如何进行昆虫单细胞转录组研究?

学术   2024-12-09 18:03   广东  
作为近年最火热的新技术,单细胞转录组在昆虫研究中有着广泛的应用,如昆虫细胞类型鉴定、变态发育机制、大脑神经系统研究和病原体感染机制等。而基迪奥生物有着丰富的单细胞项目经验,且已有大量高分文章产出,详细可参考《硕果累累!2024单细胞高分客户文章集锦》《如何进行“单细胞转录组+代谢组”联合分析?》《来看看大佬们的最新单细胞文章怎么发!》等文章。

接下来,继续为大家分享6篇2024最新昆虫研究相关的单细胞文章供大家参考,其中4篇为基迪奥的项目文章,欢迎有相关意向的老师咨询。

案例1

单细胞和空间转录组分析家蚕幼虫丝腺结构



英文标题:The architecture of silk-secreting organs during the final larval stage of silkworms revealed by single-nucleus and spatial transcriptomics

发表期刊:Cell Reports
技术策略:scRNA-seq+空间转录组
影响因子7.5
物种样本:家蚕丝腺
DOI:10.1016/j.celrep.2024.114460



本研究将单细胞转录组和空间转录组相结合,系统地描绘了家蚕幼虫发育后期丝腺(SG)的细胞和空间图谱,分析了SG细胞类型和细胞状态动力学,并识别了与丝蛋白合成相关的调节网络和细胞间通讯,通过转基因方法验证了关键标记物。证明了蜕皮激素受体在调节SG细胞内复制中不可或缺的作用。总之,该研究为阐明蚕丝蛋白的高效合成机制和开发天然蚕丝制品提供参考。

图1. 利用snRNA-seq和空间转录组构建家蚕幼虫SG发育后期时空图谱

案例2

蝶蛹前翅的单细胞图谱和鳞片的发育机制



英文标题:The molecular basis of scale development highlighted by a single-cell atlas of Bicyclus anynana butterfly pupal forewings

发表期刊:Cell Reports
技术策略:scRNA-seq
影响因子:7.5
物种样本:蝴蝶前翅
DOI:10.1016/j.celrep.2024.114147



为了探索蝴蝶翅膀鳞片细胞的多样性,本研究采用单细胞RNA测序技术对22.5~25小时雄性蝶蛹前翅的5200个细胞进行了测序,注释了前翅的各种细胞类型。发现了一种锌指转录因子(senseless)和HR38激素受体决定了不同鳞细胞类型的特征、大小和颜色,并且是鳞细胞分化的重要调节因子。总之,该研究为探索节肢动物鳞片细胞的多样性提供了基础。

图2. 蝴蝶雄蛹前翅的细胞多样性和单细胞图谱

案例3

单细胞转录组研究锑暴露对果蝇睾丸细胞系通讯机制



英文标题:Single-cell RNA sequencing analysis to evaluate antimony exposure effects on cell-lineage communications within the Drosophila testicular niche

发表期刊:Ecotoxicology and Environmental Safety
客户单位:南通大学
技术策略:scRNA-seq
影响因子6.8
物种样本:果蝇睾丸
DOI:10.1016/j.ecoenv.2024.115948



本研究对180只雄性果蝇(对照组和Sb暴露组)的睾丸被解剖,然后进行的scRNA-seq,鉴定了12个亚群,发现表皮生长因子受体(EGFR) 和WNT信号通路与果蝇睾丸干细胞生态位相关,可能破坏果蝇睾丸生态位的稳态。鉴定了几个配体受体对,有助于阐明参与Sb介导的生殖毒理学的细胞间串扰。scRNA-seq分析并进行功能验证,研究Sb暴露下睾丸中与EGFR和WNT特征相关的核心下游因子的表达模式。总之,揭示了Sb暴露下睾丸细胞系通信的潜在机制。

图3.锑(Sb)暴露中果蝇睾丸的单细胞RNA测序数据质控

案例4

单细胞测序揭示果蝇生殖细胞发育的重要调节因子



英文标题:Single‐cell RNA sequencing identifies eggplant as a regulator of germ cell development in Drosophila

发表期刊:EMBO reports
客户单位:华南农业大学
技术策略:scRNA-seq
影响因子:7.7
物种样本:果蝇卵巢
DOI:10.15252/embr.202256475



果蝇卵巢生殖干细胞(GSC)是干细胞研究的实用模型。本研究使用单细胞RNA测序、RNAi筛选和生物信息学分析来鉴定参与生殖细胞分化的基因,包括在早期生殖细胞发育过程中表达上调的34个基因和19个可能调节生殖细胞分化的基因。这些基因中,鉴定了一个新基因eggpl,研究发现eggpl在转录水平上在GSC中特异性表达,也在幼虫性腺以及成虫睾丸中表达。

图4. 果蝇成虫的卵巢单细胞RNA测序分析

案例5

单细胞转录组揭示溶菌酶在家蚕幼虫脑血细胞抗病毒免疫反应中的作用



英文标题:Single-nucleus sequencing of silkworm larval brain reveals the key role of lysozyme in the antiviral immune response in brain hemocytes

发表期刊:Journal of Innate Immunity
客户单位:华南农业大学
技术策略:scRNA-seq
影响因子:5.3
物种样本:家蚕幼虫脑
DOI:10.1159/000537815



本研究应用单细胞核RNA测序技术,研究家蚕幼虫脑细胞的多样性,并从单细胞转录组水平分析家蚕脑对BmNPV病毒感染的反应。通过单细胞核RNA测序技术,识别出家蚕幼虫脑中19个不同的细胞群,这些细胞在BmNPV感染和对照家蚕脑中均检测到。感染后细胞分布发生改变,大部分细胞群的比例增加。实验结果表明,类似血细胞的细胞在抗病毒免疫反应中发挥关键作用。

图5. 家蚕幼虫脑细胞亚群的单细胞图谱构建

案例6

单细胞测序揭示家蚕幼虫肠道在病毒感染后期的免疫逃逸机制



英文标题:Single-nucleus sequencing of silkworm larval midgut reveals the immune escape strategy of BmNPV in the midgut during the late stage of infection

发表期刊:Insect Biochemistry and Molecular Biology
客户单位:华南农业大学
技术策略:scRNA-seq
影响因子:3.8
物种样本:家蚕中肠
DOI:10.1016/j.ibmb.2023.104043



本研究使用单核RNA测序技术分析了家蚕幼虫中肠不同细胞亚群对病毒(BmNPV)感染的反应。在感染BmNPV和未感染BmNPV的家蚕幼虫中肠中,鉴定了22种不同的细胞类型,进一步分析的结果表明,BmNPV在感染后期在中肠内的免疫逃逸策略。本研究揭示了家蚕幼虫中肠细胞的多样性,在单细胞水平上提供了宿主和病毒感染之间相互作用的新见解。

图6. 家蚕幼虫中肠的单细胞图谱构建

最后,基迪奥生物是定制化组学测序与生物信息分析服务领域的领先者,公司组学服务涉及单细胞组学、空间组学、翻译组、基因组等40条业务线,特别在多组学联合分析方面有丰富的项目经验和大量的客户文章案例,欢迎留言咨询!

长按识别二维码填写意向:

咨询当地销售或拨打咨询电话:

医学项目:020-84889324

农学项目:020-84889314


READ MORE


延伸阅读






*未经许可,不得以任何方式复制或抄袭本篇文章之部分或全部内容。版权所有,侵权必究。


基迪奥生物|专业定制测序服务
联系方式:020-39341079;service@genedenovo.com



基迪奥生物
广州基迪奥生物官方公众号,小奥每天分享前沿组学知识、实用生信软件技巧、酷炫绘图技能。我们的目标是,助您达到更高的科研领域。
 最新文章