菇农之所以喜欢用棉籽壳作为主要原料生产食用菌，是因为棉籽壳所含营养全面，吸水性强，透气性好，便于发菌出菇。研究表明，棉籽壳中可溶性碳水化合物含量在22%左右，全氮含量在0.67%左右，碳氮比为70：1，是种植大多数食用菌的优质原料。同时，棉籽壳颗粒适中，菇农不用再进行粉碎、预湿等操作，使用简单方便。菇农在选用棉籽壳时要注意两点：
首先，注意增加辅料，补充营养。由于脱绒设备的改进，棉籽壳上的绒毛变少变短，导致其吸水能力降低，透气性变差；棉籽油生产设备对棉籽造成的破损减少，又使棉籽壳中所含的营养物质吸收困难。菇农必须增加一定的辅料，如豆饼、麸皮等补充营养。
其次，选用新鲜棉籽壳。由于前两年棉籽壳价格居高不下，市场上棉籽壳存货不少。菇农购买时一定要谨慎，最好选择新棉籽壳，如果是陈旧棉籽壳，最好经过高温灭菌熟料栽培。但9月份之后才开始接种栽培的平菇，多用生料栽培。这里要特别提醒菇农朋友，在购买棉籽壳时一定要仔细，选用没有发生霉变的新鲜棉籽壳。
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