探针淬灭基团是一种能够吸收或转移荧光信号的分子,通常与荧光报告基团配对使用。当荧光报告基团激发并发出荧光时,淬灭基团能够吸收或转移这些荧光能量,从而减少背景荧光,提高检测的信噪比。以下总结了常见的探针淬灭基团种类。
BHQ系列
BHQ淬灭基团以其高效的淬灭能力和广泛的应用范围而著称。它们能够吸收多种荧光基团发出的荧光能量,显著降低背景信号。
BHQ系列包括多个成员,如BHQ-1、BHQ-2、BHQ-3等,它们具有不同的吸收和发射光谱特性,可根据实验需求进行选择。
BHQ淬灭基团通常与荧光报告基团配对使用,在实时荧光定量PCR(qPCR)、分子信标等技术中发挥重要作用。
Dabcyl
Dabcyl是一种传统的淬灭基团,广泛应用于分子生物学和生物化学研究中。它具有较强的淬灭能力,能够高效地降低背景荧光。
Dabcyl与荧光报告基团配对使用时,通过荧光共振能量转移(FRET)机制实现淬灭效果。当荧光报告基团激发并发出荧光时,Dabcyl能够吸收这些荧光能量,从而减少背景荧光信号。
Dabcyl在分子信标等探针设计中应用广泛,因其淬灭效率高且化学性质稳定。
Eclipse
Eclipse是一种新型的暗淬灭剂,与传统的淬灭基团相比具有更低的本底信号。它适用于需要高灵敏度检测的实验场景。
Eclipse具有较宽的吸光范围,能够与多种荧光基团有效搭配使用,实现高效的荧光淬灭。
在多重PCR等需要同时检测多种靶标的实验中,Eclipse淬灭基团能够提供清晰、无干扰的信号输出。
TAMRA
虽然TAMRA本身主要作为一种荧光染料而非典型的淬灭基团使用,但在某些情况下(如作为内部淬灭基团)也可以实现淬灭效果。然而,由于其本身具有一定的荧光特性,可能会增加背景信号的干扰,因此在选择时需谨慎考虑。
MGB
MGB本身不是传统意义上的淬灭基团,但TaqMan MGB探针中包含了MGB结合物和非荧光淬灭基团(NFQ)。MGB结合物能够插入DNA小沟,提高探针的熔解温度,而NFQ则负责淬灭荧光信号,降低背景荧光。
(图片来源:金唯智生物官网)
这些猝灭基团的选择应基于实验的具体需求和qPCR仪器的特点。在实际应用中,需要根据荧光基团的类型、实验条件以及检测灵敏度等因素来综合考虑猝灭基团的选择。