单端测序（Single-End Sequencing，SE）和双端测序（Paired-End Sequencing，PE）是基因组测序中的两种常见测序方式，它们的主要区别在于读取DNA片段的方式，这对下游数据分析会产生不同的影响。本文将对对这两种测序方式进行介绍。
一、单端测序
测序原理
将DNA样品进行片段化处理，形成200~00bp的片段。
引物序列连接到DNA片段的一端，然后末端加上接头。
将片段固定在flowcell上生成DNA簇，上机测序单端读取序列。
特点
建库简单，操作步骤少。
成本较低，因为每个片段只读取一次，耗时和资源较少。*数据处理较快，文件较小，分析速度快，存储需求低。
但信息有限，缺乏片段另一端的信息，难以准确定位重复序列或复杂结构。
错误纠正能力弱，无法通过双端比对来确认序列的正确性。
二、双端测序
测序原理
构建Paired-nd文库制备，即在构建待测DNA文库时在两端的接头上都加上测序引物结合位点。
在第一轮测序完成后，去除第一轮测序的模板链。
用对读测序模块（Paired-End Module）引导互补链在原位置再生和扩增，以达到第二轮测序所用的模板量。
进行第二轮互补链的合成测序。
特点
比对精度高，双端数据能让分析软件更准确地匹配到基因组中的位置，即使是重复区域也能得到更准确的定位。
检测结构变异的能力更强，如基因组中的插入、缺失、倒位等。
提高错误纠正能力，如果一端发生了测序错误，另一端的数据可以帮助确认正确的序列。
但成本较高，因为双端测序会消耗更多的试剂和时间。
数据分析更复杂，需要额外的时间和计算资源来处理双端数据。
三、单端测序与双端测序的比较
读取方式：单端测序只读取DNA片段的一端序列，而双端测序则读取DNA片段的两端序列。
信息获取：单端测序获取的信息有限，无法得知片段另一端的序列信息；双端测序则能提供更全面的信息，有助于更准确地定位和分析。
应用场景：单端测序适用于简单的DNA测序或RNA-Seq（在单端足够解析转录本丰度的场合）；双端测序则更适用于基因组重测序、复杂的RNA-Seq、转录组或宏基因组测序等需要高精度数据的场景。
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