随着空间转录组技术的快速发展，大量珍贵的测序数据也随之累积起来。分享5个实用的空间转录组数据库，有需要的赶紧收藏用起来吧！
1. CROST
空间转录组学综合性数据库CROST，其包含来自8个物种、35个组织和56种疾病的1033个空间转录组样本，每个样本都包含表达信息和空间位置详细信息（图像文件），页面用户使用友好，还提供两个在线工具用于个人空转数据分析。
进入CROST后页面如下，可点击上方菜单栏进入对应模块，核心模块有四个。
数据库链接：
https://ngdc.cncb.ac.cn/crost/home
往期教程：《如何获取最前沿组学数据和分析结果？综合数据库分享》
如Browse模块中，筛选并点击感兴趣的数据集ID，可进入Datasets Detail页面，下方会显示对应的样本信息，点击样本ID则进入单样本分析结果页。
可从七个方面查看分析结果：样本概述、聚类降维、空间可变基因分析（SVG）、细胞类型注释、细胞类型相关性和共定位分析、空间通讯分析（Cluster和Cell Type），部分可视化信息参考如下：
2. STOmicsDB
STOmicsDB（Spatial Transcript Omics DataBase）是一个综合性的空间转录组数据库，可让研究人员轻松获取和共享空间转录组数据。
数据库链接：https://db.cngb.org/stomics/
STOmicsDB中整合了221个经过手工筛选的数据集，涵盖了17个物种，并对这些数据集的细胞类型进行了注释。STOmicsDB的界面比较友好，只需输入关键词（例如“Mouse Heart spatial transcript”）就可以快速查询感兴趣的项目数据，使用下拉列表可选择按特定分类进行搜索。
在结果中的Visualization选项下，我们可以直接选择和查看相应样本的细胞组成图谱，也可以对图形进行一定的调整。
3. SpatialDB数据库
SpatialDB是一个专门整理已发表论文中的空间转录组数据的公共数据库。目前，SpatialDB包含8种空间转录组技术生成的24个数据集，数据主要来自人、小鼠、果蝇、线虫和斑马鱼组织。
数据库链接：
http://spatialomics.org/SpatialDB/index.php
往期教程：《再分享一个国产空间转录组数据库》
在首页中的Search SpatialDB筛选模块中（等效于Search菜单），可以查找感兴趣基因的表达信息（支持Gene symbol或ENSEMBL ID），这里就以“KCTD12”基因为例，点击Submit按钮进行搜索，结果如下。
点击Browse按钮，可以查看相应的数据集信息，点击PMID，可以查看对应已发表的文章。
同样，在下面部分的组织图谱中，可以查看当前基因在组织图谱中的表达情况。我们可以选择组织的类型、数据处理方式、显微照片上散点的形状和大小等，以及下载图片和表达量数据等。另外，在Upload和Download菜单页面，用户可以上传自己的数据或下载自己感兴趣的数据集。
4. SPASCER
SPASCER数据库是一个较新的空间转录组学数据库，包含43个研究的1082个数据集，旨在帮助理解组织异质性，组织微环境以及跨组织结构的细胞间相互作用。
SPASCER概览
数据库链接：https://ccsm.uth.edu/SPASCER
此外，我们还可以下载感兴趣的标记基因表格、细胞通讯信息、基因调控网络信息、发表文献和数据集。
5. CancerSRT
CancerSRT是一个人类癌症空间转录组数据库，汇集、整理并分析了14种人类癌症的46个ST数据集(347个子集)，数据集来源于5种不同的空间转录组学技术。
数据库链接：http://cancersrt.info/
该门户支持数据集的搜索、浏览、上传和下载。用户可以在其中进行多层次探索，包括基因层次(如标记基因检测和空间可变基因识别等)、细胞层次(如细胞的空间分布、细胞类型注释、免疫细胞与肿瘤细胞的相互作用推断等)、癌症相关层次(如肿瘤恶性细胞评估、癌症功能状态评估、免疫特征评估、三级淋巴结构识别、肿瘤核心区/肿瘤边缘区评估等)以及泛癌分析(跨癌种的功能活性谱分析、细胞类型组成分析和三级淋巴结构分析等)。此外，CancerSRT还提供了在线分析模块可供用户使用。
CancerSRT概览
OmicShare Tools最新方法学文章已发表iMeta：
发表期刊：iMeta
发表时间：202408
影响因子：23.7
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引用OmicShare Tools的参考文献为：
Mu, Hongyan, Jianzhou Chen, Wenjie Huang, Gui Huang, Meiying Deng, Shimiao Hong, Peng Ai, Chuan Gao, and Huangkai Zhou. 2024. “OmicShare tools: a Zero‐Code Interactive Online Platform for Biological Data Analysis and Visualization.” iMeta e228. https://doi.org/10.1002/imt2.228
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