以股权转让的方式实现房地产、土地使用权的转让是经常遇到的事情，其目的主要是规避土地增值税，降低交易过程中的税负。但是国税总局对个案的批复，都强调对股权形式表现的资产主要是土地使用权、地上建筑物及附着物，利用股权转让方式让渡土地使用权，实质定义为房地产交易行为，应征收土地增值税。各地税务机关对于利用股权转让方式转让房地产、土地是否应当“穿透”被认定为实质转让房地产、土地使用权而征收土地增值税，执行口径并不统一。
一、税法政策
对于转让股权涉及土地增值税的税收政策来源，主要是国税总局三个个案批复，具体如下：
1、《国家税务总局关于以转让股权名义转让房地产行为征收土地增值税问题的批复》（国税函〔2000〕687号）：“鉴于深圳市能源集团有限公司和深圳能源投资股份有限公司一次性共同转让深圳能源（钦州）实业有限公司100％的股权，且这些以股权形式表现的资产主要是土地使用权、地上建筑物及附着物，经研究，对此应按土地增值税的规定征税。”
2、《国家税务总局关于土地增值税相关政策问题的批复》（国税函[2009]387号）：“鉴于广西玉柴营销有限公司在2007年10月30日将房地产作价入股后，于2007年12月6日、18日办理了房地产过户手续，同月25日即将股权进行了转让，且股权转让金额等同于房地产的评估值。因此，我局认为这一行为实质上是房地产交易行为，应按规定征收土地增值税。”
3、《国家税务总局关于天津泰达恒生转让土地使用权土地增值税征缴问题的批复》（国税函[2011]415号）：“经研究，同意你局关于‘北京国泰恒生投资有限公司利用股权转让方式让渡土地使用权，实质是房地产交易行为’的认定，应依照《土地增值税暂行条例》的规定，征收土地增值税。”
上述三项只是个案批复，不是规范性文件。批复只是针对特定的人或事，没有普遍适用性。所以各个地方税务机关针对该行为的处理方式是不同的。
1、湖南省地税局财产和行为税处《关于明确“以股权转让名义转让房地产”征收土地增值税的通知》（湘地税财行便函〔2015〕3号）“对于控股股东以转让股权为名，实质转让房地产并取得了相应经济利益的，应比照国税函〔2000〕687号、国税函〔2009〕387号、国税函〔2011〕415号文件，依法缴纳土地增值税。”
2、青岛市地方税务局《关于印发<房地产开发项目土地增值税清算有关业务问题问答>的通知》（青地税函[2009]47号 ）：“股东将持有的企业股权转让，企业土地、房屋权属不发生转移，不征收土地增值税。”
3、《广东省地方税务局关于广东省云浮水泥厂转让股权涉及房地产是否征税问题的批复》、《广州市“三旧”改造涉税政策执行指引》（粤地税函[1998]65号）：“企业转让股权涉及房地产的，不予征收营业税和土地增值税。”
4、福建省地方税务局网上回复咨询：“国税函[2000]687号文件属个案批复，未抄送我省。按《土地增值税暂行条例》及其实施细则规定，切实属于纯股权转让的原则上不征土地增值税。具体须根据实际运作情况由当地主管地税机关判定。”
5、《重庆市地方税务局贯彻重庆市人民政府办公厅关于落实涉企政策促进经济平稳发展意见的通知》（渝地税发[2016]20号）：“第一条第六款规定，企业发生股权变动，未导致房地产权属转移，不征收土地增值税，企业后续转让房地产，按土地的历史成本确认土地增值税扣除项目。”
6、江苏无具体的便函或个案答复等函件，但有一个具体的法院判例：2014年8月22日，苏州工业园区地方税务局认定翡翠公司因2007年5月在转让星隆置业（苏州）有限公司20%股权时未缴纳土地增值税、营业税等税收构成偷税，作出苏园地税处[2014]4号《税务处理决定书》及苏园地税罚[2014]4号《税务处罚决定书》，税务处罚及税务处理合计金额9,538万元。翡翠公司对苏州园区地税局的处理及处罚不服，即向苏州园区管委会提起行政复议，园区管委会维持地税局的处罚及处理决定，翡翠公司遂于2015年1月向苏州市姑苏区人民法院提起行政诉讼，但法院依旧维持了园区地税局的处罚及处理决定，只是将税务处罚及税务处理金额合计调整为8,210万元。
7、《安徽省地方税务局关于对股权转让如何征收土地增值税问题的批复》（皖地税政三字[1996]367号）：“对投资联营一方由于经营状况等原因而中止联营关系，正常撤资的，其股权转让行为，暂不征收土地增值税；对以转让房地产为盈利目的的股权转让，应按规定征收土地增值税。”
股权转让的过程中，如果不动产价值占公司净资产的比例较大（一般认为超过50%），税务机关可能会据此认定股权转让行为的实质为转让不动产，并征收土地增值税。目前，广西、贵州、湖南、辽宁、天津等地出现这种情况是肯定执行上述政策的，北上广深等地不执行。
二、税法原理分析及争议
公司股权转让涉及土地增值税，其实是不太合理的，更奇葩的是增值税不是由原股东承担，而是由公司自身承担。认为需要征税的主要有以下理由：
首先，国税函［2000］687号等以个别复函的形式明确：对一次性转让公司100％的股权，且这些以股权形式表现的资产主要是土地使用权、地上建筑物及附着物，经研究，对此应按土地增值税的规定征税（687号函土地增值税的征税对象是企业而不是其股东）。687号函下发后，让原本明确的法律关系变得复杂起来。实务中，部分地方税务机关凭此依据扩张土地增值税的征税范围。
其次，从实质课税原则的角度出发。以转让股权名义转让房地产行为的实质是不动产权利发生了转移。当股权向股东之外的人转让，特别是全部股权转让时，土地等不动产权利虽然形式上仍在公司名下，但公司整体资产实际上已经易主，作为公司整体资产一部分的土地等不动产实质上变更了权利主体。
最后，规避了法律强制性规定。这种行为实为公司股东“滥用公司法人独立地位”以损害国家利益和破坏社会经济秩序，故应参照《公司法》第二十条“刺破公司面纱”法理认定交易的实质，并适用有关税收管理的法律。
认为不需要征税具体有以下理由：
首先，应当遵循股权转让性质。《公司法》第三条规定，公司是企业法人，有独立的法人财产，享有法人财产权。公司名下的土地使用权及其附着物属于公司财产，股东发生变化，但公司本身作为独立核算的经济实体仍然存在，独立法人资格并未取消。公司的法人财产权未发生变化，公司以其财产对外承担的责任也未发生变化。因此，股权转让并不直接导致公司土地等法人财产权的转让。
其次：应当遵循税收法定原则。税种的设立、税率的确定和税收征收管理等税收基本制度只能制定法律。由此税收法定原则在税收立法中得到了进一步确认和完善。《土地增值税暂行条例》第二条规定：“转让国有土地使用权、地上的建筑物及其附着物（以下简称转让房地产）并取得收入的单位和个人，为土地增值税的纳税义务人，应依照本条例缴纳土地增值税。”所以，股权转让行为中，其产权人在股权转让前后并未发生变动，应不属于《土地增值税暂行条例》规定的征税范围。687号函作为国家税务总局颁布的部门规范性文件，明显不合理地扩大了《土地增值税暂行条例》对纳税义务人和征税范围的界定，将“转让房地产的行为”扩大为“企业股权转让行为”，合法性依据不足，值得商榷。
最后，应当遵循税法适用原则。687号函应该说只是个案批复，不是规范性文件。批复只是针对特定的人或事，没有普遍适用性。根据《最高人民法院关于印发<关于审理行政案件适用法律规范问题的座谈会纪要>的通知》（法[2004]96号）规定，如“下位法以参照、准用等方式扩大或者限缩上位法规定的义务或者义务主体的范围、性质或者条件”，则下位法不符合上位法，人民法院原则上应当适用上位法。在此情况下，687号函作为部门规范性文件，不得违背其上位法《土地增值税暂行条例》的规定。如税务机关依据687号函的规定对股权转让行为征收土地增值税，不仅损害了纳税人的合法权益，也同时增加了税务机关的执法风险。
三、税收筹划方案
案例：A公司主要资产是房产、土地（50%以上），其股东M公司转让A公司股权给H公司。为了规避转让股权过程中涉及的土地增值税风险，可以考虑如下筹划方案：
方案1：H公司先对A公司增资，成为A公司股东，然后M公司再分次转让A公司股权给H公司，避免一次性全部转让，每次转让都需是独立发生，转让间隔时间越长，税务风险越低，避免在短期内全部转让从而被认定为属于一揽子交易。若A公司存在多个股东，股东们可以分期分批分别转让各自的股权。
方案2：M公司将A公司股权转让给H公司和N公司，间隔一段时间后，N公司再将其持有的A公司股权转让给H公司。
