被消除。总之，牡荆素通过VDR/PBLD通路调节巨噬细胞极化，减轻慢性结肠炎向结直肠癌的转变。Fig3 在肿瘤微环境中，牡荆素促进VDR进入细胞核高酸度通过影响非生物与生物途径，显著影响含有复合有机基质的人工湿地的酸性矿井排水处理性能
英文题目：High acidity notably influences acid mine drainage treatment performance in constructed wetlands packed with composite organic substrates by affecting both abiotic and biotic routes
发表期刊：Chemical Engineering JournalDOI：10.1016/j.cej.2024.153836研究评估了不同pH值对人工湿地处理酸性矿山排水（AMD）的影响。结果显示，pH值对湿地的修复性能有显著影响，其中pH 2.0效果最差，pH 5.0最佳。高酸度抑制了重金属的吸附和功能微生物的生长，影响了植物生长和金属沉积。低pH条件下，硫酸盐还原菌（SRB）几乎不存在，而在其他系统中，SRB和有机降解细菌是AMD生物修复的关键类群。研究指出，人工湿地是AMD处理的有前景的系统，但需将AMD的pH预中和至≥3，以提高修复效果。以“转录组+”、“单细胞+”等多组学联合的研究设计思路，仍是文章提分的不二法宝。巨噬细胞ILF3通过诱导雄性小鼠炎症失衡促进腹主动脉瘤形成
英文题目：Macrophage ILF3 promotes abdominal aortic aneurysm by inducing inflammatory imbalance in male mice
发表期刊：Nature CommunicationsDOI：10.1038/s41467-024-51030-4在腹主动脉瘤的发展中，促炎与抗炎反应失衡起着关键作用。ILF3作为先天免疫反应的调节因子，与心血管疾病相关。研究发现，巨噬细胞中ILF3的缺乏能减缓腹主动脉瘤的进展，而ILF3的增加则加剧病变。巨噬细胞ILF3通过加速p105 mRNA的衰减来增强NF-κB活性，导致巨噬细胞炎症加剧。同时，ILF3抑制了Keap1-Nrf2信号通路的抗炎作用，通过促进ILF3/eIF4A1复合物介导的Keap1翻译效率增强。此外，Bardoxolone Methyl治疗在ILF3表达升高时能减轻腹主动脉瘤病变的严重程度。这些发现强调了巨噬细胞ILF3在腹主动脉瘤发展中的重要性，并表明其可能是治疗腹主动脉瘤的潜在靶点。Fig5 巨噬细胞ILF3影响p105 mRNA稳定性和Keap1翻译效率英文题目：Gut microbiota mediates anxiety-like behaviors induced by chronic infection of Toxoplasma gondii in mice
DOI：10.1080/19490976.2024.2391535刚地弓形虫慢性感染可引起宿主的焦虑和肠道菌群失调，但肠道菌群在寄生虫引起的焦虑中的潜在作用尚不清楚。研究发现，刚地弓形虫慢性感染在小鼠中引发了焦虑样行为，并破坏了肠道菌群的组成。在杏仁核，该感染激活了小胶质细胞并引发了神经炎症。在结肠，感染导致了肠道失调，包括增加的结肠炎症、细菌内毒素转移到血液的增强，以及肠道屏障的损害。血清中，感染增加了LPS水平并降低了5-HT水平。清除肠道菌群的抗生素减轻了感染引起的焦虑行为。移植感染小鼠的粪便菌群至经抗生素处理的小鼠，引起了焦虑和杏仁核中的转录组变化。此外，感染小鼠粪便中产琥珀酸细菌的丰度和琥珀酸产量降低，而DBM给药改善了感染引起的焦虑和肠道屏障损伤。Fig6 弓形虫慢性感染诱导小鼠肠道菌群失调和结肠炎症膳食纤维通过酸化拟杆菌和随后的氨解毒减轻酒精性肝损伤
英文题目：Dietary fiber alleviates alcoholic liver injury via Bacteroides acidifaciens and subsequent ammonia detoxification
DOI：10.1016/j.chom.2024.06.008研究发现，富含可溶性膳食纤维的饮食能够增加小鼠肠道中产酸拟杆菌（Bacteroides acidifaciens）的丰度并减轻酒精诱导的小鼠肝损伤。产酸拟杆菌通过产生胆盐水解酶激活肠道法尼醇X受体（FXR）及其下游靶点成纤维细胞生长因子-15（FGF15），进而促进肝细胞中鸟氨酸氨基转移酶（OAT）的表达。OAT有助于肝脏中鸟氨酸代谢为谷氨酸，为氨解毒提供足够的谷氨酸，减少肝损伤。这些发现揭示了通过饮食纤维补充和产酸拟杆菌调节肠道菌群，可能成为治疗酒精相关性肝病（ALD）的新策略。Fig7 产酸拟杆菌促进ALD小鼠肝脏中OAT水平增加肝细胞来源的组织细胞外囊泡保护肝脏再生并支持再生治疗
英文题目：Hepatocyte-derived tissue extracellular vesicles safeguard liver regeneration and support regenerative therapy
发表期刊：Journal of NanobiotechnologyDOI：10.1186/s12951-024-02790-0组织来源的细胞外囊泡（EVs）在维持器官稳态中扮演关键角色，但它们的具体功能和治疗潜力尚未充分研究。通过scRNA-seq和bulk RNA-seq，结合组织超微结构检查，研究发现肝脏组织EVs（LT-EVs）在部分肝切除术后的肝脏再生过程中积极参与，其中肝细胞是再生肝脏中EVs的主要来源。纳米尺度和蛋白质组学分析进一步揭示，肝细胞特异性的组织EVs（Hep-EVs）在术后加强释放，并携带促进细胞增殖的信息。重要的是，Hep-EVs通过促进细胞周期蛋白依赖激酶1（Cdk1）活性来刺激肝细胞增殖，从而推动肝脏再生。此外，补充来自再生肝脏的Hep-EVs显示出潜在的治疗应用价值，能够改善肝脏再生不足的状况。这项研究为理解生理和内源性组织EVs在器官再生和治疗中的作用提供了新的视角。Fig8 肝细胞是肝脏再生过程中LT-EVs的主要来源最后，OmicShare云工具平台文章在终于第三季度发表。OmicShare tools：零代码交互式的在线生物数据分析与可视化工具
英文题目：OmicShare tools: A zero‐code interactive online platform for biological data analysis and visualization
OmicShare云工具平台是一个用户友好的在线数据分析和可视化资源，包含161种生物信息学工具。用户可以通过概览界面轻松实时跟踪项目进度。该平台具有强大的交互式图形引擎，允许对分析生成的图表进行定制修改。OmicShare生成的图表具有视觉吸引力，提高了数据的可解释性，并满足了发布要求。它已在4000多篇出版物中得到认可。网站链接：https://www.omicshare.com/tools/Fig9 OmicShare工具功能概要与输出示例如果您在数据分析和作图过程中使用了OmicShare Tools，我们期望您在论文发表时，在方法学部分或致谢部分引用或提及OmicShare平台。Mu, Hongyan, Jianzhou, Chen, Wenjie Huang, Gui Huang, Meiying Deng, Shimiao Hong, Peng Ai, Chuan Gao, and Huangkai Zhou. 2024. “OmicShare tools: a Zero‐Code Interactive Online Platform for Biological Data Analysis and Visualization.” iMeta e228. https://doi.org/10.1002/imt2.228基迪奥生物不仅提供转录、翻译、蛋白、代谢、表观、微生物等常规组学服务，还拥有空间组学和单细胞等多种前沿技术，以及拥有行业内最专业的开发团队和长达十几年的成果积累，始终专注于组学测序和生信分析，为不同领域研究人员提供最好的组学研究策略。欢迎有项目意向的老师扫描下方二维码填写信息，基迪奥为您定制专属解决方案。医学项目：020-84889324
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