在多重PCR（multiplex PCR）中，探针荧光基团的选择是一项至关重要的步骤，它直接关系到实验结果的准确性和可靠性。多重PCR技术能够在同一PCR反应体系里加上两对或以上的引物，同时扩增出多个核酸片段，极大地提高了实验效率和通量。然而，由于多个靶标的同时扩增，探针荧光基团的选择变得尤为复杂和关键。以下是对多重PCR探针荧光基团选择的四项基本原则。
不同品牌和型号的荧光定量PCR仪具有不同的激发光和发射光波长特性，因此荧光基团的选择必须与所用仪器相匹配。例如，ABI 7500 FAST含有5个荧光通道，而LightCycler480、Bio-Rad CFX96等仪器则可能具有不同的荧光通道数量。因此，在选择荧光基团时，需查阅仪器说明书或咨询供应商，了解仪器支持的荧光基团种类。
多重PCR中，不同靶标的探针荧光基团必须能够区分开来，以避免荧光信号之间的相互干扰。这要求所选荧光基团的发射光谱不重叠或重叠程度极低。在选择荧光基团时，应参考其发射光谱图，选择光谱范围差异较大的荧光基团组合。
检测波长及带宽与染料发射谱[1]
荧光基团的荧光强度也是选择时需要考虑的因素之一。荧光强度高的基团在检测低拷贝数靶标时具有优势，而荧光强度较低的基团可能更适合用于高拷贝数靶标的检测。此外，根据实验需求，可以将荧光强度较高的基团分配给表达量较低的靶基因，以获得更灵敏的检测结果。，例如，FAM荧光强度高，适合用于检测低拷贝样本；而CY5荧光强度较低，可能更适合用于高拷贝靶标基因检测。
在多重PCR中，除了选择合适的荧光基团外，还需要搭配合适的淬灭基团。为了获得最佳性能，淬灭剂的吸光光谱应尽可能接近报告基因的发射光谱，以实现高效的荧光淬灭。常见的淬灭基团包括BHQ系列、Dabcyl等，它们各自具有不同的淬灭效率和光谱特性，需根据实验需求进行选择。
【参考文献】
[1]. 臧留琴, 张镇西, 苗宝刚等. 多重定量PCR系统中多色荧光检测和光谱串扰校正方法[J]. 光学学报, 2014, 34(1): 0117002. Zang Liuqin, Zhang Zhenxi, Miao Baogang. Multicolor Fluorescence Detection in the Multiplex Quantitative PCR System and Spectra Crosstalk Correction Method[J]. Acta Optica Sinica, 2014, 34(1): 0117002.
