PPI分析也是各大组学研究的必备重点内容，那么如何查找互作蛋白呢？今天为大家分享5个好用的互作蛋白查询和预测数据库，可按需使用！经典蛋白互作网络构建综合数据库，科研必备，当前版本12.0（持续更新），收录了来自12535个生物体的59309604个蛋白信息，点击SEARCH即可开始检索。数据库链接：https://cn.string-db.org/1) Protein by name：通过名称检索单一蛋白，查找与之互作的蛋白，绘制预测网络图。
2) Multiple proteins：通过名称或上传文件来检索多个蛋白，查找他们之间的互作关系。
3) Proteins by sequences：通过序列查找单一/多种蛋白。
4) Proteins with Values/Ranks：以带有附加值（如Fold change、p value以及丰度等）的蛋白质列表的形式或直接上传文件进行富集分析及网络图绘制。
5) Protein families(“COGs”)：以COG蛋白质家族编号、蛋白质家族名称或序列对一个或多个蛋白质家族进行检索，展示整个蛋白家族内的蛋白互作情况。
6) Pathway/Process/Disease：搜索Gene Ontology terms，KEGG pathways，以及diseases等标识符或关键字，也可以查询可能讨论基因组的已发表文献编号（PMID），可视化通路或文献中的互作蛋白网络。
7) Add organism：在这里可以将一个完整的物种蛋白质组上传STRING，并生成其相互作用网络并预测蛋白质的功能，包括Gene Ontology术语和KEGG通路。一旦上传，您可以通过网页界面探索和分析蛋白质组数据，通过API编程访问它，或批量下载所有预测。
8) Organisms：对某个物种进行检索。
其中前两大模式较为常用，以TP53为例，输入蛋白名并选择对应物种：点击网络图下方各个模块，即可获得各维度对应的信息数据。点击Exports可导出网络图表或节点边线信息表格，支持导入Cytoscape绘制更个性化的互作网络图。关于STRING更详细使用和说明介绍戳往期：《STRING数据库也太好用了！！！》
BioGRID是一个蛋白、遗传和化学互作综合数据库，数据主要源自文献支持。当前版本4.4.238（持续更新），含85,657种出版物的2,807,416种蛋白质和遗传互作、31,144种化学相互作用和1,128,339种翻译后修饰。数据库链接：https://thebiogrid.org/在网站右侧的搜索框中先选择基因蛋白名、出版物信息或化学物质名称，再选择对应物种，点击Submit Identifier Search。检索信息如下，该页面上方包含了目标基因/蛋白的基本信息、各个外部数据库链接和互作预测结果统计饼图；页面下方的Interactors选项卡中，展示了所有与输入的目标基因/蛋白互作的基因、蛋白和化学物质的详细信息，主要包含名称（Interactor）、物种/分子类型(Organism/Chemical Type)、别名(Aliases)、功能性信息(Description)等。点击Evidence处的View，即可显示该对互作关系的全部证明信息。GeneMANIA主要用于基因互作与功能预测的探索。数据库收录了来自GEO，BioGRID，IRefIndex和I2D以及生物体特定的功能基因组学数据集中数百个数据集和数亿个互作信息，给定查询基因或基因集列表后，能分析基因列表、确定基因的优先级以进行功能测定，同时进行基因功能预测，生成高颜值的发表级PPI网络。数据库链接：http://genemania.org/以单个目标基因TP53查询为例。在搜索栏输入基因/蛋白名，搜索栏左侧选择研究物种。GeneMANIA支持9大物种（拟南芥、秀丽隐杆线虫、斑马鱼、黑腹果蝇、大肠杆菌、智人、小鼠、大鼠、酿酒酵母），这里选择Homo sapiens，直接Search（放大镜图标）即可。Search后即可获得互作网络图。展开右侧面板，会显示当前图中涉及的所有网络连线类型，如物理（蛋白）互作、共表达、共定位、遗传互作、富集通路、网站预测等，边线颜色和条目呈对应关系。页面左侧的三个按钮用于调整网络图布局（样式），如点击第一个圆圈按钮，则可将布局调整为同心二分样式，中心为我们的目标基因，点击Undo可返回上一步操作。三种布局效果依次如下（同心二分、线性二分、力导向），第三种力导向布局若不满意，可反复点击，每次可生成不同样式。Plant.MAP数据库旨在为研究植物蛋白互作和功能提供支持。该数据库收集了13大类植物的蛋白质复合物信息，包括实验验证和预测模型数据。用户可以通过该平台查询特定蛋白质复合物的组成、功能、亚细胞定位、蛋白互作评分等。http://plants.proteincomplexes.org/页面下滑，按需求输入ID和选择物种进行查询即可，点击Search complexes，查询蛋白质复合物信息；点击Search top interactions，查询蛋白互作列表和评分。HitPredict是一个实验确定的蛋白质相互作用与可靠性评分的综合资源网站。相关数据收集自IntAct、BioGRID、MINT、 DIP、 MatrixDB、InnateDB等数据库，可靠性评分根据每个相互作用的实验以及相互作用蛋白质的序列、结构和功能注释等进行计算。最近更新时间为2024年7月15日，当前版本支持124个物种、113,143个蛋白质以及1,378,467个实验确定的物理蛋白互作关系（持续更新）。https://www.hitpredict.org/index.html在首页搜索栏中选择对应物种（支持12类物种），输入蛋白名直接Search，这里以MDM2为例。检索后页面左侧会显示该蛋白的基本信息、预测的互作蛋白数（Interactions）以及Top5的GO Terms。下方下滑可查看详细的互作预测结果表，支持下载。每行为一个互作蛋白，支持的实验数、实验规模、互作评分、置信度等都在表格中详细展示，按照评分高低进行排序。点击表格对应的Interaction编号，即可跳转到更详细的互作信息页面，感兴趣可自行使用查看，篇幅原因这里不再赘述。基迪奥生物是定制化组学测序与生物信息分析服务领域的领先者，公司组学服务涉及单细胞组学、空间组学、转录组、翻译组、基因组等40条业务线，特别在转录组分析方面有丰富的项目经验和大量的客户文章案例，欢迎留言咨询！医学项目：020-84889324
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