PNAS | 浙江大学张普民研究揭示RAD51双重调控UHRF1,守护基因组和表观基因组的完整性

学术   2024-12-15 00:01   海南  

iNature

RAD51与细菌RecA蛋白相关,最著名的功能是通过同源重组介导DNA损伤修复。

2024年12月2日,浙江大学张普民独立通讯在 PNAS(IF=9.4)在线发表题为 RAD51 plays critical roles in DNMT1-mediated maintenance methylation of genomic DNA by dually regulating the ubiquitin ligase UHRF1” 的研究论文。该研究报告了RAD51在基因组DNA的维持甲基化中的意外功能,这一功能与其在同源重组中的作用是可以分开的。

首先,RAD51作为E3泛素连接酶UHRF1的抑制因子。在RAD51缺乏的情况下,DNA甲基转移酶DNMT1的泛素化和降解过度,导致全基因组DNA甲基化的丧失。其次,RAD51帮助UHRF1对组蛋白H3进行单泛素化,从而生成DNMT1招募信号。RAD51直接与H3结合,使UHRF1能够更容易地结合并泛素化H3。破坏RAD51与H3的相互作用会减少DNMT1的招募,并导致基因组DNA的维持甲基化失败。因此,RAD51双重调控UHRF1。研究结果确立了RAD51作为基因组和表观基因组完整性的守护者的角色。

基因组DNA的甲基化是调控染色质结构和基因表达的主要表观遗传机制。整体的基因组甲基化谱在胚胎早期发育过程中通过DNA甲基转移酶DNMT3A和3B的去新甲基化作用建立。此后的基因组甲基化在所有细胞中基本保持不变,主要通过DNA甲基转移酶DNMT1的维持甲基化作用。DNMT1无法单独发挥作用,它需要一个辅助因子UHRF1(带有PHD和RING指结构域的类泛素蛋白1)作为引导因子,帮助其找到DNA复制后需要甲基化的CpG位点。在新合成的DNA的维持甲基化过程中,UHRF1通过其RING结构域的E3泛素连接酶活性,对组蛋白H3尾部的K18和K23残基进行单泛素化修饰,并对PAF15的K15和K24残基进行修饰。这种修饰后的组蛋白H3作为主要信号,招募DNMT1到半甲基化位点进行甲基化。

模式机理图(图片源自PNAS

RAD51重组酶与细菌RecA蛋白在功能上相关,并且在进化过程中高度保守,从芽殖酵母RAD51与人类同源蛋白在氨基酸序列上大约有50%的相似性和60%的同源性可以看出这一点。RAD51在同源重组介导的DNA双链断裂修复中发挥着关键作用。鉴于其在DNA修复和基因组稳定性中的主要功能,RAD51在先天性镜像运动障碍(CMM)中的突变作用令人感兴趣。在CMM中,RAD51的一个等位基因通常发生无义突变,并且其遗传方式为常染色体显性遗传。DCC(结直肠癌缺失基因)和DNAL4(驱动链4)是另外两个突变可导致CMM的基因,且它们已知与神经发育相关。尽管尚不清楚为什么RAD51在CMM中表现为半合子不足,但人类疾病的遗传学表明,它很可能在DNA损伤修复以外的其他功能中发挥作用。

在该研究中,作者报告了RAD51在基因组DNA的维持甲基化中的一个完全独特且意外的功能,这一功能与其在同源重组中的作用是可以分开的。首先,RAD51作为E3泛素连接酶UHRF1的抑制因子。RAD51缺失导致DNMT1的泛素化过度,并通过蛋白酶体降解DNMT1,进而导致基因组DNA的表观甲基化丧失。其次,RAD51是一个组蛋白识别因子。它通过与组蛋白H3的R17残基结合,促进UHRF1结合并泛素化H3,从而生成DNMT1的招募信号。破坏RAD51与H3的相互作用会减少DNMT1的招募,导致基因组DNA维持甲基化的失败。这些结果为DNA维持甲基化机制提供了新的见解,并确立了RAD51作为基因组和表观基因组完整性的守护者的角色。作者进一步发现,RAD51在PC12细胞诱导神经分化时抑制神经突起的生长,这种抑制依赖于RAD51在基因组DNA维持甲基化中的功能。这些结果为RAD51参与CMM提供了合理的解释。


原文链接:

https://doi.org/10.1073/pnas.2410119121

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