单细胞测序要怎么送样?分享4个常见流程

学术   科学   2024-07-01 18:32   广东  
开展10X单细胞测序项目,有一个必须思考的问题,那就是如何采集、保存和运送珍贵的样本呢?这直接关系到项目能否顺利开展。下面我们为大家分享四类常见单细胞和空间转录组项目样本制备实验作为参考~


01

单细胞新鲜组织样本的制备与保存


首先,细胞标记需要使用高质量的细胞悬液。因此获得鲜活的样本,并高效的保持到悬液制备时,是单细胞测序取样、送样和收样的核心目标。下面以小鼠肾脏样本为例,示范常规新鲜组织样本的取样与保存。


试剂耗材准备:


· PBS缓冲液(冰上预冷,4℃冰箱保存)、

· 美天旎组织保护液(冰上预冷,4℃冰箱保存)、

· 冻存管、一次性无菌培养皿、镊子、剪刀或刀片、吸水纸、封口膜等。

取样步骤




1. 在冻存管上做好样本名称或编号标记;

2. 取新鲜组织,转移到预冷的PBS缓冲液中,漂洗掉残留和血渍;

3. 用无菌刀去除附着在周围的脂肪、结缔组织或坏死组织,获得黄豆粒大小的均一化组织;

4. 用无菌刀片或剪刀,将组织剪碎成2mm3左右的小碎片;

5. 用吸水纸稍微擦干组织表面水分,避免稀释美天旎组织保护液;

6. 在冻存管中预先加入美天旎组织保护液约1-1.5ml,确保组织保护剂能完全浸没组织;将组织转移到冻存管中,上下颠倒冻存管,使保护液完全浸没组织;

7. 用封口膜给冻存管封口;

8. 用纸张记录好样本名称、组织部位以及取样时间,尽快联系冷链公司进行样本寄送。在样本寄送前,将冻存管保存在冰上或者4℃冰箱。


关于组织保护液申请、冷链物流等送样细节可直接与销售对接。


02

单细胞冰冻样本的制备与保存


基于实验设计、样本组织结构等各方面复杂原因,或是一些无法立刻取材的珍贵临床样本,若评估后不适合解离为单细胞悬液,可选择冻存组织,开展单细胞核转录组项目。冰冻类样本一般采用液氮速冻,干冰运输的方式,下面以小鼠肺脏样本为例,示范常规冰冻样本的制备。


试剂耗材准备:


· PBS缓冲液(冰上预冷,4℃冰箱保存)、

· 一次性无菌培养皿、镊子、剪刀或刀片、离心管、液氮、干冰、封口膜等。


冰冻样本制备步骤:




1.切取目标组织,动物组织单个样品要求至少黄豆粒大小,重量在100mg以上;用无菌刀片或剪刀,将组织上残留的脂肪、结缔组织或坏死组织切除;


2.用预冷的PBS缓冲液漂洗组织上残留的血迹;


3.将组织转移到新的培养皿中。样本足够的情况下,建议均分为三份:一份作为正式样本,一份作为备份样本,一份作为RNA质检样本。在正式实验前,会将质检样本研磨并提取RNA进行质检,确保RNA没有发生降解后再开始细胞核分离实验;


4.将离心管做好标记,将组织转移到离心管中;


5.封口膜给离心管封口;


6.将离心管放入液氮速冻2分钟后,转移至干冰上,然后再转移到-80℃超低温冰箱保存;


7.联系物流公司进行样本寄送,寄送过程中需全程干冰运输,具体干冰用量、运输时间及打包细节与销售对接确认。


03

空间转录组冰冻包埋方案


空转是这两年新兴的大热门技术,在保留组织空间位置的同时,获得基因表达特征、表观调控等组学信息,为我们更好的研究组织邻位、微环境基因表达变化提供了快捷便利的分析手段。如何获得高质量植物组织样本?下面分享植物样本的冷冻包埋实验流程。


1


组织样本准备


将分离的植物组织置于灭菌水培养皿中清洗。将组织修剪成要求大小后,转移到新的装有灭菌水的培养皿中,冰上放置;

2


组织缝隙填充


将装有植物组织的培养皿转移到真空仪中,冰上抽真空10min;

3


OCT覆盖组织表面


将植物组织放于培养皿中,用折叠的擦镜纸吸收表面多余水分,加入一些冰上预冷的 OCT ,将组织转移进OCT中。若存在气泡,用移液枪将气泡小心吸去(防止组织表面形成气泡);

4


包埋盒标记


在包埋盒的四边用记号笔标记方向,并写上样品名称/编号,便于后期包埋完成后,可以记录样本切面的方向;

5


组织置入包埋盒


将组织放入包埋盒中,加入OCT完全浸没组织,并确认无气泡(有气泡则用移液器将气泡吸出)。注意:组织放置于包埋盒的时候,我们建议组织切面朝下。如果组织放置后,切面在侧面,则需要记录切面对应的包埋盒侧边编号并告知基迪奥切面的方向编号,便于基迪奥后续可以选择正确的方向制作切面;

6


组织与包埋剂的孵育


组织放入包埋盒后,将其放于冰上孵育10min;

7


样本速冻以及包埋


将包埋盒置于预冷的液氮-异戊烷浴上(冰冻前5min,再将异戊烷放入到液氮中预冷,避免模具被异戊烷浸没),或者干冰上(异戊烷冷冻效果更佳,是第一选择),等待OCT凝固变白;

8


样本保存与运输


冷冻包埋实验结束,将样本用锡纸包好,放置于-80℃超低温冰箱保存,或寄送到公司。

注意事项:




1)组织冷冻过程中避免组织直接接触液氮,引起沸腾,导致速冻不均匀;

2)异戊烷在液氮中放置不宜超过10min,否则异戊烷会凝固无法完成组织速冻;

3)冷冻包埋盒先做标记,确定包埋盒中的样本名称,包埋后组织不可见,无法记录;

4)组织放入包埋剂时建议目标切面朝下,方便后续切片时寻找目标切面;

5)整个包埋过程避免气泡出现;

6)保存时注意密封,避免组织脱水 ;

7)制冷媒介优先推荐液氮+异戊烷,快速冷冻可以减少冰晶的形成。建议只有买不到异戊烷的情况下,才使用干冰。

04

单细胞活体植物运输:土培植物的固定与打包


植物单细胞测序项目中,由于原生质体解离对植株的生长状态要求非常高,因此植物样本我们优先建议直接寄送活体植株。下面以虎尾兰和杨树幼苗为例,示范常规土培植株在运输前,如何进行固定与打包。



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