在前两期富集分析相关推送，小编介绍了如何进行富集分析以及如何调整参数来解决富集分析结果中遇到的问题（文末有链接）。那还有一个大家问的比较多的是：做完富集分析后，下一步干啥？一些文章在描述完富集分析结果后就直接进入Discussion部分了，但其实还有可以很多分析点可以尝试，下图总结了七种，大家可以根据自己的研究需求来选择。本篇推送，小编将重点介绍三个转录组研究中广泛应用且简单易学的分析方法，以助您丰富论文内容：①热图分析②PPI网络分析和③qpcr分析。一起来看看它们怎么用的吧~做完富集分析后，找到关注的通路后可以把这些通路里的基因生成新的基因集并进行热图分析。热图可以展示功能基因在两组间的差异表达情况。对于关注的目标通路基因我们还可以生成新的基因集后进行PPI网络分析。PPI网络分析可以直观展示基因-基因间的相互作用关系以及处于网络核心的调控基因。（也可以直接用差异分析中筛选出的基因进行网络图分析，从富集分析结果中筛选的好处是，可以只分析那些感兴趣的功能基因，避免差异基因太多而导致网络图数据解析复杂）转录组测序可能会存在一些技术噪音和误差，因此需要通过qRT-PCR对关键基因的表达水平进行验证。这里一般会选择与研究主题相关的5-10个显著差异表达的基因进行qRT-PCR分析，从而获得目标基因在不同条件下的相对表达量变化倍数，如果和转录组测得的上下调趋势一致，则可证明测序结果准确可靠。计算步骤如下：①计算ΔCT：ΔCT = CT（目的基因）-CT（内参基因）
②计算ΔΔCT：ΔΔCT = (ΔCT处理样本-ΔCT对照样本)在文章当中，以上三种分析常常搭配使用。在这里，小编整理了4种最常见的案例，供大家参考。在这篇文章中，作者采用常规的转录组分析思路（差异和富集分析）找到感兴趣的功能基因后，补充了qRT-PCR分析来验证转录组数据结果的可靠性。![]()
在这篇文章中，作者在富集分析后挑选的功能基因集进行了热图分析，再从热图中挑选了一些显著差异基因补充了qRT-PCR分析来验证转录组数据结果的可靠性。在这篇文章中，作者在富集分析后挑选除了干旱处理相关的差异基因集进行了PPI分析，通过网络图找到了两个核心基因SdiA和CsrA并发现他们之间存在较强相互作用关系（还做了酵母双杂实验进行了验证），还从网络图中挑选了一些差异基因补充了qRT-PCR分析来验证转录组数据结果的可靠性。在这篇文章中，作者进行常规的差异和富集分析后，挑选了感兴趣的差异基因进行了PPI分析，通过网络图发现9个连通性最高的基因都是IL-17信号通路中的靶基因，并找到三个核心基因Cbs、Cth和Mpst，还从网络图中挑选了8个差异基因补充了qRT-PCR分析来验证转录组数据结果的可靠性。如果您在我们这已经做过项目，可以直接在Omicsmart平台的“开始交互分析”处选择这两个分析点直接分析即可。
如果您有其他想分析的数据，可以在我们的Omicshare平台https://www.omicshare.com/使用小工具来进行绘制。快去试试这三个简单易学的分析点，让文章变得更丰富吧~我们一直有在收集“友友们”的问题，并尝试以推送的方式给大家解答，大家有想了解的也可以在微信评论区留言哦~
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