平菇注水要看原料配方，纯棉壳的最好注水，棉壳和玉米芯混和料的可以注水，纯玉米芯的要慎重注水，后者最好覆土栽培。注水要在两茬菇结束后进行。
注水过早，菌袋水分消耗散失太少，容易使菌袋水分尚多的注水过量而污染。注水过晚，因水分营养消耗过多，菌丝老化难以承受过多的水分，从而影响产量和质量。
二茬菇采完后，把菌袋口的菇柄，死菇清理干净。这段时间不要通风，地面要有水保湿，以防菌袋料面干硬。三天后逐渐小通风，利于菌丝的生长。待到料面采菇处菌丝全部发菌完成，及个别有菌蕾发生时开始注水。
冬季要在棚温15度左右注水最好，夏季要在温度低时注水，防止烧菌烂袋。注水时可以适当加入菇耳胖大壮、醉丰收等营养物质。注水量是菌袋达到刚发好菌袋时的百分之九十的重量即可，约1kg为最佳，切勿过量。还要注意水质，不能用污染水或含漂白粉的水。
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