1966年3月，中共和日共代表团在北京会谈，磋商两党联合公报，日共要求在批评苏联共产党时不要点名。刘少奇主持政治局常委会讨论，同意日共的要求。毛泽东听取康生汇报后，否决了政治局常委的决定。3月28日，毛泽东会见日共宫本显治时说：“北京的同志和你们搞了个不痛不痒的文件，我看了就不舒服。”从此和日共分道扬镳。
1966年８月31日，毛泽东乘吉普接见红卫兵，周恩来安排贺龙守护毛泽东乘第一辆车，林彪乘第二辆。发新闻照片时陈伯达、康生有异议。周恩来考虑了半天，才想出办法：照片说明第一辆车上是伟大领袖毛主席和军委副主席贺龙，第二辆车上是毛主席的亲密战友林彪副主席。中央文革才同意。从此，亲密战友的提法流行开来。
1967年8月22日，北京外语学院和北京第一机床厂的造反派为抗议港英当局迫害中驻港新闻工作者，放火烧了英国代办处的办公楼和汽车。事发后，毛泽东严厉批评了周恩来、陈伯达、康生。关锋给毛泽东写了一封信，附上康生帮助刘少奇修改《论共产党员修养》的手迹。毛泽东收信后没有对康生怎么样，不几天关锋和王力成了阶下囚。
1970年初，康生给陈垣写信：您对历史研究有素，著作等身，今意欲将多年收存的书籍文献，交与党和政府收存，中央同志闻之甚为称赞。但现各图书馆正在斗私批修，工作尚未就绪，我意不如暂存你处为宜，如需要人帮助整理，亦可派去。至于稿费交党，此意甚好，但因您年迈体弱，应多加保养，希望你自己存留，以改善生活。我们过去对你的生活照顾不够，请原谅。
1972年初，康生体检发现癌症。医护人员很难与他接近，他对医疗组人员表现出不信任，输液与服药断断续续，有时拒绝吃饭吃药，搞得医疗组专家们担惊受怕，苦不堪言。周恩来约请张春桥、纪登奎一起听取医疗组汇报，并亲自劝康生进食吃药。其实康生懂中医。有一次他和江青的秘书杨银禄握手，马上断定他心脏有问题，因为杨银禄手心发凉。
康生临终前给汪东兴留下遗嘱：要把身边工作人员安排好。去世后秘书黄宗汉当军委办公厅副主任，李鑫当中央办公厅副主任，齐景和到中央组织部当正厅级干部。黄宗汉家挂着好几幅名人送的条幅，他说，1970年九届二中全会以后，组织宣传大权都归康生，因为康生有病，所以许多文件是黄宗汉起草，康生签字生效。这些名人安排了工作。
