数字PCR与泊松分布

文摘   2024-09-20 21:02   广东  

泊松分布是一种描述在一定时间或空间内事件发生次数的概率分布。在数字PCR中,它可以帮助我们计算在特定条件下有多少反应器中会包含一个或多个目标分子。通过泊松分布的原理,我们可以根据阳性反应器的数量和比例,直接计算出目标序列的起始拷贝数。泊松分布在数字PCR实验中起着至关重要的作用,它不仅提高了实验的准确性和可靠性,还使得数字PCR在极微量核酸样本检测、复杂背景下稀有突变检测和表达量微小差异鉴定等方面具有显著优势。


一、dPCR定量分析过程

样本稀释与分配:首先,数字PCR将DNA样本稀释到每个反应器(如微滴或微孔)中平均只含有一个DNA分子的水平,然后将稀释后的DNA样本分配到大量微小的反应器中。

PCR扩增:在每个反应器中独立进行PCR扩增反应,使得目标序列被扩增成大量的拷贝。

荧光信号检测:扩增结束后,检测每个反应器中的荧光信号。有荧光信号的反应器记为阳性,表明其中至少含有一个拷贝的目标分子;无荧光信号的反应器记为阴性。

泊松分布计算:利用泊松分布的原理,根据阳性反应器的数量和比例,以及样本的稀释倍数,可以计算出原始DNA样本中目标序列的起始拷贝数。泊松分布公式用于描述在大量独立且相同的条件下,某一事件发生特定次数的概率。在数字PCR中,这一事件即为某个反应器中含有目标分子。


定量分析:通过泊松分布的计算,数字PCR能够实现对目标序列的定量分析,无需依赖标准曲线或参考物质。
这种方法提高了数字PCR的准确性和可靠性,使得其在极


二、dPCR与泊松分布的联系

样本分配与泊松分布原理

数字PCR将DNA样本稀释并分配到大量微小的反应器中,每个反应器中可能包含或不包含一个或多个拷贝的目标分子。这种分配方式符合泊松分布的原理,即某一事件在固定时间或空间内发生的次数是随机的,且每次发生是独立的。


扩增后荧光信号与泊松分布应用

经过PCR扩增后,含有目标分子的反应器会发出荧光信号,这些阳性反应器的数量与泊松分布直接相关。泊松分布可以用来描述在大量独立且相同的条件下,某个反应器中含有目标分子的概率。


定量分析

数字PCR通过检测阳性反应器的数量和比例,结合泊松分布的原理,可以计算出原始DNA样本中目标序列的起始拷贝数。这种基于泊松分布的计算方法提高了数字PCR的定量准确性,无需依赖标准曲线或参考物质。
综上所述,数字PCR通过利用泊松分布的原理,实现了对DNA样本中目标序列的准确定量分析。这种分析方法在生物医学研究、疾病诊断等领域具有广泛的应用前景。


三、泊松分布计算法在dPCR中的应用

确定反应单元总数:统计实验中使用的反应单元总数,例如微滴或微孔的数量。

统计阳性反应单元数:通过荧光检测,确定发出荧光信号的阳性反应单元数量。
计算阳性比例:将阳性反应单元数除以反应单元总数,得到阳性比例。

应用泊松分布公式:使用泊松分布的数学公式,根据阳性比例计算目标分子的原始拷贝数或浓度。公式通常为:目标分子拷贝数 = -ln(1 - 阳性比例) * 反应单元总数(这是一个近似计算,实际中可能需要更复杂的模型)。

得出结果:根据计算,得出样本中目标分子的绝对定量结果。
需要注意的是,泊松分布计算法假设每个反应单元中目标分子的分布是随机的,且反应单元之间是相互独立的。在实际应用中,可能还需要考虑其他因素和校正方法以提高计算的准确性。


四、dPCR泊松分布计算法实例

以下是一个数字PCR泊松分布计算的简化实例:
假设我们进行了一个数字PCR实验,其中包含了10000个反应单元。经过扩增和荧光检测后,我们发现有300个反应单元发出了荧光信号,即阳性反应单元。
根据泊松分布计算法的原理,我们可以利用阳性反应单元的数量和比例来计算目标分子的原始拷贝数。在这个例子中,我们可以使用以下公式进行估算:
目标分子拷贝数 = -ln(1 - 阳性比例) * 反应单元总数
其中,阳性比例为阳性反应单元数量与反应单元总数的比值,即300/10000 = 0.03。
将数值代入公式,我们得到:
目标分子拷贝数 = -ln(1 - 0.03) * 10000 ≈ 305
因此,在这个数字PCR实验中,我们估算出样本中目标分子的原始拷贝数约为305个。需要注意的是,这只是一个简化实例,实际计算中可能需要考虑更多的因素和校正。








在这里每天

更新基因检测的知识点

更多精彩内容

请扫描二维码


推 荐 阅 读




1.PCR引物设计的12条黄金法则

2.如何对qPCR数据统计分析

3.揭秘PCR添加剂:如何让DNA扩增更高效?

4.下一代分子诊断技术:CRISPR/Cas技术总结

5.qPCR中的Ct值和Cq值有何区别?

6.解析'MeltArray'技术:如何让PCR检测能力飙升?

7.分子诊断之七大主流等温扩增技术原理及应用




分子诊断实验室
探析IVD领域热门技术、产品,聚焦行业信息、业界动态。
 最新文章